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初始狀態(tài)：維也納大學(xué)醫(yī)學(xué)院臨床研究的一個被CD3陽性細(xì)胞染色的前列腺部分的樣本。該課題的目的是進(jìn)行T-cells分布的分析。
組織檢測：組織分析的一步是對組織邊界和空穴進(jìn)行自動檢測識別。
所有細(xì)胞核的虛擬通道: 在下一步中圖像的顏色會被分成藍(lán)色和棕色然后細(xì)胞核會被檢測出。
上皮細(xì)胞核的Heat 圖: 通過細(xì)胞核（藍(lán)色）的形態(tài)特征來區(qū)分細(xì)胞亞群，進(jìn)而產(chǎn)生相應(yīng)的熱點圖。
上皮部分的膜: 小型對象的heat圖很清晰，然后以此為基礎(chǔ)上皮細(xì)胞和腫瘤細(xì)胞的膜產(chǎn)生。
上皮細(xì)胞的間距測量: 被檢測的上皮細(xì)胞組織被用于分析，所有CD3細(xì)胞的間距都被測量。上皮細(xì)胞的T細(xì)胞測量區(qū)域被確定以間距為0-25um為范圍，25-50um和50-75um。
TG引入細(xì)胞社會學(xué)概念
在一個較大的器官中，一個功能正常的細(xì)胞只是一個小的細(xì)胞單元的一個成員。它的發(fā)展和分化與母細(xì)胞和相鄰細(xì)胞所決定。
因此，在細(xì)胞所處的具體環(huán)境中進(jìn)行分析是很重要的。
針對組織中細(xì)胞實際情況中的特點StrataQuest包含特殊的圖像處理工具。區(qū)別于間距測量的是，特殊的圖像處理工具有確定具體細(xì)胞聯(lián)系的功能。
90種抗原+被檢測的生物形態(tài)結(jié)構(gòu)+確定的細(xì)胞類型中，我們可以得到什么？
MELC是一種多重染色技術(shù)，每次染色都有染色、成像、漂白的過程。每一個染色過程都能夠利用一種抗體在一種不同的蛋白質(zhì)中。結(jié)果呈現(xiàn)同一樣本中多種蛋白質(zhì)分布的集合的圖像。 對于補(bǔ)充數(shù)據(jù)比較多的自動圖像分析是一個理想的工具?；颊吆谒亓龅钠つw細(xì)胞MELC的樣本被分析。
該課題的目的是量化所有90蛋白質(zhì)在melan-A陽性黑素瘤細(xì)胞的周圍的表達(dá)。部分運行步驟和結(jié)構(gòu)列出。
生物形態(tài)的染色在基質(zhì)和腫瘤方面的檢測
主要優(yōu)勢之一是能夠只根據(jù)生物形態(tài)染色來劃分生物結(jié)構(gòu)。
在以下的案例中該軟件被用于檢測在被免疫組化染色的腫瘤樣品的腫瘤間部分基質(zhì)較薄的區(qū)域以便對CD8+T細(xì)胞進(jìn)行蘇木精復(fù)染色。復(fù)染色被利用在基質(zhì)的檢測中。
基質(zhì)部分只需利用hemalaun復(fù)染色被檢測，17.3%的樣本是基質(zhì)（橘色外框）。22%的CD8+T細(xì)胞存在基質(zhì)部分（綠色）。
血管中腫瘤細(xì)胞的間距
該軟件的細(xì)胞形態(tài)分析功能也能夠應(yīng)用于免疫熒光樣本中。例如，腫瘤區(qū)域能夠用特異的anti-cytokeratin+cells進(jìn)行檢測。血管組織用anti-CD31特異染色進(jìn)行檢測。血管中腫瘤部分的細(xì)胞間距也能夠被測量。
結(jié)果：血管組織中腫瘤細(xì)胞的數(shù)目及每個細(xì)胞間的距離都會呈現(xiàn)出來： 0-50 μm: 6.988/52%; 50-100 μm: 3.483/26%; 100-150 μm: 1.845/14%。
單個細(xì)胞的獲取和細(xì)胞群簇的特性
可以提供雙重的功能。一種是視覺上分離然后處理特殊的細(xì)胞類型，比如利用TissueFAXS掃描得到的。另一種是，檢測和分析相對大的器官中的細(xì)胞亞群。群簇通過特殊的中央細(xì)胞和其它的群簇細(xì)胞的間距和可見的特殊染色類型被確定。
以下圖像描述了兩種工作流程的主要部分在被DAPI，F(xiàn)OXP3，CD25和CD4的結(jié)腸樣本中。
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