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Xenium 組織空間原位多組學(xué)分析系統(tǒng)

具體成交價(jià)以合同協(xié)議為準(zhǔn)
  • 公司名稱 斑馬魚(北京)科技有限公司
  • 品牌 其他品牌
  • 型號(hào) Xenium
  • 產(chǎn)地
  • 廠商性質(zhì) 經(jīng)銷商
  • 更新時(shí)間 2022/10/22 23:54:27
  • 訪問次數(shù) 1015
產(chǎn)品標(biāo)簽

組織原位分析空間轉(zhuǎn)錄組

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斑馬魚(北京)科技有限公司,是實(shí)驗(yàn)室整體解決方案的專家,專注于為生命科學(xué)、醫(yī)學(xué)研究、藥物研發(fā)、食品安全、環(huán)境分析等領(lǐng)域提供實(shí)驗(yàn)室儀器設(shè)備和試劑。

同時(shí)我們也有專業(yè)的實(shí)驗(yàn)室,提供單細(xì)胞測(cè)序、空間轉(zhuǎn)錄組、Olink多重細(xì)胞因子檢測(cè)、外泌體表征、定制化生物信息分析等實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)。

公司主要服務(wù)于國家的重點(diǎn)高校和醫(yī)院建設(shè),重大科學(xué)研究和試驗(yàn)發(fā)展項(xiàng)目,以及國內(nèi)外企業(yè)的研發(fā)機(jī)構(gòu)。主要客戶包括清華大學(xué)、北京大學(xué)、南開大學(xué)、鄭州大學(xué)、哈爾濱工業(yè)大學(xué)、蘭州大學(xué)、西安交通大學(xué)、中科院、中國醫(yī)科院、中國農(nóng)科院、軍科院、協(xié)和醫(yī)院、阜外醫(yī)院、天壇醫(yī)院、301醫(yī)院、北大附屬醫(yī)院等。

公司積極參與相關(guān)領(lǐng)域的學(xué)術(shù)會(huì)議,并定期舉辦相關(guān)儀器設(shè)備的技術(shù)講座和培訓(xùn)班,在科研和檢測(cè)領(lǐng)域產(chǎn)生了積極的反響,獲得了良好的口碑。

公司總部設(shè)在北京市朝陽區(qū)鳥巢附近,在西安、鄭州、哈爾濱等地設(shè)有辦事處。擁有業(yè)內(nèi)經(jīng)驗(yàn)豐富的管理團(tuán)隊(duì)和高素質(zhì)的銷售技術(shù)隊(duì)伍,能夠?yàn)榭蛻籼峁I(yè)的一站式實(shí)驗(yàn)方案,及時(shí)解決實(shí)驗(yàn)和儀器使用中的疑難問題。

公司合作的部分品牌包括:

美國安捷倫:流式細(xì)胞儀、BioTek酶標(biāo)儀、細(xì)胞成像微孔板檢測(cè)儀、Seahorse細(xì)胞能量代謝分析儀、xCELLigence RTCA實(shí)時(shí)無標(biāo)記細(xì)胞分析系統(tǒng);

美國10x Genomics:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序、空間轉(zhuǎn)錄組、組織空間原位多組學(xué)分析;

瑞典Olink:高靈敏多重微量的細(xì)胞因子及蛋白標(biāo)志物分析系統(tǒng);

美國TA儀器(沃特世公司):ITC等溫滴定微量熱儀、DSC差示掃描微量熱儀;

德國Merck Millipore:微流控細(xì)胞芯片分析儀、單分子免疫檢測(cè)平臺(tái);

美國PerkinElmer:小動(dòng)物活體成像、酶標(biāo)儀、高內(nèi)涵成像;

瑞士羅氏診斷:熒光定量PCR、數(shù)字PCR、核酸提取系統(tǒng);

日本基恩士:多功能超景深顯微成像系統(tǒng);

美國ProteinSimple:全自動(dòng)Western Blot、細(xì)胞因子分析系統(tǒng);

德國Particle MetrixNTA納米顆粒跟蹤分析儀(外泌體表征);

荷蘭Metris:小動(dòng)物籠內(nèi)精細(xì)行為檢測(cè)分析系統(tǒng)、小動(dòng)物超聲波發(fā)聲檢測(cè)分析系統(tǒng);

德國Cultex:動(dòng)物多功能暴露染毒系統(tǒng),細(xì)胞暴露染毒系統(tǒng);

以服務(wù)生命科學(xué)領(lǐng)域科研事業(yè)為己任,以為客戶提供優(yōu)質(zhì)的完整的實(shí)驗(yàn)室解決方案為使命,以客戶為中心,以專業(yè)人才為保障,為客戶提供專業(yè)的長(zhǎng)期的優(yōu)良服務(wù)。更多信息歡迎和我們聯(lián)系。

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實(shí)驗(yàn)室儀器設(shè)備,試劑,科研服務(wù),單細(xì)胞測(cè)序,空間轉(zhuǎn)錄組,超靈敏多重細(xì)胞因子檢測(cè),外泌體,微量熱儀,分子互作儀,活細(xì)胞成像

應(yīng)用領(lǐng)域 醫(yī)療衛(wèi)生,化工,生物產(chǎn)業(yè),制藥,綜合

一、概述-- Xenium組織空間原位多組學(xué)分析系統(tǒng)

這是一臺(tái)高度自動(dòng)化、高通量的組織原位分析技術(shù)平臺(tái),幫助用戶實(shí)現(xiàn)亞細(xì)胞分辨率的靶向基因和蛋白表達(dá)原位分析。它在10x Genomics早期收購的ReadCoorCartana的基礎(chǔ)技術(shù)之上做了大量研發(fā)和改進(jìn)。Xenium將單分子RNA和蛋白檢測(cè)的功能與強(qiáng)大的光學(xué)元件、數(shù)據(jù)采集和解碼技術(shù)相結(jié)合,能夠以亞細(xì)胞分辨率在整張切片上快速檢測(cè)大量靶點(diǎn)的組織原位表達(dá)水平。該平臺(tái)可以兼容多種樣品類型,包括新鮮冷凍(FF)組織和福爾馬林固定石蠟包埋(FFPE)組織。Xenium平臺(tái)擁有一條不斷拓展的產(chǎn)品路線圖,不斷增強(qiáng)核心平臺(tái)的分析能力和分析物種類,比如一張切片同時(shí)檢測(cè)RNA和蛋白質(zhì)表達(dá)水平。品牌10x Genomics,型號(hào)Xenium In Situ,產(chǎn)地新加坡,代理商是斑馬魚(北京)科技有限公司,從組織制備到數(shù)據(jù)分析,該平臺(tái)將會(huì)得到技術(shù)專家團(tuán)隊(duì)的全.方位支持。

Xenium封面.jpg

二、平臺(tái)概覽 The Xenium In Situ platform

有了ChromiumVisium等分析,研究人員能夠分別檢測(cè)單個(gè)細(xì)胞或整張組織切片的全轉(zhuǎn)錄組。在后續(xù)研究中,他們可以采用靶向原位分析技術(shù),這不僅能夠在組織細(xì)胞生物學(xué)狀態(tài)下對(duì)細(xì)胞進(jìn)行定位和分型,還能夠針對(duì)先前從ChromiumVisium數(shù)據(jù)中獲得的信息來詳細(xì)研究各種具體問題。

Xenium平臺(tái)可幫助科學(xué)家展示、定量和分析固定在載玻片上的FFFFPE組織切片中的基因表達(dá)和蛋白豐度。還將提供一系列針對(duì)不同組織類型和應(yīng)用場(chǎng)景的試劑菜單選項(xiàng),以及添加客戶定制靶點(diǎn)的選項(xiàng),從而實(shí)現(xiàn)對(duì)目標(biāo)靶點(diǎn)進(jìn)行高靈敏度的原位分析。

這是一個(gè)端對(duì)端的完整解決方案,包含一臺(tái)強(qiáng)大的可實(shí)現(xiàn)高通量分析的全自動(dòng)儀器,提供機(jī)載分析功能,可處理圖像數(shù)據(jù),定位RNA和蛋白信號(hào),并開展二級(jí)分析。您也可以輕松地傳輸數(shù)據(jù),使用10x Genomics提供的軟件或您選擇的第三方軟件工具進(jìn)行分析可視化。

三、工作流程概覽

Xenium工作流程.jpg

Xenium工作流程從在Xenium載玻片上制備組織切片開始(圖1)。對(duì)切片進(jìn)行處理以暴露出易于雜交的RNA和蛋白質(zhì)分子,并分別用可環(huán)化的DNA探針和帶有DNA標(biāo)簽序列的抗體進(jìn)行雜交標(biāo)記。DNA探針的兩側(cè)帶有兩個(gè)目標(biāo)RNA特異性的獨(dú)立雜交的區(qū)域。它們還包含基因特異性的標(biāo)簽序列。每對(duì)探針末端在與目標(biāo)RNA區(qū)域雜交后會(huì)連接產(chǎn)生可酶促擴(kuò)增的環(huán)狀DNA探針。這種連接設(shè)計(jì)確保了每對(duì)探針與目標(biāo)RNA區(qū)域雜交的高特異性。蛋白質(zhì)檢測(cè)將是該平臺(tái)未來將拓展的一項(xiàng)功能,它將采用熒光探針雜交標(biāo)記蛋白的DNA條碼序列來檢測(cè)組織切片中每種標(biāo)記蛋白的表達(dá)水平。

每次實(shí)驗(yàn)中,可將最多兩張載玻片放入Xenium分析儀內(nèi)。結(jié)合在RNA上的擴(kuò)增后的DNA環(huán)狀探針與熒光標(biāo)記的已知短序列探針結(jié)合,產(chǎn)生明亮、易于成像且信噪比高的信號(hào)。樣本經(jīng)過連續(xù)幾輪的熒光探針雜交、成像和去除。接著生成每個(gè)基因特異性的熒光特征條碼,從而實(shí)現(xiàn)目標(biāo)基因的定位和識(shí)別。通過熒光探針與抗體上DNA標(biāo)簽序列的雜交可進(jìn)一步檢測(cè)蛋白質(zhì),并構(gòu)建出整張組織切片上轉(zhuǎn)錄本和蛋白質(zhì)的全景空間表達(dá)圖譜。然后,通過細(xì)胞核染色,確定細(xì)胞核膜位置、形態(tài)來推斷細(xì)胞邊界,或通過細(xì)胞形態(tài)染色來確定細(xì)胞邊界。最后將細(xì)胞邊界信息映射到RNA和蛋白表達(dá)圖像上,并將轉(zhuǎn)錄本和蛋白質(zhì)根據(jù)位置坐標(biāo)分配給每個(gè)細(xì)胞。


四、Xenium平臺(tái)

1.樣本制備

Xenium工作流程與FF組織和FFPE組織都兼容,首先是在Xenium載玻片制備所需組織的切片。這些切片經(jīng)過脫蠟和透化等處理,讓RNA和蛋白分析物暴露出來。RNA與可環(huán)化的DNA探針雜交結(jié)合,該探針包含兩個(gè)與目標(biāo)RNA特異性雜交的區(qū)域以及另一個(gè)基因特異性標(biāo)簽序列區(qū)域。探針的兩端與目標(biāo)RNA雜交結(jié)合,通過連接兩端后產(chǎn)生環(huán)狀DNA探針。如果探針發(fā)生非特異雜交或脫靶,則不會(huì)發(fā)生連接反應(yīng),從而抑制非特異性信號(hào)并確保高特異性。未來的蛋白檢測(cè)功能將采用熒光探針雜交標(biāo)記抗體的DNA標(biāo)簽序列來檢測(cè)組織切片中每種被標(biāo)記蛋白的表達(dá)水平。DNA探針連接后,環(huán)化探針經(jīng)過酶促擴(kuò)增,生成每個(gè)RNA雜交事件的基因特異性標(biāo)簽序列的多個(gè)拷貝。這會(huì)產(chǎn)生更強(qiáng)的信號(hào),易于成像分析且信噪比高,這在分析自發(fā)熒光背景高的樣本(如FFPE組織)時(shí)尤其重要。

2. Xenium分析儀上的解碼流程

Xenium主機(jī)帶圖3標(biāo)志.jpg

Xenium分析儀(圖2)是全自動(dòng)的,帶有數(shù)據(jù)并行處理功能,可快速輸出數(shù)據(jù),幫助用戶及時(shí)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析解讀。儀器內(nèi)置成像系統(tǒng)使用高數(shù)值孔徑(NA)以及帶有低噪聲傳感器的快速區(qū)域掃描照相機(jī),可實(shí)現(xiàn)約200 nm的像素分辨率。它的視場(chǎng)為600 x 900 μm,Z軸多層光切圖像是在整個(gè)組織厚度上以0.75 μm的步長(zhǎng)逐一獲得的。FFPE組織切片的常見厚度通常為5μm,而FF組織切片厚度為10 μm。采集的圖像可通過Xenium分析軟件進(jìn)行處理,以實(shí)現(xiàn)sub-50 nm定位分辨率的單分子水平檢測(cè)。此外,該儀器還集成了樣本處理、液路和寬場(chǎng)熒光顯微鏡成像系統(tǒng)。Xenium分析儀一次運(yùn)行最多可上樣兩塊載玻片,每塊玻片的可成像分析區(qū)域面積約為12 x 24 mm。這樣大小的成像分析面積讓科學(xué)家能夠靈活地在每塊載玻片上放置多張切片和多個(gè)樣本。分析物檢測(cè)和圖像采集分析是在Xenium分析儀上按逐個(gè)循環(huán)進(jìn)行的。試劑耗材(包括檢測(cè)RNA和蛋白質(zhì)分子的熒光標(biāo)記探針)在儀器內(nèi)全自動(dòng)運(yùn)行每個(gè)循環(huán)、孵育、成像和移除。

在熒光標(biāo)記的探針與擴(kuò)增后的基因特異性標(biāo)簽序列結(jié)合后,樣本會(huì)經(jīng)歷連續(xù)幾輪的熒光探針雜交、成像和探針移除。對(duì)于分析物檢測(cè),在此過程的每個(gè)循環(huán)中,每個(gè)標(biāo)簽序列,也就是每個(gè)RNA的標(biāo)記,都以特定的顏色打開或關(guān)閉。這會(huì)產(chǎn)生每個(gè)基因特異性的熒光特征條碼。在讀取這個(gè)打開或關(guān)閉的熒光特征條碼后,軟件可解碼出所有目標(biāo)基因的身份。在儀器結(jié)束運(yùn)行時(shí),系統(tǒng)對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行分析整合,并構(gòu)建整張組織切片上轉(zhuǎn)錄本的空間圖譜。成像系統(tǒng)使用高數(shù)值孔徑以及帶有低噪聲傳感器的快速區(qū)域掃描照相機(jī),實(shí)現(xiàn)高靈敏度和高分辨率的原位分析。

3. 基因和蛋白靶向試劑

Xenium平臺(tái)使用靶向試劑組合在亞細(xì)胞分辨率水平檢測(cè)組織原位基因和蛋白表達(dá)量。使用組織和應(yīng)用特異性基因組合,并支持額外客戶定制基因選項(xiàng),將是解決不同類型樣本中基因和蛋白表達(dá)多樣性和差異性的最好策略。商業(yè)基因組合試劑是經(jīng)過大量數(shù)據(jù)挖掘甄選后構(gòu)建的,綜合了全面的單細(xì)胞圖譜研究結(jié)果以及各個(gè)研究領(lǐng)域?qū)<业娜斯徍撕蛯氋F建議。

基因組合

10x Genomics正在針對(duì)某些組織和應(yīng)用開發(fā)商業(yè)試劑的基因組合菜單。這些模塊化的組合可分開或組合使用,可以更好的支持各個(gè)項(xiàng)目的個(gè)性化需求。每個(gè)Xenium基因組合預(yù)計(jì)包含幾百個(gè)基因,并且可針對(duì)每個(gè)項(xiàng)目進(jìn)行定制,目前計(jì)劃最多可添加50個(gè)客戶定制基因。商業(yè)試劑組合定制基因組合的最初的最大多重檢測(cè)能力為400個(gè)基因。Xenium平臺(tái)本身是為1,000個(gè)基因的多重檢測(cè)能力而開發(fā)的。未來的產(chǎn)品擴(kuò)展將讓Xenium基因組合適用于更多物種、組織和研究應(yīng)用方向。最終也將有望根據(jù)研究人員的需求提供更多客戶定制功能。

蛋白質(zhì)組合

未來的產(chǎn)品線擴(kuò)展將增加蛋白質(zhì)組合,作為Xenium產(chǎn)品線的一部分。

4. 軟件系統(tǒng)——數(shù)據(jù)管理和分析

Xenium平臺(tái)包含機(jī)載分析功能,能夠處理圖像數(shù)據(jù),定位分析物信號(hào),并開展二級(jí)分析,以便將分析的靶點(diǎn)表達(dá)信息分配給不同細(xì)胞,生成分析物表達(dá)譜——細(xì)胞矩陣。二級(jí)分析使用細(xì)胞核和細(xì)胞形態(tài)信息來鑒定組織切片上的細(xì)胞邊界。機(jī)載分析與儀器運(yùn)行并行開展,實(shí)現(xiàn)最短運(yùn)轉(zhuǎn)周期。Xenium整體解決方案還將包含基因組合探針設(shè)計(jì)工具,以便完成上游實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和個(gè)性化實(shí)驗(yàn)定制功能。

Xenium解決方案還包含了用于下游分析的數(shù)據(jù)分析管線和可視化工具,讓科學(xué)家能夠探索和挖掘Xenium數(shù)據(jù)。這將幫助科學(xué)家能夠快速獲取可分析、解釋的組織原位分析數(shù)據(jù)。Xenium分析儀產(chǎn)生的數(shù)據(jù)可輕松從儀器中下載、轉(zhuǎn)移出來,并與對(duì)應(yīng)的組織形態(tài)和細(xì)胞邊界等信息結(jié)合分析,通過10x Genomics提供的軟件進(jìn)行可視化和進(jìn)一步分析。此外,數(shù)據(jù)還可以開放的標(biāo)準(zhǔn)文件格式輸出,便于研究人員使用第三方軟件和專業(yè)研究者開發(fā)的高階工具進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。

5. 技術(shù)培訓(xùn)和支持

10x產(chǎn)品包括Xenium、Visium CytAssist、Chromium Controller,Chromium XChromium™ Next GEM Single Cell 3' GEM, Library & Gel Bead Kit、Visium Spatial for FFPE Gene Expression Kit、Chip GFeature Barcode Library Kit……斑馬魚(北京)科技有限公司是10x Genomics代理商,負(fù)責(zé)銷售儀器和試劑,具備豐富的單細(xì)胞測(cè)序和空間轉(zhuǎn)錄組實(shí)驗(yàn)方面經(jīng)驗(yàn),可為用戶提供單細(xì)胞懸液制備,建庫,測(cè)序,生信分析等一整套解決方案。在購買Xenium分析儀后,將安排有資質(zhì)的工程師進(jìn)行現(xiàn)場(chǎng)安裝和培訓(xùn)。培訓(xùn)內(nèi)容包括樣本制備、儀器操作、數(shù)據(jù)分析。在培訓(xùn)完成后,客戶還將獲得全.方位支持,包括遠(yuǎn)程技術(shù)支持(Technical Support)、現(xiàn)場(chǎng)應(yīng)用科學(xué)家(FAS)、現(xiàn)場(chǎng)服務(wù)工程師(FSE)和生物信息學(xué)應(yīng)用(Applied Bioinformatics)團(tuán)隊(duì),覆蓋實(shí)驗(yàn)工作流程、試劑耗材、儀器和軟件的各個(gè)方面。

6. 基礎(chǔ)技術(shù)

Xenium技術(shù)建立在收購ReadCoorCartana公司而獲得的專.利技術(shù)基礎(chǔ)之上,這兩家公司分別由George ChurchMats Nilsson實(shí)驗(yàn)室開發(fā)并商業(yè)化而來,Xenium技術(shù)同時(shí)融合了10x Genomics自主開發(fā)的專.利技術(shù)。綜合以上各種基礎(chǔ)技術(shù)產(chǎn)生的10x Genomics專有的原位分析技術(shù)在靈敏度、特異性和樣品通量方面都比原來基礎(chǔ)技術(shù)提高了數(shù)倍。

Xenium數(shù)據(jù)分析.jpg

五、代表性的數(shù)據(jù)

以下這些數(shù)據(jù)集,是使用Xenium分析儀和200基因的人類乳腺癌基因組合從FFPE包埋的人類浸潤(rùn)性乳腺癌組織切片上生成的,并與同一組織塊的蘇木精和伊紅(H&E)染色切片進(jìn)行比較,H&E染色切片之前由病理學(xué)家進(jìn)行了切片注釋,并通過Visium FFPE技術(shù)進(jìn)行了檢測(cè)和分析。

1. Xenium數(shù)據(jù)

使用包含200個(gè)基因組合試劑對(duì)人類浸潤(rùn)性乳腺癌FFPE組織進(jìn)行分析。分析后生成了一幅轉(zhuǎn)錄本的空間圖譜,每個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄本帶有x、yz坐標(biāo)。通過DAPI染色確定細(xì)胞核邊界,并通過擴(kuò)展細(xì)胞核邊緣來估算細(xì)胞邊界(圖3)。所有RNA轉(zhuǎn)錄本被分配到特定細(xì)胞中,并生成gene-by-cell矩陣。根據(jù)每個(gè)細(xì)胞的RNA含量和基因組合中的標(biāo)志物識(shí)別細(xì)胞類型。例如,ERBB2可用來鑒定腫瘤細(xì)胞,而編碼核心蛋白聚糖的DCN可用來鑒定基質(zhì)細(xì)胞。淋巴細(xì)胞和巨噬細(xì)胞可通過特定CD標(biāo)志物來鑒定。按照分配的細(xì)胞類型對(duì)不同細(xì)胞進(jìn)行不同色彩標(biāo)識(shí)。這就產(chǎn)生了按細(xì)胞類型來區(qū)分的細(xì)胞空間表達(dá)圖譜,每個(gè)細(xì)胞內(nèi)有分配到該細(xì)胞的全部靶向RNA轉(zhuǎn)錄本。

Xenium數(shù)據(jù)1.jpg

2. 關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)比較

來自同一乳腺癌FFPE組織塊切片的H&E染色結(jié)果顯示出獨(dú).特的腫瘤特征。病理學(xué)家對(duì)該FFPE切片的注釋,確定了浸潤(rùn)腫瘤被各種纖維組織、脂肪組織和腫瘤壞死區(qū)域環(huán)繞。Xenium數(shù)據(jù)與病理學(xué)家注釋的浸潤(rùn)癌的特征具有很好的相關(guān)性(圖4)。

接著使用Visium FFPE空間基因表達(dá)分析對(duì)同一組織切片進(jìn)行處理,以便將通過Visium數(shù)據(jù)觀察到的空間表達(dá)圖譜分布與通過Xenium獲得的原位表達(dá)圖譜進(jìn)行比較。我們發(fā)現(xiàn),使用Visium數(shù)據(jù)(通過NGS測(cè)序得到的數(shù)據(jù))和Xenium數(shù)據(jù)(通過顯微鏡以亞細(xì)胞分辨率檢測(cè)得到的數(shù)據(jù))觀察到的基因空間分布之間存在很強(qiáng)的相關(guān)性(圖4)。

綜上,這些數(shù)據(jù)表明,Xenium平臺(tái)可以很好地重現(xiàn)病理學(xué)家注釋的H&E染色圖像的細(xì)胞分型和病理區(qū)域注釋,并可以高分辨率驗(yàn)證使用Visium平臺(tái)觀察到的基因表達(dá)空間分布。

Xenium數(shù)據(jù)2.jpg

六、主要應(yīng)用場(chǎng)景

使用Xenium組織空間原位多組學(xué)分析系統(tǒng),研究人員能夠通過亞細(xì)胞分辨率的多重RNA和蛋白質(zhì)表達(dá)檢測(cè)加深對(duì)健康和病變組織的了解。主要應(yīng)用在以下方面:

• 繪制阿爾茨海默病的細(xì)胞類型圖譜(1)

• 根據(jù)多種細(xì)胞類型的多個(gè)標(biāo)志物基因?qū)M織切片進(jìn)行空間原位解析(2,3)

• 對(duì)復(fù)雜發(fā)育過程及背后的細(xì)胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)進(jìn)行時(shí)空組學(xué)原位解析(4)

• 對(duì)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行組織切片原位驗(yàn)證,原位分析結(jié)果可以加深對(duì)組織亞結(jié)構(gòu)分子基礎(chǔ)的進(jìn)一步了解(5)

以上文獻(xiàn)中的數(shù)據(jù)僅代表原位技術(shù)的一般應(yīng)用,不代表10x Genomics Xenium平臺(tái)的靈敏度和分辨率。自從收購了CartanaReadCoor兩家原位測(cè)序技術(shù)公司以來,10x Genomics投入大量人力物力對(duì)上述范例中描述的原位技術(shù)進(jìn)行持續(xù)的開發(fā)和改進(jìn)。Xenium分析儀將以上兩種基礎(chǔ)原位測(cè)序技術(shù)與10x Genomics專有改進(jìn)方案相結(jié)合,提供了一個(gè)分辨率和靈敏度比上述已發(fā)表數(shù)據(jù)更高的全新平臺(tái)。Xenium還顯著改進(jìn)了原位分析技術(shù)的易用性和數(shù)據(jù)生成時(shí)間。


七、使用Xenium平臺(tái)開展原位分析研究的理由

Xenium組織空間原位多組學(xué)分析系統(tǒng)具有許多技術(shù)優(yōu)勢(shì),已成為以亞細(xì)胞分辨率分析多重空間基因表達(dá)和蛋白質(zhì)表達(dá)的理想產(chǎn)品。該平臺(tái)的核心是全自動(dòng)和高通量的Xenium分析儀,可以自動(dòng)進(jìn)行探針標(biāo)記、成像和機(jī)載數(shù)據(jù)分析等全流程功能。

• 強(qiáng)大而靈活的核心平臺(tái)——Xenium是一個(gè)強(qiáng)大而靈活的核心平臺(tái),適用于各種組織、樣本類型和應(yīng)用。此外,該平臺(tái)的設(shè)計(jì)理念是未來可不斷增添新功能,包括額外的組織特異性和疾病特異性的基因組合、同一切片上RNA和蛋白質(zhì)的同時(shí)檢測(cè),以及同時(shí)檢測(cè)1,000種分析物的多重分析能力。

• 起始樣本的靈活性——Xenium技術(shù)流程可以兼容新鮮冷凍組織(FF)和福爾馬林固定石蠟包埋組織(FFPE)樣品。

• 多重分析和亞細(xì)胞分辨率——Xenium平臺(tái)能夠以亞細(xì)胞分辨率檢測(cè)多達(dá)400個(gè)RNA轉(zhuǎn)錄本(初上市時(shí)),并有望在未來實(shí)現(xiàn)多達(dá)1,000個(gè)分析物的同時(shí)檢測(cè)。

• 具有定制功能的人工審核基因組合——Xenium平臺(tái)可使用商業(yè)試劑的基因組合,這些基因組合是經(jīng)過大量數(shù)據(jù)挖掘甄選后構(gòu)建的,綜合了全面的單細(xì)胞圖譜研究結(jié)果以及各個(gè)研究領(lǐng)域?qū)<业娜斯徍撕蛯氋F建議。Xenium基因組合能夠增加定制基因集合,這些基因組合在交付后可立即用于Xenium分析。此外,10x Genomics還致力于不斷擴(kuò)展商業(yè)試劑供應(yīng)的Xenium基因組合菜單種類,逐步會(huì)包含更多的組織和應(yīng)用類型。

• 輕松易用的流程——Xenium平臺(tái)是一個(gè)輕松易用的完整解決方案,包含制備樣本所需的試劑和Xenium分析儀上配合圖像采集需要的試劑,以及用于后續(xù)數(shù)據(jù)分析、可視化和數(shù)據(jù)解讀的10x Genomics軟件。

• 超大通量——Xenium分析儀可在成像區(qū)域內(nèi)開展超高重靶點(diǎn)組織全景分析。每塊Xenium載玻片上有一個(gè)大的可成像區(qū)域(12 x 24 mm),單次運(yùn)行可同時(shí)加載和分析兩張切片。單次樣品通量由可成像區(qū)域內(nèi)包含的組織切片數(shù)量決定。例如,如果組織切片的大小為10 mm x 10 mm,則每塊載玻片可容納兩張切片,并且單次運(yùn)行可同時(shí)分析四張切片。儀器運(yùn)行大約需要兩天的時(shí)間,每周通量為12張組織切片/周,以此類推,分析樣品組織切片越小,單周內(nèi)可分析的樣品數(shù)目會(huì)顯著增加。

• 全面的數(shù)據(jù)分析解決方案——10x Genomics提供數(shù)據(jù)分析流程用于數(shù)據(jù)分析和再分析,并提供*進(jìn)的軟件用于數(shù)據(jù)可視化分析。Xenium分析儀產(chǎn)生的數(shù)據(jù)可輕松從儀器中轉(zhuǎn)移出來,并與基本組織形態(tài)、細(xì)胞邊界信息等結(jié)合用于可視化分析。10x Genomics提供的軟件支持進(jìn)一步高階分析。數(shù)據(jù)以行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)的文件格式提供,讓科學(xué)家可自由使用他們選擇的各類分析工具。

• 細(xì)胞類型分配——10x Genomics軟件將每個(gè)檢測(cè)到的轉(zhuǎn)錄本或蛋白質(zhì)分配給單個(gè)細(xì)胞,讓科學(xué)家能夠根據(jù)他們選擇的基因組合對(duì)細(xì)胞類型進(jìn)行分子水平注釋。

• 全面專業(yè)的支持資源——10x Genomics提供全面的支持資源,既包括我們的技術(shù)支持科學(xué)家、現(xiàn)場(chǎng)應(yīng)用科學(xué)家、現(xiàn)場(chǎng)服務(wù)工程師和生物信息學(xué)應(yīng)用科學(xué)家,他們都接受過Xenium流程、儀器和分析的專業(yè)培訓(xùn),也包括免費(fèi)提供的視頻和技術(shù)文檔,這些可幫助指導(dǎo)新用戶順利完成Xenium實(shí)驗(yàn)流程。

• 產(chǎn)品質(zhì)量認(rèn)證——10x Genomics的產(chǎn)品開發(fā)和制造流程已通過ISO 9001:2015認(rèn)證。


八、斑馬魚(北京)科技有限公司,是10x Genomics公司的授權(quán)經(jīng)銷商,負(fù)責(zé)產(chǎn)品的推廣銷售和技術(shù)支持,為您提供技術(shù)參數(shù),報(bào)價(jià)、選型、實(shí)驗(yàn)指導(dǎo)、安裝培訓(xùn)、售后服務(wù)等,更多信息可和我們聯(lián)系。



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