在活細胞狀態(tài)下，通過甲醛固定DNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物后，采用微球菌核酸酶（Micrococcal Nucleas）（注：早期使用的超聲已經(jīng)被淘汰了，不推薦使用）隨機切斷DNA，形成一個個一定長度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，隨后通過抗原-抗體特異性結(jié)合反應(yīng)富集、沉淀這些小片段，然后通過對NaC、蛋白酶K解除蛋白質(zhì)和DNA的交聯(lián)，分離蛋白，純化DNA，最后采用PCR檢測DNA的序列信息，獲取更多信息。

從上面的原理就可以看出，ChIP實驗步驟大致可分6步：

（1）1%甲醛處理使蛋白質(zhì)與 DNA 交聯(lián) ；

（2）細胞裂解，采用微球菌核酸酶消化形成染色質(zhì)小片段；

（3）抗原-抗體反應(yīng)，促進免疫沉淀反應(yīng)；

（4）NaCl、蛋白酶 K 處理，解除DNA-蛋白交聯(lián)；

（5）DNA 純化回收；

（6）采用1.8%瓊脂糖凝膠電泳、RT-PCR對DNA作進一步分析。

甲醛處理細胞---收集細胞，超聲破碎---加入目的蛋白的抗體，與靶蛋白-DNA復(fù)合物相互結(jié)合---加入ProteinA，結(jié)合抗體-靶蛋白-DNA復(fù)合物，并沉淀---對沉淀下來的復(fù)合物進行清洗，除去一些非特異性結(jié)合---洗脫，得到富集的靶蛋白-DNA復(fù)合物---解交聯(lián)，純化富集的DNA-片斷---PCR分析。

基本的ChIP 實驗包括五個步驟（如下圖），分別是交聯(lián)、染色質(zhì)片段化、免疫沉淀、DNA 回收和純化以及分析 DNA。由于實驗材料的不同，可能會造成在交聯(lián)和染色質(zhì)片段化方面存在一些不同，需要不斷優(yōu)化條件，才能得到高質(zhì)量的 DNA 從而進行后續(xù)的 ChIP 分析。

利用 ChIP 檢測特定的轉(zhuǎn)錄因子在基因組中的結(jié)合位置及序列，可發(fā)現(xiàn)下游基因的順式調(diào)控元件，從而幫助完善轉(zhuǎn)錄因子參與的分子通路。

ChIP 可用于檢測 RNA 聚合酶II以及其他轉(zhuǎn)錄組分的結(jié)合位點，從而發(fā)現(xiàn)啟動子和增強子的序列，同時也可能發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄調(diào)控機制。

ChIP 研究在組蛋白密碼的發(fā)現(xiàn)和表征方面起著關(guān)鍵的作用，通過 ChIP 可發(fā)現(xiàn)組蛋白特異性修飾的水平，同時也可明確組蛋白的修飾對基因的調(diào)控作用。