表觀遺傳學(xué)整體實(shí)驗(yàn)

1、提供表觀遺傳學(xué)整體實(shí)驗(yàn)方案：客戶根據(jù)課題標(biāo)書及需做實(shí)驗(yàn)的主體內(nèi)容，擬定并提供初步的項(xiàng)目方案，含課題申請(qǐng)書，實(shí)驗(yàn)方案，實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)，實(shí)驗(yàn)思路，實(shí)驗(yàn)文獻(xiàn)等與實(shí)驗(yàn)相關(guān)等內(nèi)容和資料?；蛘哂杉蚊缹?shí)驗(yàn)協(xié)助實(shí)驗(yàn)委托者完成表觀遺傳學(xué)整體實(shí)驗(yàn)方案的設(shè)計(jì)。

2、項(xiàng)目評(píng)估報(bào)價(jià)：公司技術(shù)團(tuán)隊(duì)根據(jù)客戶提供的相關(guān)資料，綜合評(píng)估項(xiàng)目可行性，與客戶共同確定準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目執(zhí)行方案，給出準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)價(jià)格。嘉美實(shí)驗(yàn)協(xié)助設(shè)計(jì)的課題直接給出準(zhǔn)確的報(bào)價(jià)。

3、簽訂服務(wù)協(xié)議：簽署服務(wù)協(xié)議并預(yù)付部分費(fèi)用，做好實(shí)驗(yàn)初步準(zhǔn)備及項(xiàng)目預(yù)安排。

4、執(zhí)行服務(wù)項(xiàng)目：正式啟動(dòng)實(shí)驗(yàn)進(jìn)程，全面展開實(shí)驗(yàn)，確保項(xiàng)目有效執(zhí)行。

5、溝通項(xiàng)目進(jìn)展：及時(shí)溝通反饋實(shí)驗(yàn)的Newest進(jìn)展，隨時(shí)了解掌控實(shí)驗(yàn)的Newest動(dòng)態(tài)。

6、完成項(xiàng)目交付：支付剩余尾款，交付實(shí)驗(yàn)結(jié)果，正確應(yīng)用實(shí)驗(yàn)結(jié)果，提供售后服務(wù)。
 

一、癌癥樣本的表觀遺傳學(xué)分析
癌癥表觀遺傳學(xué)的研究，如甲基化異常和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的改變，能夠幫助人們深入了解重要的致癌通路。由于甲基化改變往往激活或沉默基因，表觀基因組的變化可能影響基因表達(dá)和癌癥發(fā)展的速度。

新一代測(cè)序（NGS）和芯片技術(shù)可檢測(cè)癌癥中甲基化模式的改變及其他表觀遺傳學(xué)改變。


二、通過測(cè)序了解癌癥表觀遺傳學(xué)

甲基化異常是癌癥中一種常見的表觀遺傳學(xué)改變。甲基化的NGS分析讓研究人員能夠通過甲基化基因組的測(cè)序而鑒定和追蹤甲基化模式。

1、甲基化測(cè)序簡(jiǎn)介
胞嘧啶甲基化可能明顯改變基因的時(shí)空表達(dá)和染色質(zhì)重塑。全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序（WGBS）利用新一代測(cè)序（NGS）和全基因組分析的力量，提供整個(gè)基因組甲基化模式的單堿基分辨率全面視圖。

2、甲基化測(cè)序的優(yōu)勢(shì)
1）可發(fā)現(xiàn)整個(gè)基因組中所有CpG、CHH和CHG區(qū)域的甲基化模式
2）能以少量的DNA捕獲全面的樣品多樣性
3）能查看大多數(shù)物種基因組中幾乎每個(gè)胞嘧啶的甲基化
 

3、測(cè)序整個(gè)樣品 – 而不丟失信息
許多方法利用NGS的高質(zhì)量和靈敏度來進(jìn)行甲基化分析。大多數(shù)方法依賴于DNA的重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化來檢測(cè)未甲基化的胞嘧啶。在文庫(kù)制備過程中，重亞硫酸鹽將未甲基化的胞嘧啶轉(zhuǎn)化成尿嘧啶。轉(zhuǎn)化后的堿基在測(cè)序中被識(shí)別為胸腺嘧啶（PCR后），并通過序列計(jì)數(shù)來確定甲基化胞嘧啶的比例。
重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化測(cè)序可通過靶向方法完成，如擴(kuò)增子甲基化測(cè)序（Methyl-seq），或全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序（WGBS）。此外，TAB-Seq和OxBS等替代方法也利用NGS來鑒定羥甲基化（5-hmC）并開展甲基化（5-mc）分析。

4、甲基化測(cè)序的流程
1）文庫(kù)制備：構(gòu)建全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序文庫(kù)，僅需50 ng DNA。
2）測(cè)序
3）數(shù)據(jù)分析和儲(chǔ)存

三、癌癥表觀遺傳學(xué)的芯片分析
甲基化芯片可平行分析多個(gè)樣品，實(shí)現(xiàn)了全表觀基因組關(guān)聯(lián)研究。芯片定量檢測(cè)基因組內(nèi)的甲基化位點(diǎn)，幫助人們了解癌基因和通路的調(diào)控。

1、甲基化芯片簡(jiǎn)介
DNA甲基化對(duì)基因表達(dá)調(diào)控起著動(dòng)態(tài)的重要作用。 借助MethylationEPIC BeadChip，研究人員可以基于單核苷酸分辨率定量檢測(cè)基因組中的850,000多個(gè)甲基化位點(diǎn)。包括FFPE在內(nèi)的多重樣本可以并行分析，以便在每樣本低成本的情況下實(shí)現(xiàn)高通量功能。
MethylationEPIC BeadChip是全表觀基因組關(guān)聯(lián)研究(EWAS)的理想之選。它提供了由專家精選的全面的覆蓋范圍，囊括99%的RefSeq基因，95%的CpG島，高覆蓋度的增強(qiáng)子區(qū)域和其他內(nèi)容類別。超過90%的HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容都涵蓋在內(nèi)。

2、甲基化芯片的優(yōu)勢(shì)
MethylationEPIC BEadChip兼具全面的覆蓋范圍和高通量功能，因此是EWAS的理想之選。其他優(yōu)勢(shì)包括：
1）全面的全基因組覆蓋范圍(> 850,000個(gè)甲基化位點(diǎn))
        CpG 島
        非CpG和差異甲基化位點(diǎn)
        FANTOM5增強(qiáng)子
        ENCODE染色質(zhì)
        ENCODE轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)
        miRNA啟動(dòng)子區(qū)域
2）實(shí)驗(yàn)分析方法重現(xiàn)性
        98%（針對(duì)技術(shù)性重復(fù)）
        98%（針對(duì)傳統(tǒng)HumanMethylation450K芯片對(duì)照，MethylationEPIC芯片采用的相同樣本）
        >90%（針對(duì)HumanMethylation450K位點(diǎn)內(nèi)容）
3）用戶友好的簡(jiǎn)化工作流程
4）與FFPE樣本兼容

3、甲基化芯片工作流程
MethylationEPIC BeadChip遵循用戶友好的簡(jiǎn)化的工作流程，可以從低樣本起始量（低至250 ng）同時(shí)處理多達(dá)96個(gè)樣本。
該甲基化芯片針對(duì)常規(guī)樣本和FFPE樣本提供單CpG位點(diǎn)級(jí)別的定量測(cè)量，因此能實(shí)現(xiàn)超級(jí)精細(xì)的解析度，方便用戶了解表觀遺傳的變化。
1）樣品的制備：MethylationEPIC BeadChip試劑盒運(yùn)用一代和二代Infinium實(shí)驗(yàn)分析方法化學(xué)技術(shù)，支持無PCR和低樣本輸入量（低至250 ng）。
2）陣相處理和掃描：iScan 系統(tǒng)可迅速準(zhǔn)確地掃描成百上千個(gè)樣本，支持高通量的BeadChip處理。
3）數(shù)據(jù)分析：GenomeStudio軟件和甲基化模塊易如反掌的差異甲基化分析，并顯示染色體坐標(biāo)、GC百分比、CpG島的位置和甲基化ß值。

四、檢測(cè)腫瘤中的DNA-蛋白質(zhì)相互作用
轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的改變是癌癥中一種普遍的表觀遺傳模式。染色質(zhì)免疫沉淀測(cè)序（ChIP-Seq）實(shí)驗(yàn)可提供與感興趣的蛋白質(zhì)相關(guān)聯(lián)的DNA區(qū)域的完整寫照。

1、ChIP-Seq簡(jiǎn)介
通過染色質(zhì)免疫沉淀（ChIP）檢測(cè)和測(cè)序技術(shù)相結(jié)合，ChIP測(cè)序（ChIP-Seq）成為鑒定轉(zhuǎn)錄因子及其他蛋白因子在全基因組范圍內(nèi)的DNA結(jié)合位點(diǎn)的強(qiáng)有力方法。在ChIP操作之后，通過特異抗體將DNA結(jié)合蛋白免疫沉淀。結(jié)合的DNA被同時(shí)沉淀、純化并測(cè)序。
新一代測(cè)序（NGS）在ChIP上的應(yīng)用已經(jīng)揭示了一些在各種疾病和生物學(xué)通路（如發(fā)育和癌癥發(fā)展）中發(fā)揮作用的基因調(diào)控事件的線索。ChIP-Seq能夠在全基因組規(guī)模上實(shí)現(xiàn)對(duì)蛋白與核酸相互作用的全面檢測(cè)。

2、ChIP-Seq的優(yōu)點(diǎn)
  1）可在任何生物體的整個(gè)基因組中捕獲轉(zhuǎn)錄因子或組蛋白修飾的DNA靶點(diǎn)
  2）確定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)
  3）結(jié)合RNA測(cè)序和甲基化分析，揭示基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
  4）可兼容不同起始量的DNA樣品

3、無偏向性地研究表觀遺傳模式
ChIP-Seq可鑒定DNA結(jié)合蛋白的結(jié)合位點(diǎn)，可用于定位一個(gè)給定蛋白的整體結(jié)合位點(diǎn)。芯片及其他研究表觀基因組的方法往往有著內(nèi)在的偏向性，因?yàn)樗鼈冃枰獊碜砸阎蛄械奶结?，ChIP-Seq則不同，不需要任何先驗(yàn)知識(shí)。ChIP-Seq通過大規(guī)模并行測(cè)序提供全基因組的圖譜，產(chǎn)生覆蓋多個(gè)樣品的數(shù)百萬次計(jì)數(shù)分析，實(shí)現(xiàn)經(jīng)濟(jì)且精確的分析。
 

4、ChIP-Seq的流程
應(yīng)用Illumina的邊合成邊測(cè)序（SBS），該技術(shù)是Global廣泛采用的NGS技術(shù)，已產(chǎn)生了Global大約90%的測(cè)序數(shù)據(jù)。
1）文庫(kù)制備
2、測(cè)序
4）數(shù)據(jù)分析