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高通量單細胞基因組甲基化測序(scRBS)

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單細胞甲基化高通量測序基因組

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深圳市易基因科技有限公司(簡稱易基因,E-GENE Co.,Ltd.)專注表觀組學(xué)十余年,以“表觀遺傳學(xué)科學(xué)研究與臨床應(yīng)用”為愿景,依托高通量測序技術(shù)和云數(shù)據(jù)分析平臺。為醫(yī)療機構(gòu)、科研機構(gòu)、企事業(yè)單位等提供以表觀遺傳學(xué)技術(shù)為核心的多組學(xué)科研服務(wù)及解決方案,全面覆蓋針對生命科學(xué)基礎(chǔ)研究、醫(yī)學(xué)及臨床應(yīng)用研究等內(nèi)容。


易基因?qū)W⒈碛^組學(xué)十余年,多組學(xué)科研服務(wù)。技術(shù)團隊在國際上LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羥甲基化技術(shù)流程,研發(fā)建立簡化基因組甲基化dRRBS、cfDNA-RBS,單細胞/微量DNA全基因組甲基化及簡化高通量甲基化測序技術(shù),RNA甲基化測序等技術(shù)和方法,并建立易基因科技全自動化彈性資源生信分析系統(tǒng)。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、 Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics 、Clin Epigenetic等期刊發(fā)表論文100余篇,申請發(fā)明12項、軟件著作權(quán)27項。



T:0755 - 28317900 

V:181 2416 7839

生命科學(xué)及生物技術(shù)研發(fā)和推廣,生物技術(shù)服務(wù)

大家好,這是專注表觀組學(xué)十余年的易基因。



與常規(guī)RRBS不同,高通量單細胞甲基化測序sc-RBS由于從單個細胞輸入的DNA量很少,常規(guī)方法不能保證目標(biāo)DNA在最后的擴增過程中保持不變,因此sc-RBS在降損方面進行細化。易基因建立的高通量單細胞甲基化測序sc-RBS技術(shù)無需純化,通過限制性內(nèi)切酶消化、接頭連接過程和在單管中轉(zhuǎn)化重亞硫酸鹽,是一種專注于將純化過程中發(fā)生的損失降至較低的方法。

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應(yīng)用方向:

  1.  細胞發(fā)育:生殖細胞或胚胎細胞的成熟受到特定基因表達的影響,這與DNA中的甲基化水平相關(guān)。

  2.  疾病相關(guān)研究:在各種疾病中(尤其癌癥),具有正常細胞所不具有的DNA甲基化模式,從而導(dǎo)致基因表達水平的差異。

  3. 樣本:高通量單細胞甲基化測序特別適用于難以取得的樣本和細胞異質(zhì)性較大的組織樣本。



技術(shù)優(yōu)勢:

  • 起始量:單細胞或1-10個細胞;

  • 分辨率高:單堿基分辨率;

  • 細胞檢測通量高:可對上百成千個單細胞進行甲基化檢測

  • CG覆蓋位點高:CG位點覆蓋可達4-8M;

  • 性價比高:單個細胞檢測費用低至千余元。




技術(shù)路線:

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實驗策略:

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分析內(nèi)容:

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送樣要求:

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技術(shù)指標(biāo):

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經(jīng)典案例

sc-RBS+RNA-seq測序揭示AFTB1誘導(dǎo)S期阻滯L02細胞肝毒性新機制

Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells


背景

大量研究證據(jù)表明AFTB1(Aflatoxin B1 ,AFB1)誘導(dǎo)的毒性包括抑制細胞增殖、氧化應(yīng)激、DNA損傷、細胞周期阻滯和細胞凋亡,特別是針對肝臟細胞具有強烈的毒性。但AFB1毒性的表觀遺傳機制目前尚不清楚,需要進一步探討。


方法

本研究通過單細胞測序技術(shù)(scRNA-seq + sc-RRBS)研究AFB1誘導(dǎo)S期阻滯L02細胞肝毒性機制。


結(jié)論

單細胞測序技術(shù)結(jié)果發(fā)現(xiàn)AFB1可誘導(dǎo)細胞凋亡和細胞周期S期阻滯,降低線粒體膜電位(ΔΨm),增加活性氧(ROS)生成。通過gonadotropins,Gn釋放激素受體通路,Wnt信號傳導(dǎo)通路,TGF-β信號通路等調(diào)節(jié)DNA甲基化水平。研究結(jié)果揭示了AFB1對S期阻滯L02細胞誘導(dǎo)的肝毒性機制,其中DNA甲基化通過調(diào)控gonadotropins,Gn釋放激素受體通路、Wnt信號傳導(dǎo)通路和TGF-β信號通路發(fā)揮作用,為進一步研究精確毒理學(xué)提供了新的探索策略,包括靶細胞選擇、多組非定向測序和通路分析。

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圖:基于單細胞測序結(jié)果,研究人員提出AFB1誘導(dǎo)的S期阻滯L02細胞肝毒性調(diào)節(jié)機制的假設(shè)



參考文獻:

Zhang B, Dai Y, Zhu L, He X, Huang K, Xu W. Single-cell sequencing reveals novel mechanisms of Aflatoxin B1-induced hepatotoxicity in S phase-arrested L02 cells. Cell Biol Toxicol. 2020 Dec;36(6):603-608.



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