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1. 使用三重四級桿質(zhì)譜進(jìn)行蛋白藥物定量的方法開發(fā)流程

使用質(zhì)譜進(jìn)行蛋白藥物定量，在方法開發(fā)時主要考慮樣品前處理和質(zhì)譜方法兩個主要方面。在前處理方面我們使用了去垢劑輔助沉淀酶解的方法來獲得更佳的酶解效率和更低的基質(zhì)效應(yīng)，具體步驟如圖1a所示。蛋白類藥物質(zhì)譜定量時一般采用bottom-up的策略，因此整個質(zhì)譜方法的開發(fā)主要包括候選肽段挑選，質(zhì)譜參數(shù)優(yōu)化（Compound Optimization）和離子對精簡（Re-nement）三個步驟（圖1b）。

● 候選肽段挑選

一般來說，我們挑選的候選肽段需要滿足以下條件: (1) 該肽段在基質(zhì)樣品不存在*相同的序列，在實際工作中，這一步通常需要放到最后的re-nement步驟完成評估。(2) 肽段的長度在7-20個氨基酸為宜, 太短的肽段特異性較差，而太長的肽段通常色譜質(zhì)譜行為不佳，給方法開發(fā)帶來困難。(3) 沒有漏切位點。(4) 不含M, C, KP/RP, HxS/T等氨基酸或者一致序列。(5) 該肽段質(zhì)譜響應(yīng)高。由于三重四級桿質(zhì)譜儀不具備數(shù)據(jù)依賴采集（Data-dependent Acquisition, DDA）的功能來對蛋白藥物進(jìn)行肽圖分析，因此在進(jìn)行候選肽段挑選時通常依賴于軟件預(yù)測的方法[8]。然而軟件預(yù)測通常效率不可控，因此通常需要產(chǎn)生較多的候選肽段來進(jìn)行后續(xù)的化合物優(yōu)化和re-nement步驟，從而增加了方法開發(fā)的時間。

而在實驗室擁有高分辨質(zhì)譜的情況下，我們可以大大簡化這一步驟。我們將目標(biāo)單抗摻入BSA基質(zhì)進(jìn)行酶解，隨后采用Orbitrap質(zhì)譜儀進(jìn)行DDA的數(shù)據(jù)采集，生成的數(shù)據(jù)使用Proteome

DiscovererTM (PD) 2.3進(jìn)行非標(biāo)記定量（Label Free Quanti_cation, LFQ）分析，可以輕松的找到強(qiáng)度最高的肽段（圖1b）。隨后我們僅需選出不含漏切位點，不含M, C, KP/RP, HxS/T且長度合適的肽段即可。采用Orbitrap進(jìn)行LFQ分析后，我們不僅可以獲得肽段的強(qiáng)度信息（圖2a, 2b），還

可以獲得每條肽段的注釋二級譜，幫助我們在挑選離子對時排除掉一些諸如中性丟失等選擇性差的離子對（圖2c）。

為了幫助我們在定量單抗藥物時更好的監(jiān)控藥物在體內(nèi)的結(jié)構(gòu)完整性，我們在單抗恒定區(qū)的四個主要結(jié)構(gòu)域均挑選了2-3條候選肽段來進(jìn)行后面的優(yōu)化和精選（圖3）。LSP2，HSP2和HSP8三條候選肽段均含有半胱氨酸殘基（圖3b,3c），在IAA處理后會形成烷基化的固定修飾，理論上不適合作為定量肽段，但為了保證每個結(jié)構(gòu)域均有肽段能夠參與定量，我們依舊在優(yōu)化和精選步驟將中它們計入考察。

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