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PCR儀是一種在實驗室使用頻率非常高的儀器，因此故障率也是比較高的。PCR儀的故障主要有以下幾類：
1、制冷半導(dǎo)體故障
2、溫度傳感器故障
3、控制板故障
4、電源板故障
5、熱蓋故障
6、軟件故障
7、其他故障
下面針對這些故障的維修對儀器性能的影響做簡單介紹
1、制冷半導(dǎo)體故障
由于制冷半導(dǎo)體是半手工生產(chǎn)的，每一片制冷半導(dǎo)體的性能都不一樣。用于PCR儀生產(chǎn)的制冷半導(dǎo)體都是需要配對的。一般大的生產(chǎn)商會通過較大量的制冷半導(dǎo)體的性能測試后選擇性能非常接近的組成一組。
也就是說制冷半導(dǎo)體故障后應(yīng)該一組全部更換。但大多數(shù)維修都是只更換其中一片，這樣會造成溫度的不均一或是溫度升降溫的不均一。
三片制冷半導(dǎo)體的更換還涉及到整個控溫模塊的組裝，這是一個技術(shù)活。要保證儀器的溫度性能，組裝的工藝要求是很高的，有些還需要特殊的工具或夾具。組裝不好會影響溫度均一性、升降溫速率甚至儀器的使用壽命（內(nèi)部可能會過溫、進水等）。這也是為什么PCR儀的生產(chǎn)商都要求返廠維修的原因。
2、溫度傳感器故障
溫度傳感器一般通過導(dǎo)熱硅脂或?qū)峁袒z與模塊實現(xiàn)高導(dǎo)熱。更換至少需要注意以下幾點：同一品牌同一類型的溫度傳感器；與原廠同樣的導(dǎo)熱材料（硅脂或固化膠）以保證傳熱效率相同；與廠家同樣或類似的測溫與校準方式。同時更換溫度傳感器時，大多儀器都要拆開整個控溫模塊，因此由生產(chǎn)商來完成組裝為。
3、控制板故障
控制板維修主要是要注意用與原廠相同的類型的元器件。如果維修涉及到與溫度傳感器相關(guān)的電路，需要進行溫度校準。
4、電源板故障
電源板維修也是主要要注意用與原廠相同的類型的元器件。維修不好與儀器溫度性能關(guān)系不大，但與儀器的使用壽命有關(guān)。
5、熱蓋故障
熱蓋故障一般為加熱器件故障或傳感器故障。加熱器件選擇原廠的，但裝配是有一定技術(shù)的，裝配不好會影響熱蓋的均一性和壽命，溫度傳感器用與原廠相同的類型的元器件即可。但溫度保險的安裝方式一定要注意，有些廠家用的是圓筒型的保險，與熱蓋的貼附不太可靠，很可能在熱蓋傳感器故障時起不到應(yīng)有保險功能而引發(fā)熱蓋超過溫或起火。
6、軟件故障
軟件故障一般都是通過更新軟件即可消除。一般不會影響儀器性能。
7、其他故障
這些故障與儀器性能的關(guān)系就不好講了。