高純硅膠色譜柱是在新型的更高惰性硅膠基質(zhì)上鍵合通用性的十八烷基官的色譜柱，由于其高惰性，大幅度提高了分析的精度和重現(xiàn)性。它可以用于分離離子化的化合物而不易引起吸附，因此能夠得到非常尖銳的峰形和優(yōu)異的重現(xiàn)性。
高純硅膠色譜柱的基本原理是樣品在兩相之間的分配，即在固相（吸附劑）和液相（溶劑）之間的分配。保留或洗脫的機制取決于被分析物與吸附劑表面的活性基團，以及被分析物與液相之間的分子作用力。其洗脫模式有兩種：一種是目標化合物比干擾物與吸附劑之間的親和力更強，因而被保留，洗脫時采用對目標化合物親和力更強的溶劑；另一種是干擾物比目標化合物與吸附劑之間的親和力更強，則目標化合物被直接的洗脫。通常采用前一種洗脫方式。
要有效地利用離子交換機理將目標化合物吸附在高純硅膠色譜柱上，必須滿足以下條件：
1、目標化合物離子與吸附劑官能團的離子態(tài)帶相反電荷；
2、萃取環(huán)境的pH必須同時使目標化合物和吸附劑上的官能團帶電荷；
3、萃取環(huán)境不能含有高濃度的帶有和目標化合物相同電荷的競爭化合物。
在實際操作中，為了滿足前兩個條件，確保目標化合物及吸附劑上的官能團能夠呈離子態(tài)或呈中性狀態(tài)，應該根據(jù)目標化合物及吸附劑官能團的pKa來調(diào)節(jié)樣品或色譜柱的pH。在pH2~12范圍內(nèi)呈現(xiàn)出較高的化學穩(wěn)定性，使其可以在堿性條件下被使用。較寬的pH范圍還可以使用多堿性化合物在非帶電形式下得到分析，減少了二次相互作用發(fā)生進而改善分析峰形。由于二次相互作用的降低，大大改善了對肽和蛋白質(zhì)的回收。
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