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全宏基因組測(cè)序技術(shù)

參考價(jià) 1
訂貨量 ≥1
具體成交價(jià)以合同協(xié)議為準(zhǔn)
  • 公司名稱(chēng) 深圳市易基因科技有限公司
  • 品牌 其他品牌
  • 型號(hào)
  • 產(chǎn)地
  • 廠商性質(zhì) 生產(chǎn)廠家
  • 更新時(shí)間 2024/8/12 15:08:31
  • 訪問(wèn)次數(shù) 110
產(chǎn)品標(biāo)簽

宏基因組測(cè)序病毒微生物

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深圳市易基因科技有限公司(簡(jiǎn)稱(chēng)易基因,E-GENE Co.,Ltd.)專(zhuān)注表觀組學(xué)十余年,以“表觀遺傳學(xué)科學(xué)研究與臨床應(yīng)用”為愿景,依托高通量測(cè)序技術(shù)和云數(shù)據(jù)分析平臺(tái)。為醫(yī)療機(jī)構(gòu)、科研機(jī)構(gòu)、企事業(yè)單位等提供以表觀遺傳學(xué)技術(shù)為核心的多組學(xué)科研服務(wù)及解決方案,全面覆蓋針對(duì)生命科學(xué)基礎(chǔ)研究、醫(yī)學(xué)及臨床應(yīng)用研究等內(nèi)容。


易基因?qū)W⒈碛^組學(xué)十余年,多組學(xué)科研服務(wù)。技術(shù)團(tuán)隊(duì)在國(guó)際上LHC-BS、HMST-seq、ChIP-BS、cfDNA-TBS等甲基化、羥甲基化技術(shù)流程,研發(fā)建立簡(jiǎn)化基因組甲基化dRRBS、cfDNA-RBS,單細(xì)胞/微量DNA全基因組甲基化及簡(jiǎn)化高通量甲基化測(cè)序技術(shù),RNA甲基化測(cè)序等技術(shù)和方法,并建立易基因科技全自動(dòng)化彈性資源生信分析系統(tǒng)。在Nature、Lancet、Science、Nat Commun、 Cell Res、Genome Biol、Blood、PloS Genet、Epigenetics、Epigenomics 、Clin Epigenetic等期刊發(fā)表論文100余篇,申請(qǐng)發(fā)明12項(xiàng)、軟件著作權(quán)27項(xiàng)。



T:0755 - 28317900 

V:181 2416 7839

生命科學(xué)及生物技術(shù)研發(fā)和推廣,生物技術(shù)服務(wù)

由于擴(kuò)增子測(cè)序技術(shù)關(guān)注的是目標(biāo)基因的若干區(qū)域,因此其分辨率有限,一般認(rèn)為較為準(zhǔn)確的分類(lèi)水平到屬級(jí)別。雖然擴(kuò)增子測(cè)序也可以通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)映射    可能的功能網(wǎng)絡(luò),但是微生物遺傳片段交流比較頻繁,功能基因的橫向轉(zhuǎn)移也較為普遍,依托于有限菌株建立的功能映射無(wú)法盡可能的還原群落的真實(shí)功能網(wǎng)絡(luò)。


全宏基因組測(cè)序技術(shù)直接對(duì)提取的全宏基因組DNA建立隨機(jī)小片段文庫(kù),能夠獲取更多的序列信息。通過(guò)組裝、ORFs預(yù)測(cè)與注釋?zhuān)梢源蟠筇岣叻诸?lèi)水平部分至菌株級(jí)別,并通過(guò)各種大型公共數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相應(yīng)功能注釋?zhuān)M可能真實(shí)的獲取群落功能網(wǎng)絡(luò)信息。高精度的分析結(jié)果也使相關(guān)動(dòng)物驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)更加具備可行性。


技術(shù)優(yōu)勢(shì):

1、超深度視野:提取的全宏基因組DNA建立隨機(jī)小片段文庫(kù),避免了目的片段的PCR過(guò)程,降低bias,隨機(jī)測(cè)序,獲取更豐富的序列信息;

2、更精確分類(lèi)定位:很大限度地獲取全宏基因組序列信息,通過(guò)組裝延伸,可精確定位部分序列至分類(lèi)學(xué)菌株水平;

3、真實(shí)可靠的功能分析:不再是依托映射數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行功能預(yù)測(cè),而是通過(guò)測(cè)得的功能基因序列盡可能真實(shí)還原構(gòu)建微生態(tài)系統(tǒng)的功能網(wǎng)絡(luò)。


實(shí)驗(yàn)策略:

全宏基因組測(cè)序技術(shù)


信息分析:

全宏基因組測(cè)序技術(shù)


技術(shù)參數(shù):

全宏基因組測(cè)序技術(shù)


研究案例:

膳食纖維通過(guò)選擇性重塑腸道菌群改善II型糖尿病

Zhao L, Zhang F, Ding X, et al. Gut bacteria selectively promoted by dietary fibers alleviate type 2 diabetes[J]. Science,2018, 359(6380):1151-1156


1、背景:

腸道菌群作為人類(lèi)的“第二基因組”,其穩(wěn)態(tài)與人體生理代謝水平、免疫系統(tǒng)的正常運(yùn)轉(zhuǎn)有著密切的關(guān)系。II型糖尿病又名非胰島素依賴(lài)型糖尿病,特點(diǎn)是人體自身能夠產(chǎn)生胰島素,但細(xì)胞無(wú)法對(duì)其作出反應(yīng),因此患者的血糖調(diào)控是種失衡狀態(tài)。由于其發(fā)病機(jī)制非常復(fù)雜及伴隨多種并發(fā)癥進(jìn)而成為了影響人類(lèi)健康的殺手。近年來(lái)的研究表明,腸道菌群降解纖維多糖產(chǎn)生的短鏈脂肪酸可顯著改善II型糖尿病人的治療效果。但是腸道內(nèi)能產(chǎn)生短鏈脂肪酸的微生物種類(lèi)繁復(fù),需要找出哪些微生物對(duì)疾病的改善起到至關(guān)重要的作用。



2、方法:

利用宏基因組學(xué)與靶向代謝組學(xué)技術(shù),發(fā)現(xiàn)高復(fù)合膳食纖維選擇性富集出的產(chǎn)短鏈脂肪(SCFAs)的腸道細(xì)菌可顯著改善2型糖尿病。


3、結(jié)論:

研究表明額外增加大量結(jié)構(gòu)多樣化的膳食纖維,可以快速顯著地改善II型糖尿病人的各項(xiàng)臨床指標(biāo)。該研究發(fā)現(xiàn)干預(yù)前后的樣本中菌群CAZy基因集譜存在顯著差異,干預(yù)模式也對(duì)碳水化合物代謝能力產(chǎn)生了一定影響,具體體現(xiàn)在膳食纖維代謝產(chǎn)物的含量差異上?;谏疃葴y(cè)序的宏基因組數(shù)據(jù)組裝出154個(gè)高質(zhì)量細(xì)菌基因組草圖,并在眾多產(chǎn)SCFAs菌種中篩選出15株顯著富集菌株,這些菌株均為在高膳食纖維干預(yù)下II型糖尿病患者腸道中有活性的主要短鏈脂肪酸產(chǎn)生者。通過(guò)15個(gè)顯著富集菌株與腸道微生態(tài)系統(tǒng)中其他成員間的相關(guān)性分析,發(fā)現(xiàn)它們具備更強(qiáng)的生態(tài)競(jìng)爭(zhēng)力。它們通過(guò)發(fā)酵膳食纖維產(chǎn)生短鏈脂肪酸,維持適于自身生長(zhǎng)的健康腸道環(huán)境,從而降低有害菌的生長(zhǎng),保持宿主的健康。*終利用動(dòng)物實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證目的菌株對(duì)II型糖尿病的良好調(diào)控作用。

全宏基因組測(cè)序技術(shù)


15株顯著富集產(chǎn)SCFAs菌株以及其與生態(tài)系統(tǒng)中其他成員關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò)



化工儀器網(wǎng)

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