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翌圣生物科技(上海)股份有限公司

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13331ES16MaxUp II 雙模式mRNA建庫試劑盒
參考價(jià): 面議
具體成交價(jià)以合同協(xié)議為準(zhǔn)
  • 13331ES16 產(chǎn)品型號(hào)
  • Yeasen/翌圣生物 品牌
  • 生產(chǎn)商 廠商性質(zhì)
  • 上海市 所在地

訪問次數(shù):845更新時(shí)間:2023-03-15 09:03:55

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產(chǎn)品簡(jiǎn)介
供貨周期 現(xiàn)貨 應(yīng)用領(lǐng)域 生物產(chǎn)業(yè)
試劑盒包含兩個(gè)獨(dú)立模塊,BOX-I的核心為純化mRNA所需的oligo(dT)磁珠。BOX-II包含mRNA pian段化試劑,反轉(zhuǎn)錄試劑,常規(guī)和鏈特異性dscDNA合成,以及后續(xù)建庫所需的所有試劑。其中鏈特異性二鏈合成buffer中將dTTP替換為dUTP,使cDNA第二鏈中摻入dUTP,而本試劑盒使用的高保真DNA聚合酶無法擴(kuò)增含尿嘧啶的DNA模板,實(shí)現(xiàn)鏈特異性。
產(chǎn)品介紹

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®

 

MaxUp II 雙模式mRNA建庫試劑盒

 

產(chǎn)品信息

 

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品編號(hào)

規(guī)格

價(jià)格(元)

Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®

MaxUp II 雙模式mRNA 建庫試劑盒

13331ES16

16 T

4563.00

13331ES96

96 T

22563.00

 

產(chǎn)品描述

 

Hieff NGS® MaxUp II Dual-model mRNA Library Prep Kit for MGI®是針對(duì)MGI®高通量測(cè)序平臺(tái)專門研發(fā)的用于mRNA轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建試劑盒,本試劑盒cDNA二鏈合成Endprep、dA-tailing進(jìn)行合并,極大地縮減建庫時(shí)間。二鏈合成模塊配有兩種buffer,客戶可根據(jù)需要進(jìn)行常規(guī)建庫或鏈特異性建庫。本產(chǎn)品適用于起始模板為0.1-4μg不同來源真核生物總RNA樣本。經(jīng)過mRNA分離、片段化、雙鏈cDNA合成、末端修復(fù)、加A尾、接頭連接和文庫擴(kuò)增,總RNA樣品終轉(zhuǎn)化為適用于MGI®平臺(tái)測(cè)序的文庫。

試劑盒包含個(gè)獨(dú)立模塊,BOX-I的核心為純化mRNA所需的oligo(dT)磁珠。BOX-II包含mRNA  pian段化試劑,反轉(zhuǎn)錄試劑,常規(guī)和鏈特異性dscDNA合成,以及后續(xù)建庫所需的所有試劑。其中鏈特異性二鏈合成buffer中將dTTP替換為dUTP,使cDNA第二鏈中摻入dUTP,而本試劑盒使用的高保真DNA聚合酶無法擴(kuò)增含尿嘧啶的DNA模板,實(shí)現(xiàn)鏈特異性。提供的所有試劑都經(jīng)過嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗(yàn)證,zui大程度上保證了文庫構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

 

產(chǎn)品組分

 

運(yùn)輸與保存方法

 

冰袋運(yùn)輸。效期一年。存儲(chǔ)溫度如下,切不可搞錯(cuò)!

Box I:2-8℃保存;Box II:-20℃保存

 

注意事項(xiàng)

 

一、關(guān)于操作

1.為了您的安全和健康,請(qǐng)穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作。

2.請(qǐng)于使用前將試劑盒各組分置于室溫解凍。解凍后上下顛倒數(shù)次充分混勻,短暫離心后置于冰上待用。

3.推薦在帶熱蓋的PCR儀中進(jìn)行各步驟反應(yīng),使用前應(yīng)預(yù)熱PCR儀至反應(yīng)溫度附近。

4.請(qǐng)使用無RNase污染的耗材,并對(duì)實(shí)驗(yàn)區(qū)域定期進(jìn)行清理,推薦使用ThermoFisher公司的RNAZapTM高效核酸去除噴霧去除RNA酶污染。

5.PCR產(chǎn)物因操作不當(dāng)極容易產(chǎn)生氣溶膠污染,進(jìn)而影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確性。推薦將PCR反應(yīng)體系配制區(qū)和PCR產(chǎn)物純化檢測(cè)區(qū)進(jìn)行強(qiáng)制性的物理隔離;配備文庫構(gòu)建移液器等設(shè)備;定時(shí)對(duì)各實(shí)驗(yàn)區(qū)域進(jìn)行清潔(推薦使用ThermoFisher公司的DNAZapTM高效核酸去除噴霧),以保證實(shí)驗(yàn)環(huán)境的潔凈度。

二、應(yīng)用范圍

本試劑盒適用于起始模板量為0.1-4 μg(體積≤50 μL)的高質(zhì)量動(dòng)物、植物和真菌等真核生物的總RNA。如初始RNA濃度偏低,體積超過50 μL,可使用Hieff NGS® RNA Cleaner磁珠進(jìn)行濃縮。RNA需通過Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico芯片檢測(cè),RIN值要求>7,以保證mRNA有完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu)。

本試劑盒的mRNA分離模塊使用的是oligo (dT)磁珠,只有帶poly(A)尾的mRNA才能被提??;其他不具poly(A)尾的RNA,如非編碼RNA、無poly(A)尾的mRNA等不能適用本試劑盒。此外,F(xiàn)FPE樣本中的mRNA降解嚴(yán)重,通常無完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu),故亦無法使用本試劑盒進(jìn)行建庫。

本試劑盒所制備文庫可進(jìn)行多種RNA-Seq應(yīng)用,包括:

基因表達(dá)(gene expression)

單核苷酸變異檢測(cè)(single nucleotide variation discovery)

基因融合鑒定(gene fusion identification)

剪切變異體分析(splice variant analysis)

三、關(guān)于接頭連接(Adapter Ligation)

1. 目前華大智造有2種序號(hào)的接頭:1-128和501-596。關(guān)于其使用要求,請(qǐng)?jiān)斠娙A大智造“關(guān)于Adapter使用”有關(guān)說明或咨詢本公司。此外,華大智造申明:2種接頭由于設(shè)計(jì)工藝不同,禁止混用,否則測(cè)序數(shù)據(jù)無法拆分!

2. 我們建議選用高質(zhì)量的商業(yè)化接頭,如客戶使用自制接頭,請(qǐng)委托具有NGS引物合成經(jīng)驗(yàn)的公司,并備注需進(jìn)行嚴(yán)格的防污染控制。此外,進(jìn)行接頭退火操作時(shí),請(qǐng)?jiān)诔瑑襞_(tái)完成。每次只操作一種接頭,防止交叉污染。

3. 建庫過程中,接頭濃度過高或過低都會(huì)導(dǎo)致建庫成功率變低。本試劑盒操作方案中,所加入的接頭體積固定為5 μL,請(qǐng)根據(jù)初始的RNA投入量,參考表1對(duì)接頭進(jìn)行稀釋。接頭稀釋液請(qǐng)選擇0.1×TE buffer,稀釋過的接頭可在4°C保存48小時(shí)。

 

表1  Input Total RNA量與接頭濃度推薦表

Input Total RNA

Adapter stock concentration

100–499 ng

2 μM

500–4000 ng

5 μM

四、關(guān)于磁珠純化與分選(Bead-based Clean Up and Size Selection)

1. 建庫過程中有多個(gè)步驟需要使用DNA純化磁珠,我們推薦使用Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure® XP磁珠(Beckman Cat#A63880)進(jìn)行DNA純化和分選。

2. 磁珠使用前應(yīng)先平衡至室溫,否則會(huì)導(dǎo)致得率下降、分選效果不佳。

3. 磁珠每次使用前都應(yīng)充分振蕩混勻或使用移液器上下吹打充分混勻。

4. 轉(zhuǎn)移上清時(shí),請(qǐng)勿吸取磁珠,即使微量殘留都將影響后續(xù)文庫質(zhì)量。

5. 磁珠洗滌使用的80%乙醇應(yīng)現(xiàn)用現(xiàn)配,否則將影響回收效率。

6. 產(chǎn)物洗脫前應(yīng)將磁珠置于室溫干燥。干燥不充分容易造成無水乙醇?xì)埩粲绊懞罄m(xù)反應(yīng);過分干燥又會(huì)導(dǎo)致磁珠開裂進(jìn)而降低純化得率。通常情況下,室溫干燥3-5 min足以讓磁珠充分干燥。

7. DNA純化或長度分選產(chǎn)物如需保存,可使用0.1×TE Buffer洗脫,產(chǎn)物于4°C可保存2天,-20°C可保存1個(gè)月。

五、關(guān)于文庫擴(kuò)增(Library Amplification)

1. 本試劑盒中的文庫擴(kuò)增組分由本公司第二代高保真DNA聚合酶所組成,在第—代的基礎(chǔ)上,大大增強(qiáng)了擴(kuò)增的均一性,即使是低拷貝的基因,也能進(jìn)行無偏好性地?cái)U(kuò)增。

2. 文庫擴(kuò)增步驟需要嚴(yán)格控制擴(kuò)增循環(huán)數(shù)。循環(huán)數(shù)不足,將導(dǎo)致文庫產(chǎn)量低;循環(huán)數(shù)過多,又將導(dǎo)致文庫偏好性增加、重復(fù)度增加、嵌合產(chǎn)物增加、擴(kuò)增突變積累等多種不良后果。表2列舉了使用本試劑盒進(jìn)行文庫擴(kuò)增,Input Total RNA量與相應(yīng)擴(kuò)增循環(huán)數(shù)的推薦。

 

表2  Input Total RNA量與擴(kuò)增循環(huán)數(shù)推薦表*

Input Total RNA

Number of cycles

Non-stranded

Stranded

100 ng

12-14

14-16

1000 ng

10-12

12-14

≥2000 ng

8-10

10-12

【注】:*由于不同物種和組織所提取的Total RNA中,mRNA的含量差異較大實(shí)驗(yàn)中需根據(jù)建庫起始量、物種類型及樣本處理情況適當(dāng)調(diào)整擴(kuò)增循環(huán)數(shù)。

六、關(guān)于文庫質(zhì)檢(Library Quality Analysis)

1. 通常情況下,構(gòu)建好的文庫可通過長度分布檢測(cè)和濃度檢測(cè)來進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià)。

2. 文庫濃度檢測(cè)可使用:基于雙鏈DNA熒光染料的方法,如Qubit®、PicoGreen®等;基于qPCR定量的方法。

3. 推薦使用qPCR方法進(jìn)行文庫濃度檢測(cè):Qubit®等基于雙鏈DNA熒光染料的濃度測(cè)定方法,無法有效區(qū)分單端連接Adapter的產(chǎn)物、兩端均未連接Adapter的產(chǎn)物及其他不完整雙鏈結(jié)構(gòu)產(chǎn)物;qPCR定量基于PCR擴(kuò)增原理,僅定量樣品中兩端Adapter完整的文庫(即可測(cè)序的文庫),可排除單端或雙端都不連接Adapter的不可測(cè)序文庫的干擾。

4. 文庫濃度檢測(cè)不可使用:基于光譜檢測(cè)的方法,如NanoDrop®等。

5. 文庫長度分布檢測(cè),可通過Agilent Bioanalyzer 2100等基于毛細(xì)管電泳或微控流原理的設(shè)備進(jìn)行檢測(cè)。

 

使用方法

 

一、自備材料

1. 純化磁珠:Hieff NGS® DNA Selection Beads(Cat#12601)或AMPure XP Beads(Cat#A63880)或其他等效產(chǎn)品。

2. RNA質(zhì)控:Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效產(chǎn)品。

3. Adapters:詳情請(qǐng)咨詢?nèi)A大智造或本公司。

4. 文庫質(zhì)檢:Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效產(chǎn)品;文庫定量試劑。

5. 其他材料:無水乙醇、無菌超純水、低吸附槍頭、PCR管、磁力架、PCR儀等。

二、操作流程

 

圖1 mRNA建庫試劑盒操作流程

三、操作步驟

3.1 mRNA純化和片段化(mRNA Purification and Fragmentation)

1. 將mRNA Capture Beads從2-8℃取出,靜置使其溫度平衡至室溫,約30 min。

2. 準(zhǔn)備一個(gè)Nuclease free離心管,0.1-4 μg總RNA,用Nuclease free水將體積補(bǔ)至50 μL,冰上放置備用。

3. 顛倒或旋渦振蕩混勻磁珠,吸取50 μL磁珠懸液加入至50 μL總RNA樣品中,用移液器吹打6次,使其充分混勻。

4. 將磁珠與RNA的混合物置于PCR儀中,65℃,5 min;4℃,hold,使得RNA變性。

5. 室溫孵育5 min,使mRNA與磁珠*結(jié)合。

6. 將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,使mRNA與總RNA分離,小心移除上清。

7. 將樣品從磁力架上取出,用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠,移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,小心移除上清。

8. 重復(fù)步驟7,共洗滌兩次。

9. 將樣品從磁力架上取出,加入50 μL Tris Buffer重懸磁珠,用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。

10. 將樣品置于PCR儀中,80℃,2 min;25℃,hold,將mRNA洗脫下來。

11. 將樣品從PCR儀中取出,加入50 μL Beads Binding Buffer,用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。

12. 室溫放置5 min,使mRNA結(jié)合到磁珠上。

13. 將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,小心移除上清。

14. 將樣品從磁力架上取出,用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠,移液器反復(fù)吹打6次以*混勻,將樣品重新放回至磁力架中,室溫靜置5 min,吸掉全部上清。

【注】:后需要用10 μL移液器吸干凈殘留液體。

15.將樣品從磁力架上取出,用18.5 μL Frag/Prime buffer重懸磁珠,用移液器吹打6次以*混勻;將樣品置于PCR儀中(預(yù)設(shè)為94℃或85℃),可參考表3選擇片段化程序,但不同物種片段化的效果有差異,客戶可先根據(jù)自己的情況,做個(gè)片段化時(shí)間的梯度,比如94℃,5 min或85℃,6 min。使用Agilent 2100分析雙鏈cDNA純化產(chǎn)物大小。

 

表3  mRNA  pian段化程序選擇

插入片段大?。╞p)

打斷程序

150-200

94°C6 min;

200-300

94°C5 min;

250-450

85°C,8 min;

400-550

85°C,6 min;

16. 片段化程序結(jié)束后,為防止poly(A)尾RNA與磁珠結(jié)合,請(qǐng)立即將樣品置于磁力架中,待溶液澄清后,轉(zhuǎn)移17 μL上清至一個(gè)新的nuclease free離心管中,立刻進(jìn)入第—鏈合成反應(yīng)。

3.2 第—鏈cDNA的合成:

1. 將第—鏈合成試劑從-20°C取出,顛倒混勻后瞬離。按表4所示,配制第—鏈cDNA合成的反應(yīng)液。

 

4  第—鏈cDNA合成反應(yīng)體系

名稱

體積(μL)

Fragmented mRNA

17

Strand Specificity Reagent

6

1st Strand Enzyme Mix

2

2. 使用移液器輕輕吹打混勻,瞬離將反應(yīng)液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中,按照表5所示設(shè)置反應(yīng)程序,進(jìn)行第—鏈cDNA的合成。反應(yīng)結(jié)束后立即進(jìn)行第二鏈cDNA的合成。

 

5  第—鏈cDNA合成反應(yīng)程序

溫度

時(shí)間

熱蓋 105°C

On

25°C

10 min

42°C

15 min

70°C

15 min

4°C

Hold

3.3第二鏈cDNA的合成/末端修復(fù)/加A

1. 將第二鏈合成試劑從-20 °C取出,解凍后顛倒混勻;按照表6所示,配制第二鏈cDNA合成/末端修復(fù)/加A反應(yīng)液。

 

表6 第二鏈cDNA合成反應(yīng)體系

名稱

體積(μL)

1st Strand cDNA

25 μL

2nd Strand Buffer ( dNTP or dUTP)*

30 μL

2nd Strand Enzyme Master Mix

5 μL

【注】:*如構(gòu)建普通mRNA文庫,請(qǐng)使用含dNTP的buffer;如構(gòu)建鏈特異性mRNA文庫,請(qǐng)使用含dUTP的buffer。

2. 使用移液器輕輕吹打混勻,瞬離將反應(yīng)液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中,按照表7所示設(shè)置反應(yīng)程序,進(jìn)行第二鏈cDNA的合成。

 

7  第二鏈cDNA合成反應(yīng)程序

溫度

時(shí)間

熱蓋 105°C

on

16°C

30 min

72°C

15 min

4°C

Hold

3.4 接頭連接(Adapter Ligation)

該步驟可在末端修復(fù)和dA尾添加的產(chǎn)物末端,連接特定的MGI®接頭。

1. 參考注意事項(xiàng)三中的表1,根據(jù)Input RNA量,稀釋Adapter至合適濃度。

2. 將表8中各試劑解凍后顛倒混勻,置于冰上備用。

3. 于3.3步驟結(jié)束后的PCR管中繼續(xù)配制表8所示反應(yīng)體系。

 

8  Adapter Ligation體系

名稱

體積(μL)

dA-tailed DNA

60

Ligation Enhancer

30*

Fast T4 DNA Ligase

5

DNA Adapter

5**

【注】:*Ligation Enhancer使用前請(qǐng)上下顛倒、振蕩,充分混勻并瞬時(shí)離心后使用。

**請(qǐng)根據(jù)注意事項(xiàng)三中表1的提示,用0.1×TE buffer對(duì)接頭進(jìn)行稀釋,接頭體積固定為5 μL。

4. 使用移液器輕輕吹打混勻,并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。

5. 將PCR管置于PCR儀中,設(shè)置表9所示反應(yīng)程序,進(jìn)行接頭連接反應(yīng):

 

9  Adapter Ligation反應(yīng)程序

溫度

時(shí)間

熱蓋

Off

20°C

15 min

4°C

Hold

【注】:當(dāng)Input DNA量較低時(shí),可嘗試將連接時(shí)間延長一倍,這將提高連接效率。

3.5 連接產(chǎn)物純化和片段大小分選(Post Ligation Clean Up and Size Selection)

目前有兩個(gè)方案應(yīng)用于該步驟,當(dāng)插入片段<200 bp時(shí),使用方案A;當(dāng)插入片段≥200 bp時(shí),使用方案B。

方案A:適用于插入片段150-200 bp的文庫(mRNA打斷方案為94°C,6 min)

1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.6×,Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5,總計(jì)漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。

8. 將PCR管從磁力架中取出,加入102 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約5 min),小心移取100 μL上清至新PCR管中,準(zhǔn)備進(jìn)行第二輪純化。

9.  吸取80 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.8×,Beads:DNA=0.8:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。

10. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。

11. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。

12. 重復(fù)步驟5,總計(jì)漂洗兩次。

13. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。

14. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約5 min),小心移取20 μL上清至新PCR管中,進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

方案B:適用于插入片段大于200 bp的文庫(mRNA打斷方案為94°C,5 min或85℃,8 min

方案B-1:接頭連接產(chǎn)物的純化

1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取80 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.8×,Beads:DNA=0.8:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5,總計(jì)漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。

8. 將PCR管從磁力架中取出,加入102 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約5 min),小心移取100 μL上清至新PCR管中,準(zhǔn)備進(jìn)行雙輪分選。

【注】:Ligation Enhancer中含有的高濃度PEG會(huì)對(duì)磁珠雙輪分選產(chǎn)生影響,所以必須經(jīng)過一輪純化后再進(jìn)行雙輪分選。

方案B-2:雙輪分選

1. 請(qǐng)渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

2. 根據(jù)DNA   pian段長度要求,參考表10,在上述100 μL DNA中加入第—輪分選磁珠,渦旋或移液器吹打10次混勻。

 

10  文庫分選推薦磁珠比例

DNA文庫插入片段大小(峰值,bp)

~ 200

~ 300

~ 400

~ 500

打斷條件

94℃,5 min

85℃,8 min

85℃,8 min

85℃,6 min

  接頭連接之后分選或文庫擴(kuò)增之后分選

第—輪體積比

0.78×

0.68×

0.58×

0.4

第二輪體積比

0.20×

0.20×

0.20×

0.20×

【注】:此表推薦的雙輪分選比例適用于AMPure® XP磁珠和Hieff NGS® DNA Selection Beads;表中“×”表示樣品DNA體積。如所需文庫插入片段主峰為200 bp時(shí),若在接頭連接之后分選,樣品DNA體積為100 μL,則第—輪分選磁珠使用體積為0.78×100 μL=78 μL,第二輪分選磁珠使用體積為0.20×100 μL=20 μL

3. 室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約5 min),小心轉(zhuǎn)移上清到干凈的離心管中,殘留1-2 μL溶液于管底。

5. 參考表10向上清中加入第二輪分選磁珠。

6. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻,室溫靜置5 min。

7. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。

8. 保持PCR管始終處于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec,小心移除上清。

9. 重復(fù)步驟8。

10. 保持PCR管始終處于磁力架中,開蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(約5 min)。

11. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻,室溫靜置5 min。

12. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后(約5 min),小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈管中。

3.6文庫擴(kuò)增(Library Amplification)

該步驟將對(duì)純化或長度分選后的接頭連接產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴(kuò)增富集。

1. 將表11中的試劑解凍后顛倒混勻,置于冰上備用。

2. 于無菌PCR管中配制表11所示反應(yīng)體系。

 

11  接頭連接產(chǎn)物PCR反應(yīng)體系

組分名稱

體積(μL)

Ultima HF Amplification Mix

25

Primer Mix for MGI®

5

Adapter Ligated DNA

20

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻,并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。

4. 將PCR管置于PCR儀中,設(shè)置表12示反應(yīng)程序,進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

 

表12  PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序

溫度

時(shí)間

循環(huán)數(shù)

98°C

1 min

1

98°C

10 sec

參照表2(注意事項(xiàng)五)

60°C

30 sec

72°C

30 sec

72°C

5 min

1

4°C

Hold

-

3.7 擴(kuò)增產(chǎn)物磁珠純化或分選(Post Amplification Clean Up/Size Selection)

同3.5步驟中純化操作步驟。使用Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.9×,Beads:DNA=0.9:1)純化文庫擴(kuò)增產(chǎn)物。

3.8 文庫質(zhì)量控制

通常情況下,構(gòu)建好的文庫可通過濃度檢測(cè)和長度分布檢測(cè)來進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià),具體請(qǐng)參見注意事項(xiàng)六。

3.9 文庫環(huán)化

使用Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®Cat#13341)或其他等效產(chǎn)品進(jìn)行文庫單鏈環(huán)化反應(yīng)。

附錄一:mRNA  pian段化

 

圖2. mRNA不同打斷時(shí)間對(duì)應(yīng)雙鏈cDNA   pian段范圍。取1 μg Universal Human Reference RNA,經(jīng)mRNA提取試劑盒提取后,分別以94°C,6 min、85℃,8 min和85℃,5 min處理。打斷后mRNA進(jìn)行雙連cDNA的合成,經(jīng)過1.8×磁珠回收后,通過Agilent 2100 Bioanalyzer進(jìn)行檢測(cè)。

【注】:本結(jié)果使用的RNA是Agilent公司的Universal Human Reference RNA,若使用其他來源的RNA,優(yōu)化打斷時(shí)間。

 



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