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PCR引物的設(shè)計(jì)
五、PCR引物的設(shè)計(jì)
（一）一般原則
1、引物長(zhǎng)度在15～30堿基。引物過(guò)短，會(huì)使特異性降低。過(guò)長(zhǎng)會(huì)提高相應(yīng)的退火溫度，且合成引物的成本增加。
2、引物中堿基的分布是隨機(jī)的，避免4個(gè)以上的嘌呤或嘧啶的連續(xù)排列，G+C含量宜在
45～55％左右。
3、避免兩引物間的互補(bǔ)，特別是3‘端互補(bǔ)，以免形成二聚體。
4、引物自身不應(yīng)存在連續(xù)超過(guò)3bp的互補(bǔ)序列， 否則引物自身會(huì)折疊成發(fā)夾結(jié)構(gòu)或引物本身變性。
5、引物的3’端不能有任何修飾，也不能有形成任何二級(jí)結(jié)構(gòu)的可能。
6、引物的5’端限定著PCR產(chǎn)物的長(zhǎng)度，可根據(jù)產(chǎn)物的要求不同， 可以選用不同的引物修飾法。
7、引物與非擴(kuò)增序列的同源性不應(yīng)超過(guò)70％。
（二）引物設(shè)計(jì)的方法
1、直接提交模板序列到特定網(wǎng)頁(yè)。
2、引物設(shè)計(jì)軟件。功能：首先是引物分析評(píng)價(jià)功能，其中以“Oligo 6"為優(yōu)秀；其次是引物的自動(dòng)搜索功能，各種軟件在這方面的側(cè)重點(diǎn)不同。
六、PCR產(chǎn)物的檢測(cè)
（一）瓊脂糖凝膠電泳
是PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的分離、純化和鑒定常用的方法。其分辨率很高，可測(cè)出1ng DNA。一般800bp以上的片段用0.8%的膠，800bp以下的片段用1.0%～2.0%的膠。
（二）聚丙烯酰胺凝膠電泳
靈敏度比瓊脂糖凝膠電泳高，主要用于分離制備小于1kb長(zhǎng)度的低分子質(zhì)量基因片段，因此特別適用于合成的基因片段的分離和檢測(cè)。適用于PCR擴(kuò)增效率低時(shí)產(chǎn)物的檢測(cè)。根據(jù)擴(kuò)增片段的大小選擇合適的膠濃度，電泳后可用銀染或溴乙錠染色檢測(cè)，銀染比EB染色檢測(cè)靈敏度高2～10倍。
（三）層析技術(shù)
高效液相色譜(HPLC)是在常壓基礎(chǔ)上發(fā)展起來(lái)的一項(xiàng)現(xiàn)代化分析技術(shù)，其特點(diǎn)是分離速度快、效果好，是目前基因片段分離純化所廣泛采用的方法之一。
離子交換層析（ IEC ）的基礎(chǔ)是溶質(zhì)分子所攜帶的電荷，而合成的基因片段恰好具有這一性質(zhì)。因此，IEC分析廣泛應(yīng)用于DNA的合成及其擴(kuò)增后的分離純化。
（四）分子雜交
為了確定PCR產(chǎn)物是否是預(yù)先設(shè)計(jì)的目的片段，或產(chǎn)物是否有突變，都需做分子雜交檢測(cè)。分子雜交包括點(diǎn)雜交和Southern印跡雜交。點(diǎn)雜交靈敏度較高，特別適用于特異性不高的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物分析。
Southern印跡雜交可鑒定PCR產(chǎn)物的大小和特異性，檢測(cè)靈敏度可達(dá)10ng?；具^(guò)程是PCR產(chǎn)物進(jìn)行常規(guī)的瓊脂糖凝膠電泳，然后，印跡轉(zhuǎn)移到尼龍膜上，再用標(biāo)記的探針進(jìn)行雜交檢測(cè)。
（五）限制性內(nèi)切酶酶切分析
若知道PCR擴(kuò)增片段的序列或限制性內(nèi)切酶酶切圖譜，則可選擇合適的限制酶消化PCR產(chǎn)物，再進(jìn)行電泳分析，根據(jù)PCR酶切產(chǎn)物的電泳圖譜，可判定PCR產(chǎn)物的特異性及是否存在突變。
（六）PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的直接測(cè)序
直接序列分析是指在PCR擴(kuò)增基因組DNA序列的基礎(chǔ)上，直接進(jìn)行基因核苷酸序列分析的方法，是檢測(cè)基因突變有效、直接的方法。
七、PCR中應(yīng)注意的事項(xiàng)
（一）防止污染
試劑小量分裝
吸頭及Ep管一次性使用
器皿及工作區(qū)域要分開(kāi)，無(wú)菌操作
（二）設(shè)立對(duì)照：
陽(yáng)性對(duì)照：陽(yáng)性模板
陰性對(duì)照：陰性模板
試劑對(duì)照：除模板外的所有組分