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上海起發(fā)實驗試劑有限公司

InGex TGIRTKit25 說明書

時間:2017-8-11閱讀:1417

世界*實驗材料供應商 InGex正式授權上海起發(fā)為其中國代理, InGex在一直是行業(yè)的*,一直為廣大科研客戶提供zui為的產(chǎn)品和服務,上海起發(fā)一直秉承為中國科研客戶帶來的產(chǎn)品,的服務,簽約 InGex就是為了給廣大科研客戶帶來更加完善的產(chǎn)品和服務,您的滿意將是我們zui大的收獲

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InGex.com是Ingex有限責任公司的所在地,也是TGIRT™-III獨立酶和TGIRT™模板切換RNA-seq試劑盒的*授權銷售商。

 

TGIRT™ Template-Switching RNA-seq Kit (TGIRTKit25)

 

試劑盒內(nèi)容:

  • 該試劑盒包括該TGIRT ® -III酶預混合與用于模板切換,二硫蘇糖醇(DTT),修飾的RNA / DNA異源雙鏈寡核苷酸和反應緩沖液進行TGIRT ®對于Illumina的RNA-SEQ分析模板交換反應。7,8該試劑盒可以使用無縫連接到cDNA 5'末端的RNA-seq轉錄子合成RNA模板的cDNA拷貝。對于RNA-seq文庫構建,在PCR擴增前,必須使用耐熱的5'AppDNA / RNA連接酶(New England BioLabs; M0319S或M0319L)將cDNA第二個RNA-seq 接頭(另購)連接到cDNA的3'末端。

酶性質和新型活性:

  • 比逆轉錄病毒逆轉錄酶更高的熱穩(wěn)定性,持續(xù)性和保真度,允許從高度結構化或嚴格修飾的RNA進行全長的端到端cDNA合成。14,5,6,7,8

  • 新的端對端模板切換活動,其能夠在逆轉錄過程中連接RNA-seq或PCR適配器,并且不再需要單獨的RNA 3' - 銜接子連接步驟。1這種模板切換活動大大促進了鏈特異性RNA-seq文庫的構建,其偏倚偏差小于使用隨機六聚體引物的方法,或者使用RNA連接酶進行銜接連接。1,4,7,8

酶的建議用途:

  1. 綜合股特異性轉錄組分析。
  2. 全細胞,外來體,血漿和其他無細胞RNA的RNA-seq 。
  3. miRNA和其他小型非編碼RNA的分析。
  4. RIP-seq,HITS-CLIP,CRAC,??核糖體分析。

工具包的優(yōu)點:

  1. 綜合轉錄組分析比傳統(tǒng)方法更少的偏差。

    根據(jù)zui近的出版物,核糖核酸裂解的片段化通用人參考RNA樣品的TGIRT-seq概括了與非鏈特異性TruSeq v2相比較的人轉錄本和尖峰的相對豐度,優(yōu)于鏈特異性Tru-Seq v3。TGIRT®-seq比TruSeq v3顯著更強的鏈特異性,并消除TruSeq固有的隨機六聚體啟動的取樣偏差。TGIRT®-seq顯示更均勻的5'至3'基因覆蓋,并識別比TruSeq更多的剪接點。TGIRT®-seq可以在與結構化小ncRNA(包括tRNA)相同的RNA序列中同時進行mRNA和mRNA的分析,這些tRNA基本上不存在于TruSeq數(shù)據(jù)集中。8

  2. 全細胞,外來體,血漿和其他細胞外RNA的RNA-seq。

    快速處理時間(通過PCR步驟對RNA-seq文庫構建<5小時); 需要少量RNA(低ng范圍); 全面的轉錄譜,包括mRNA和lncRNA以及小ncRNA,包括tRNAs,pre-miRNAs和其他結構化小ncRNA的全長讀數(shù); 較常規(guī)方法較少的偏差和較大的鏈特異性。7,8

  3. 比逆轉錄病毒RT更高的持續(xù)性和鏈置換活性。

    使得可以獲得tRNA和其他結構化的小ncRNA的全長的端到端cDNA,這些cDNA對于逆轉錄病毒RT是難治的。4-7

  4. 通過TGIRT®模板切換的RNA-seq文庫構建,如miRNA分析,RIP-seq,HITS-CLIP,CRAC,??核糖體分析等方法。

    快速處理時間(通過PCR步驟對RNA-seq文庫構建<5小時); 需要少量RNA(低ng范圍); 不需要RNA連接酶,通過在該過程中具有較少的步驟,偏倚較小并且更有效。

參考文獻:

  1. Mohr,S.,Ghanem,E.,Smith,W.,Sheeter,D.,Qin,Y.,King,O.,Polioudakis,D.,Iyer,VR,Hunicke-Smith,S.Swamy, Kuersten,S.and Lambowitz,AM Thermostable group II intron reverse transcriptase fusion proteins and their use in cDNA synthesis and next generation RNA sequencing。RNA 19,958-970,2013。
  2. Collins,K。和Nilsen,T. Enzyme engineering through evolution:熱穩(wěn)定重組II內(nèi)含子逆轉錄酶為RNA研究和生物技術提供了新的工具。RNA 19,1017-1018,2013。
  3. Enyeart,PJ,Mohr,G.,Ellington,AD和Lambowitz AM移動組II內(nèi)含子及其逆轉錄酶的生物技術應用:基因靶向,RNA-seq和非編碼RNA分析。 DNA 5:2,2014。
  4. Katibah,GE,Qin,Y.,Sidote,DJ,Yao,J.,Lambowitz,AM和Collins,K.Ban and adaptability RNA structure recognition by the human interferon-induced tetratricopeptide repeat protein IFIT5。PROC。國家科??茖W院??茖W。,USA,  111,12025-12030,2014。  
  5. Shen,PS,Park,J.,Qin,Y.,Li,X.,Parsawar,K.,Larson,MH,Cox,J.,Chen,Y.,Lambowitz,AM,Weissman,JS,Brandman,O. ,和Frost,A.Rqc2p和60S核糖體亞基介導新生鏈的mRNA非依賴性伸長。科學347,75-78,2015年。
  6. Zheng,G.,Qin,Q.,Clark,WC,Yi,C.,He,C.,and Lambowitz,AMand Pan,T.Efficient and quantitative high-throughput transfer RNA sequencing。Nature Methods,12,835-837,2015。
  7. Qin,Y。,Yao,J。,Wu,D。,Nottingham,R.,Mohr,S,Hunicke-Smith,S.,Lambowitz,AM,High-throughput sequencing of human plasma RNA by using thermostable group II intron reverse酶。RNA 22,111-128,2016。
  8. Nottingham,RM,Wu,DC,Qin,Y.,Yao,J.,Hunicke-Smith,S.,and Lambowitz,AM RNA-seq of human reference RNA samples using a thermostable group II intron reverse transcriptase。RNA,22,597-613,2016。

 

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