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1. 金屬模塊式PCR基因擴(kuò)增儀
此類擴(kuò)增儀可用于普通0.5ml管、薄壁管DNA擴(kuò)增和原位DNA擴(kuò)增，其核心為鋁或不銹鋼加熱塊，上面分布數(shù)量不等的樣品管孔，采用電阻加熱、壓縮機(jī)制冷、半導(dǎo)體調(diào)制溫度或電子調(diào)制溫度。該機(jī)體積小，升降溫速度快，樣品基座溫度準(zhǔn)確、均一度高，自動(dòng)化程度高，擴(kuò)增程序容量較大，檢測(cè)樣品數(shù)目多。操作簡單、方便，檢測(cè)結(jié)果穩(wěn)定可靠性高，但價(jià)格比較昂貴，適宜于大型綜合性科研機(jī)構(gòu)或診斷、檢疫單位使用。是目前國內(nèi)外生產(chǎn)和使用較為普遍的PCR基因擴(kuò)增儀。
2. 氣流式PCR基因擴(kuò)增儀
主要由對(duì)流恒溫箱（機(jī)殼）、熱氣源、冷氣源、控制器等組成，將樣品管置于對(duì)流恒溫箱中，由控制器控制熱空、熱輻射源和大功力風(fēng)扇，以提供冷熱空氣，變換反應(yīng)管的溫度。該擴(kuò)增儀的成本低，整個(gè)系統(tǒng)沒有液體流動(dòng)，安全度高。
3、水浴式PCR基因擴(kuò)增儀
該儀溫度可調(diào)、恒溫精度高、溫度均勻，價(jià)格低廉，適用于基層實(shí)驗(yàn)室使用，但機(jī)械臂易出故障，水浴槽中水份易蒸發(fā)（覆蓋礦物油可防止蒸發(fā)），體積較大。一般由三個(gè)不同溫度的水浴槽和機(jī)械臂組成，樣品管分別浸于三個(gè)水浴槽中，完成變性、復(fù)性和延伸三個(gè)過程，反應(yīng)管在每個(gè)槽中停留的時(shí)間和槽間移動(dòng)通過微電腦及其控制的機(jī)械臂完成。此外還有一類水浴式PCR儀，只有一個(gè)固定樣品槽，通過微機(jī)控制將不同溫度的水泵入或排出達(dá)到溫度控制完成DNA擴(kuò)增的目的，此類型的PCR儀應(yīng)用較少。
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