微量cfDNA簡化基因組甲基化測序
- 公司名稱 深圳市易基因科技有限公司
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- 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
- 更新時間 2023/3/3 17:03:51
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大家好，這里是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。今天跟大家介紹一下易基因的技術(shù)：微量cfDNA簡化基因組甲基化測序(cfDNA-RBS）。
cfDNA片段化嚴(yán)重，片段大小常在150bp左右，現(xiàn)有甲基化檢測技術(shù)包括cfMeDIP和微量WGBS等。無法做到堿基分辨、具有抗體特異性和非特異性捕獲、覆蓋深度低、檢測成本高等特點。常規(guī)RRBS富集約70-350bp范圍酶切片段，如對于CG含量高的片段將被切割的更碎而無法檢測，保留下來的片段反而是CG含量低，無甲基化信息的基因片段。
易基因研發(fā)cfDNA-RBS技術(shù)，特異性捕獲CCGG位點兩端的DNA，通過亞硫酸鹽測序，實現(xiàn)高深度，單堿基分辨檢測CG位點甲基化信息。DNA起始量僅需5ng，是目前腫瘤甲基化標(biāo)志物檢測研究的優(yōu)選技術(shù)，應(yīng)用場景包括腫瘤早篩、腫瘤診斷、個性化用藥、實時監(jiān)控、預(yù)后監(jiān)測等。
應(yīng)用場景：
癌前病變的癌變預(yù)警標(biāo)志物檢測
腫瘤早期篩查標(biāo)志物檢測
腫瘤預(yù)后標(biāo)志物檢測
藥物療效預(yù)測標(biāo)志物檢測
技術(shù)優(yōu)勢：
超低起始量：100-500ul血漿或5ng cfDNA；
測序覆蓋度高：20G測序數(shù)據(jù)，可達(dá)10M的CG位點覆蓋，涵蓋CpG島、啟動子、增強(qiáng)子、CTCF結(jié)合位點等多種核心調(diào)控區(qū)域
單堿基分辨率：在其覆蓋范圍內(nèi)可精確分析每一個C堿基的甲基化狀態(tài)；
性價比高：成本相對于現(xiàn)有技術(shù)大幅降低。
技術(shù)路線：
實驗策略：
分析內(nèi)容：
送樣要求：
技術(shù)指標(biāo)：
經(jīng)典案例：
全基因組cfDNA甲基化分析提高了早期乳腺癌診斷成像的準(zhǔn)確性
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
背 景：
基于乳房X線片和超聲技術(shù)的乳腺影像報告和數(shù)據(jù)系統(tǒng)(BI-RADS)被廣泛用于乳腺癌的早期診斷，但這種方法的假陽性率較高，會導(dǎo)致不必要的活檢，尤其是對于BI-RADS-4類的患者來說。而攜帶DNA甲基化信息的游離DNA(cfDNA)已經(jīng)成為一種非侵入性的癌癥檢測方法。
方 法：
本研究收集了接受乳腺X線片和超聲檢查后活檢的210例BI-RADS 4類乳腺病變女性患者。從CHCAMS的活檢患者中收集了20個腫瘤樣本(10個惡性和10個良性)，用于全基因組重亞硫酸鹽測序(WGBS)。
結(jié)論：
基于血液的全基因組DNA甲基化研究，以單堿基分辨率從良性腫瘤中檢測早期乳腺癌，結(jié)果表明結(jié)合液體活檢和傳統(tǒng)的成像診斷可以通過降低假陽性率和避免不必要的損害來改進(jìn)當(dāng)前乳腺癌早期診斷的臨床實踐。
圖：液體活檢與傳統(tǒng)的診斷顯像相結(jié)合可以提高早期乳腺癌診斷的準(zhǔn)確性。
參考文獻(xiàn)：
Liu J,et al.Genome-wide cell-free DNA methylation analyses improve accuracy of non-invasive diagnostic imaging for early-stage breast cancer. Mol Cancer. 2021 Feb 19;20(1):36.
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