TM：微生物混合培養(yǎng)前景可期（綜述）
Trends in Microbiology[IF:11.020]
① 自微生物學(xué)建立以來一直受到單純培養(yǎng)的限制，而混合培養(yǎng)模式的出現(xiàn)為了解微生物開辟了另一條途徑，也對(duì)微生物生態(tài)、共生、病理等領(lǐng)域產(chǎn)生了深刻影響；② 而從純培養(yǎng)到混合培養(yǎng)的轉(zhuǎn)變主要依賴于三項(xiàng)技術(shù)的進(jìn)步：微流體技術(shù)，下一代3D生物打印，單細(xì)胞代謝組學(xué)；③ 這些技術(shù)的進(jìn)步有望在未來實(shí)現(xiàn)涉及三種及以上微生物的系統(tǒng)性大規(guī)模共生培養(yǎng)研究；④ 相關(guān)技術(shù)包括：傳統(tǒng)培養(yǎng)法、微流控技術(shù)、基于微滴的封裝技術(shù)、不同的chamber等。
From Axenic to Mixed Cultures: Technological Advances Accelerating a Paradigm Shift in Microbiology
2017-11-27  DOI: 10.1016/j.tim.2017.11.004

NPJBM：結(jié)直腸癌組織中的生物被膜及菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 對(duì)來自馬來西亞的一組結(jié)直腸癌（CRC）患者進(jìn)行16S rRNA基因擴(kuò)增子測(cè)序和生物被膜定量分析，并對(duì)另11個(gè)數(shù)據(jù)庫中CRC患者的糞便和結(jié)直腸組織菌群的公開數(shù)據(jù)進(jìn)行了高分辨率的薈萃分析；② 結(jié)果證實(shí)CRC組織富集了侵襲性生物被膜（尤其是右側(cè)腫瘤）、1種具有致腫瘤發(fā)生能力的共生體（脆弱擬桿菌）和口腔致病菌（包括具核梭桿菌、消化鏈球菌、 Parvimonas micra）；③ 來自人口腔菌群的物種在CRC組織中高度富集。
High-resolution bacterial 16S rRNA gene profile meta-analysis and biofilm status reveal common colorectal cancer consortia
2017-11-29  DOI: 10.1038/s41522-017-0040-3

NPJBM：與抗結(jié)直腸癌藥物代謝相關(guān)的腸道菌群特征
NPJ Biofilms and Microbiomes[IF:N/A]
① 腸道內(nèi)的細(xì)菌β-葡萄糖醛酸酶（BG）可再活化排泄至腸道的無活性的伊立替康的代謝產(chǎn)物（SN-38G）；② 收集20例健康志愿者的糞便樣本進(jìn)行分析，未發(fā)現(xiàn)與代謝型相關(guān)的菌群特征；③ 轉(zhuǎn)換率高的菌群代謝型，明顯增加伊立替康依賴性不良反應(yīng)的風(fēng)險(xiǎn)，該型與某些細(xì)菌（包括柔嫩梭菌群、擬桿菌屬物種、未培養(yǎng)的梭菌屬物種）的BG相關(guān)，④ 在目標(biāo)人群中抑制BG可減少伊立替康依賴性不良反應(yīng)；⑤ 宏基因組聯(lián)合代謝組學(xué)，有助于研發(fā)分析CRC療效的生物標(biāo)志物。
Human microbiome signatures of differential colorectal cancer drug metabolism
2017-11-01  DOI: 10.1038/s41522-017-0034-1

ACSID：腸道菌群如何代謝抗腫瘤藥物阿霉素
ACS Infectious Diseases[IF:3.600]
① 篩選分析腸道菌群分離株使抗腫瘤藥物阿霉素失活的能力；② 鑒定出Raoulla planticola在厭氧條件下是潛在的使藥物失活的菌株；③ R. planticola可使阿霉素去糖基化，生成代謝產(chǎn)物7-脫氧阿霉素醇及7-脫氧doxorubicinolone；④ 厭氧條件下，阿霉素還可被肺炎克雷伯菌及大腸桿菌BW25113降解，降解過程需要鉬喋呤依賴性酶的參與；⑤ R. planticola對(duì)阿霉素的去糖基化可降低藥物對(duì)秀麗隱桿線蟲的毒性。
Transformation of the anticancer drug doxorubicin in the human gut microbiome
2017-11-21  DOI: 10.1021/acsinfecdis.7b00166

COP：測(cè)序用于兒科感染診斷（綜述）
Current Opinion in Pediatrics[IF:2.234]
① 用宏基因組學(xué)檢測(cè)病原體時(shí)，無需預(yù)判病原體范圍，也不存在靶向測(cè)序法中的偏倚性；② 近年來，宏基因組學(xué)方法已開始被用于診斷感染、鑒定抗性基因、調(diào)查疾病爆發(fā)和防控傳染?。虎?宏基因組學(xué)方法的耗時(shí)和成本在不斷降低，在兒科臨床感染診斷等領(lǐng)域里有很好的應(yīng)用前景，如檢測(cè)中樞神經(jīng)系統(tǒng)中的病毒感染、檢測(cè)新型病原體感染等；④ 存在的局限包括：人體DNA的污染、生信分析的難度、缺乏標(biāo)準(zhǔn)流程、鑒定出病原體的遺傳物質(zhì)不等同于感染，等等。
Metagenomics in pediatrics: using a shotgun approach to diagnose infections
2017-11-17  DOI: 10.1097/MOP.0000000000000577

SR：可靠的代謝綜合征小鼠模型
Scientific Reports[IF:4.259]
① TSOD小鼠可自發(fā)性發(fā)生肥胖和肥胖相關(guān)的綜合征；② 相比同齡正常小鼠，24周齡的TSOD小鼠的革蘭氏陽性菌增加，革蘭氏陰性菌減少；③ 擬桿菌門相對(duì)豐度降低，厚壁菌門相對(duì)豐度增加，且9個(gè)菌屬發(fā)生了變化；④ 血漿總短鏈脂肪酸（SCFA）含量顯著低于正常鼠，乙酸含量降低，丙酸和丁酸含量增加，且不含戊酸和己酸等少數(shù)SCFA；⑤ TSOD小鼠因腸道菌群失調(diào)繼而破壞血漿SCFA組成，是研究腸道菌群失調(diào)、SCFA和代謝綜合征的有用模型。
Analysis of the gut microbiome and plasma short-chain fatty acid profiles in a spontaneous mouse model of metabolic syndrome
2017-11-20  DOI: 10.1038/s41598-017-16189-5

Science：亞硝酸鹽氧化細(xì)菌在深海碳固定中的作用

Science[IF:37.205]
① 采用16S rRNA基因PCR，篩選了39份深海氧合水團(tuán)樣本和2份海岸系統(tǒng)季節(jié)性氧樣本中的細(xì)菌和古菌的3463個(gè)單擴(kuò)增基因組（SAG）；② 單細(xì)胞基因組學(xué)和群落宏基因組學(xué)提示，海洋中Nitrospinae菌門是豐度zui高、分布zui廣泛的亞硝酸鹽氧化細(xì)菌（NOB）；③ 宏蛋白質(zhì)組和宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析提示亞硝酸鹽氧化是Nitrospinae菌門的zui主要產(chǎn)能途徑；④ Nitrospinae菌門固定了北大西洋西部中遠(yuǎn)海15-45%的無機(jī)碳。
Major role of nitrite-oxidizing bacteria in dark ocean carbon fixation
2017-11-24  DOI: 10.1126/science.aan8260

FM：與遠(yuǎn)古火星有相似點(diǎn)的地球高硫酸鹽環(huán)境存微生物

Frontiers in Microbiology[IF:4.076]
① 生物可在高滲透壓、高鹽低水環(huán)境中生存，火星上硫酸鹽廣泛沉積，可見遠(yuǎn)古的火星正是鹽水遍布的環(huán)境；② 利用加拿大的斑點(diǎn)湖（高硫酸鹽水平）模仿遠(yuǎn)古火星進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，通過宏基因組測(cè)序獲得沉積物中微生物結(jié)構(gòu)的表征；③ 鑒定出包含厚壁菌門、擬桿菌門等在內(nèi)的多樣性細(xì)菌菌落，大量未知細(xì)菌及少量古菌，幾乎沒有DNA病毒；④ 高鹽、高礦化的環(huán)境并不能阻擋微生物生存，相反，有助于有機(jī)材料和生物標(biāo)志物的保留。
Microbial Diversity in a Hypersaline Sulfate Lake: A Terrestrial Analog of Ancient Mars
2017-09-26  DOI: 10.3389/fmicb.2017.01819