升華干燥是凍干食品生產過程中的核心工藝。要控制好工藝條件：
①裝載量干燥時，凍干機的濕重裝載量即單位面積干燥板上被干燥的質量，是決定干燥時間的重要因素。被干燥食品的厚度也是影響干燥時間的因素。
冷凍干燥時，物料的干燥是由外層向內層推進，因此，被干燥物料較厚時，需要較長的干燥時間。在實際干燥時，被干燥物料均被切成15～30mm的均一厚度。單位面積干燥板所應裝載的物料量，應根據(jù)加熱方式及干燥食品的各類而定。在采用工業(yè)化大規(guī)模裝置進行干燥時，若干燥周期為6～8h，則干燥板物料裝載量為5～15kg/m2.
②干燥溫度冷凍干燥時，為能縮短干燥時間，必須有效地供給冰晶升華所需要的熱量，因此設計出各種實用的加熱方式。干燥溫度必須是控制在以不引起被干燥物料中冰晶融解、已干燥部分不會因過熱而引起熱變性的范圍內。因此，在單一加熱方式中，干燥板的溫度在升華旺盛的干燥初期應控制在70～80℃，干燥中期在60℃，干燥后期在40～50℃。
③干燥終點的判斷干燥終點可用下列指征來判定：物料溫度與加熱板溫度基本趨于一致并保持一段時間；泵組（或冷阱）真空計與干燥室真空計趨于一致，并保持一段時間；干燥室真空計冷阱溫度基本上回復到設備空載時的指標并保持一段時間；對有大蝶閥的凍干機，可關閉大蝶閥，真空機基本不下降或下降很少。以上4個判定依據(jù)，即可單獨使用，亦可組合或聯(lián)合使用。
后處理后處理包括卸料，半成品選別，包裝等工序。
凍干結速后，往干燥室內注入氮氣或干燥空氣破除真空，然后立即移出物料在一個相對濕度50%以下，溫度22～25℃，塵埃少的密閉環(huán)境中卸料，并在相同的環(huán)境中進行半成品的選別及包裝。因為凍干后的物料具有龐大的表面積，吸濕性非常強，因此需要在一個較為干燥的環(huán)境下，完成這些工序的操作。
包裝與貯存食品凍干后具有龐大的表面積，食品中的一些成分直接裸露到空氣中，易接觸到空氣中的氧及吸附水分，從而導致凍干食品的逐漸變質。其次，大多數(shù)凍干食品均具有天然色澤，這些天然色素易在光照下降解。在氧化作用及色素降解過程中，溫度也是一個影響此類化學反應的重要因素。因此，凍干食品的包裝主要考慮如何防止或減輕上述4個因素的影響。
凍干食品所具有的多孔海綿狀結構，既有其有利的一面，也有其不利的一面：一是產品一旦暴露于空氣中容易吸濕和氧化降質，所以，凍干食品應抽真空包裝，充氮包裝；二是凍干食品所占體積相對較大，不利于包裝、運輸、銷售，因此凍干食品常被壓縮后包裝。此外，多孔疏松狀結構使得凍干食品在運輸、銷售途中極易破碎，因此，對于那些不便壓縮包裝的凍干食品，應具有一定保護作用的包裝材料或包裝形式。
凍干食品常用的包裝材料為PE袋及復合鋁鉑袋，PE袋常用作大包裝用，復合鋁鉑袋常用作小包裝用，外包裝通常都選用牛皮瓦楞紙板箱，其大小符合集裝箱運輸之需要，用PE袋作內包裝時，為強化其隔絕氧、水、汽的作用，常用雙層，必要時，還可采用鐵罐包裝，但價格較高，應用不很普遍。不論采用何種包裝材料，均需采用抽真空充氮，并添加除氧劑及干燥劑。
凍干食品應貯存在陰涼、干燥處，如有條件，放置在低溫低濕的環(huán)境中，保質期通常為1～2年，采用鐵罐包裝時可適當延長。
博醫(yī)康食品凍干機形象展示：
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