m6A甲基化測序—mRNA+lncRNA（lnc-MeRIP）
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質 生產廠家
- 更新時間 2023/3/3 16:47:10
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大家好，這是專注表觀組學十余年的易基因。
m6A是RNA上的一種修飾，平均每條轉錄本有1~3個m6A修飾。易基因MeRIP-seq技術利用m6A特異性抗體富集發(fā)生m6A修飾的RNA片段（包括mRNA、lncRNA等rRNA去除所有RNA），結合高通量測序，可以對RNA上的m6A修飾進行定位與定量，總RNA起始量可降低至10μg，僅需1μg總RNA。廣泛應用于組織發(fā)育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥發(fā)生與發(fā)展、藥物應答等研究領域；可應用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測。
大樣本量m6A-QTL性狀關聯分析，傳統(tǒng)MeRIP單個樣品價格高，通常難以承擔。易基因開發(fā)建立MeRIP-seq2技術，顯著提成IP平行性，實現不同樣本間相對定量，降低檢測成本。
易基因提供適用于不同科研需求的MeRIP技術：
m6A甲基化-常量mRNA 甲基化測序（MeRIP-seq）
m6A甲基化-常量mRNA +lncRNA甲基化測序（lnc-MeRIP-seq）
m6A甲基化-微量mRNA +lncRNA甲基化測序（Micro-lnc-MeRIP-seq）
高通量m6A甲基化-常量mRNA甲基化測序（MeRIP-seq2）
研究方向：
m6A甲基化目前主要運用在分子機制的理論性研究
疾病發(fā)生發(fā)展：腫瘤、代謝疾?。ㄈ绶逝?糖尿病）、神經和精神疾病（如阿爾茲海默癥/抑郁癥）、炎癥…
發(fā)育和分化：早期胚胎發(fā)育、個體/組織/器官生長發(fā)育、干細胞分化與命運決定、衰老
環(huán)境暴露與響應：污染、抗逆、生活方式
技術優(yōu)勢：
起始量低：樣本起始量可降低至10-20μg，僅需1μg總RNA；
轉錄組范圍內：可以同時檢測mRNA和lncRNA；
樣本要求：可用于動物、植物、細胞及組織的m6A檢測；
重復性高：IP富集重復性高，降低抗體富集偏差
應用范圍廣：廣泛應用于組織發(fā)育、干細胞自我更新和分化、熱休克或DNA損傷應答、癌癥的發(fā)生與發(fā)展、藥物應答等研究領域。
技術路線：
實驗策略：
圖：微量MeRIP-seq實驗流程
分析內容：
送樣要求：
技術選擇：
經典案例：
項目文章
縱向轉錄組分析揭示了m6A甲基化修飾在豬胚胎期骨骼肌發(fā)育中的重要作用
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
背景
m6A是的一類mRNA修飾，可以促進骨骼肌的發(fā)育。然而m6A甲基化在胚胎期骨骼肌生成中的狀態(tài)和功能仍不清楚。
方法
研究人員首先證明METTL14（一種m6A甲基轉移酶）沉默可抑制成肌細胞的分化，促進C2C12 成肌細胞增殖。采用m6A-seq（MeRIP-seq）測序方法，對豬骨骼肌發(fā)育六個胚胎期的縱向轉錄組和表觀轉錄組圖譜進行分析。
結論
MeRIP-seq結果顯示：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的m6A修飾呈現高度的動態(tài)變化，且大多數受影響的基因在與骨骼肌發(fā)育相關的通路中富集。IGF2BP1 RIP-seq證實了胰島素樣生長因子2 mRNA結合蛋白1(IGF2BP1)靶向與骨骼肌發(fā)育相關通路的76個基因，包括關鍵肌肉發(fā)育標記基因MYH2和MyoG。此外 siRNA介導的 IGF2BP1沉默可抑制成肌細胞分化，促進其增殖，類似于METTL14 沉默所觀察到的表觀遺傳變化。本研究不僅闡明了肌肉發(fā)育中m6A甲基化的動力學，且確定了參與豬胚胎期骨骼肌發(fā)育基因表達的關鍵基因。
圖：胚胎期骨骼肌發(fā)育六個不同階段的縱向轉錄組和表觀轉錄組表征
參考文獻：
Zhang X,et al.Longitudinal epitranscriptome profiling reveals the crucial role of N6-methyladenosine methylation in porcine prenatal skeletal muscle development. J Genet Genomics. 2020 Aug;47(8):466-476.
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