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DNA合成儀 功能 原理 使用方法 日常維護(hù) 基本結(jié)構(gòu)

來(lái)源:蘇州亞凡生物技術(shù)有限公司   2011年04月01日 10:56  

DNA合成儀

 

  
DNA合成儀

設(shè)計(jì)用于合成結(jié)構(gòu)上類似DNA或RNA的寡核苷酸的自動(dòng)化儀器。一般應(yīng)用于固相合成法,每次將一個(gè)核苷酸加到所接長(zhǎng)的寡核苷酸鏈上,加入每一個(gè)核苷酸都利用相同的化學(xué)反應(yīng)與相應(yīng)的嘌呤或嘧啶堿基衍生物作用。所用化學(xué)反應(yīng)和操作細(xì)節(jié)隨不同的儀器而改變,zui廣泛應(yīng)用的方法是DNA合成的磷酸酰胺法。

 

 

 

功能及原理

 

基本組成結(jié)構(gòu)和性能

(一)壓力系統(tǒng)

  系統(tǒng)壓力由超純氬(99.998%)提供。氬氣密度高、氧污染少,因此高壓氬氣常常用來(lái)啟動(dòng)真空輔助系統(tǒng)及供給合成儀調(diào)節(jié)器。進(jìn)入合成儀的氬氣通過(guò)10txm的顆粒過(guò)濾器后送到3個(gè)壓力調(diào)節(jié)器,調(diào)節(jié)器將氬氣輸送到特定的壓力閥來(lái)增加試劑和溶劑瓶的壓力。調(diào)節(jié)器也將氬氣供給柱子和試劑閥體。

(二)試劑和溶劑儲(chǔ)液瓶

  儀器上每個(gè)儲(chǔ)液瓶都有特定的位置,儲(chǔ)液瓶蓋座和儀器上所有號(hào)碼相對(duì)應(yīng),儀器上的位置或儲(chǔ)液瓶的編號(hào)都是1—8(5個(gè)堿基的儀器為1~5)、9、10、11、12、14、15、18和19(配有自動(dòng)分析的儀器)。將1~8號(hào)瓶向上推,在聚四氟乙烯插塞周圍有一“O”形環(huán),每一瓶頸內(nèi)部形成一氣密塞。因?yàn)樵噭┹斔拖到y(tǒng)是要加壓的,所以要使瓶
 
  子與儀器之間的密封塞保持氣密性。選擇合適的一次性塞及在瓶上加“O”形環(huán)可以加強(qiáng)氣密性。

(三)壓力管路及輸送管路

  每個(gè)瓶子都有一個(gè)氬氣壓力管道及輸送管道進(jìn)入瓶蓋插塞,對(duì)于亞磷酰胺,1—8號(hào)瓶其壓力管道也作為排氣管。氬氣管要保持在液體水平以上,而輸送管卻伸到瓶的底部。當(dāng)閥門正確設(shè)置打開(kāi)時(shí),儲(chǔ)液瓶上部空間由氬氣加壓,液體被推進(jìn)輸送管,流到其目的地。

(四)亞磷酰胺瓶排氣

  除了加壓外,亞磷酰胺瓶都是用壓力排氣管排氣的。把亞磷酰胺放人儀器前,要用氬氣排除空氣使其凈化。凈化是通過(guò)輸送管輸送氣體,當(dāng)氣體輸送到瓶?jī)?nèi)時(shí),空氣經(jīng)壓力排氣管排出。這是由瓶子更換步驟自動(dòng)完成的。廢液瓶是輸送系統(tǒng)的低壓側(cè),必須將出口與大氣相通。要確保排氣管通到通風(fēng)柜。如果排氣管阻塞,將會(huì)產(chǎn)生反壓,試劑和溶劑的輸送會(huì)受到抑制。

(五)輸送閥塊

  試劑輸送系統(tǒng)包括兩個(gè)試劑閥塊(8堿基儀器有3個(gè))及2個(gè)或4個(gè)柱閥塊。閥塊控制氣體和化學(xué)試劑流人柱子及出口。除亞磷酰胺和四唑以外,試劑和溶劑都被同時(shí)輸送到所有活化柱。當(dāng)有多個(gè)活化柱時(shí),對(duì)流速的細(xì)微變化,以自動(dòng)調(diào)節(jié)每個(gè)柱子的輸送次數(shù)來(lái)補(bǔ)償。每一個(gè)5—端口柱閥塊將流出物導(dǎo)人廢液口、DMT收集口,或DNA收集瓶,它也控制用于除去或沖洗柱內(nèi)和柱閥塊內(nèi)的試劑的氬氣。

(六)輔助真空

  對(duì)于閥塊的適當(dāng)運(yùn)行,關(guān)鍵是隔膜形成一個(gè)圓頂小空隙,每次電磁閥打開(kāi)時(shí),抽氣泵為每個(gè)閥塊提供了輔助真空,輔助真空在隔膜的螺線管一側(cè)形成,使隔膜形成一圓頂空隙。

(七)柱子

  起始結(jié)合在載體上的核苷酸是裝在一次性的柱子中,除柱體外,還有2個(gè)固定過(guò)濾板和2個(gè)接頭,所有的部件都由惰性材料制成。固定過(guò)濾板是多孑L性聚苯乙烯固定在兩端蓋子中。人口和出口都是母路厄氏(1uer)接頭,與儀器的公路厄氏接頭配對(duì)。柱子是對(duì)稱的(沒(méi)有頂端和底部、前后之分),可以以任何方式與公路厄氏接頭相連接。每一個(gè)柱子都用顏色編號(hào),表示不同的起始核苷酸,以及有一個(gè)*的連續(xù)順序號(hào)碼。正常的流路是從底部進(jìn)入,通過(guò)向上輸送液體,使CPG顆粒上升并保持懸浮狀態(tài)。溶劑和試劑的流速已經(jīng)設(shè)置好,能使顆粒適當(dāng)?shù)鼗旌稀?

(八)路節(jié)流閥

  試劑通過(guò)底部的luer接頭,流到柱子,如果沒(méi)擰上下面的一個(gè)luer接頭,應(yīng)會(huì)在一個(gè)圓柱形的玻璃流路節(jié)流閥上發(fā)現(xiàn)。試劑通過(guò)流路節(jié)流閥中一個(gè)很小的通道流到柱子。小量的試劑可以在流路節(jié)流閥中結(jié)晶,長(zhǎng)期這樣會(huì)造成流路阻塞。

(九)廢液和排氣

  大多數(shù)化學(xué)試劑輸送的zui終點(diǎn)是廢液瓶,廢液瓶是一個(gè)空立著的10L的聚苯乙烯容器,可放在合成儀附近的地板上或放在低于儀器的附近工作臺(tái)上。排氣管將廢氣導(dǎo)人適當(dāng)?shù)呐艢庋b置,如排煙罩

(十)電導(dǎo)池

  電導(dǎo)流動(dòng)池是為了測(cè)定在每個(gè)DNA合成循環(huán)內(nèi)釋放的DMT陽(yáng)離子的總電導(dǎo)而設(shè)計(jì)的。流動(dòng)池是由一空隙隔開(kāi)的兩個(gè)電極組成,在空隙之間應(yīng)用一小電壓。DMT陽(yáng)離子流過(guò)電導(dǎo)池時(shí)起電導(dǎo)作用。

(十一)電池

  DNA合成儀一般帶有鋰電池,可以使用幾年。當(dāng)主電源斷開(kāi)時(shí),所有的合成參數(shù)都被保留下來(lái)。這些參數(shù)包括儲(chǔ)存的DNA序列,用戶設(shè)定的循環(huán)、步驟和功能,以及瓶子使用資料等。如果正在合成中電源出現(xiàn)故障,合成將被中斷,只有主電源恢復(fù)時(shí)合成才可重新開(kāi)始。電池還保持合成儀內(nèi)部的時(shí)鐘計(jì)時(shí)。

(十二)控制器

  控制器指導(dǎo)和初始合成儀的所有活動(dòng),它的主要部分是軟件、微處理機(jī)、顯示屏幕、鍵板及相關(guān)的電子部件。軟件控制合成的所有必要操作并由微處理機(jī)來(lái)解釋和執(zhí)行。軟件儲(chǔ)存在一個(gè)可取出的存儲(chǔ)卡中,這個(gè)存儲(chǔ)卡插在儀器的背面。合成信息顯示在液晶顯示屏上,通過(guò)選擇鍵板上的鍵可與儀器交流。軟件是“菜單驅(qū)動(dòng)”,通過(guò)按適當(dāng)?shù)逆I,可選擇一項(xiàng),給予指令。為了完成自動(dòng)合成,軟件應(yīng)用一個(gè)包含一系列步驟的循環(huán)來(lái)完成全部化學(xué)反應(yīng)。
 

使用方法操作步驟

  以亞磷酰胺寡核苷酸合成為例介紹該類儀器的一般操作步驟。亞磷酰胺DNA合成的試劑有:保護(hù)堿基的5/—DMT,A、G、C、T亞磷酰胺單體,四唑偶聯(lián)催化劑,乙酐,N—甲基咪唑封閉試劑,三氯乙酸(TCA)脫保護(hù)溶液,12氧化混合物,乙腈清洗溶劑,氨水切除溶液。使用步驟如下:
 
  1)仔細(xì)檢查合成儀上所有試劑瓶中的試劑量,必要時(shí)換掉試劑瓶,特別注意乙腈的量,因?yàn)樵撊軇┯昧枯^大。
 
  2)將標(biāo)記好的清潔的收集瓶裝在合成儀上。
 
  3)將要合成的DNA序列輸入合成儀。
 
  4)檢查選擇的合成步驟是否正確。
 
  5)選擇結(jié)束方法:TritylOffAuto是儀器的原始狀態(tài),若打算以5,—DMT基團(tuán)連接純化寡核苷酸,將其轉(zhuǎn)變?yōu)門ritylOnAuto結(jié)束狀態(tài)。
 
  6)選擇結(jié)束方法,一般為系統(tǒng)的原始狀態(tài)。
 
  7)在每個(gè)柱監(jiān)視器的Username下,輸入你所希望的保存名字。
 
  8)以代碼代替相應(yīng)的DNA序列標(biāo)記每一個(gè)收集瓶。
 
  9)打印出每一個(gè)柱設(shè)置的詳細(xì)資料。
 
  10)檢查打印出來(lái)的資料是否正確。
 
  11)運(yùn)行StartColumn步驟檢查每一個(gè)柱的位置,確保合成儀上合成柱處于正確的位置。
 
  12)檢查連接在合成儀上的溶劑殘留(廢液瓶)是否充滿。
 
  13)如果分部收集器用來(lái)收集每個(gè)DMT脫保護(hù)步驟的流出物,確保試管充分清潔干凈,并打開(kāi)分部收集器,確保DMT廢液管路通向分部收集器。
 
  14)啟動(dòng)循環(huán),運(yùn)行開(kāi)始程序清洗試劑管路,除去原來(lái)的試劑。
 
  注意:TritylOnAuto表示在合成寡核苷酸的5’端核苷酸帶有一個(gè)DMT,并將其從固相載體上切下來(lái),儲(chǔ)存在收集瓶中;TritylOffAuto表示在合成寡核苷酸的5,端核苷酸沒(méi)有保護(hù)基團(tuán),將其從固相載體上切下來(lái),儲(chǔ)存在收集瓶中;TritylOnManual表示合成寡核苷酸的5’端核苷酸帶有一個(gè)DMT,寡核苷酸沒(méi)有從固相載體上切下來(lái),而是保留在合成柱中;TritylOffManual表示在合成寡核苷酸的5,端核苷酸沒(méi)有保護(hù)基團(tuán),寡核苷酸沒(méi)有從固相載體上切下來(lái),而是保留在合成柱中。
 

日常維護(hù)

  1.瓶塞“O”形環(huán)
 
  一月檢查一次“O”形環(huán),zui少1年更換1次。將新的備用“O”形環(huán)與儀器上的相比較,如果在“O”形環(huán)上出現(xiàn)白色沉淀,用棉花蘸取乙腈,進(jìn)行清洗。更換“O”形環(huán)的步驟如下:用止血鉗夾住“O”形環(huán),從槽中取下(或用牙簽鉤下),注意不要損壞托住“O”形環(huán)的白色聚氟乙烯插塞(tefloninsert);確保插塞上沒(méi)有顆粒后,用手指將新“O”形環(huán)推進(jìn)槽,進(jìn)行壓力實(shí)驗(yàn)。
 
  2.儲(chǔ)液瓶
 
  瓶子都要放在亞磷酰胺及儲(chǔ)液瓶位置上,并保持氬氣壓力以及管路清潔。
 
  3.流路節(jié)流閥
 
  為了防止阻塞,節(jié)流閥應(yīng)該1個(gè)月清洗1次,清洗時(shí),先在水中煮沸15min,然后再在甲醇中超聲波清洗。
 

不同型號(hào)DNA/RNA合成儀的特點(diǎn)與性能簡(jiǎn)介

  PE公司391型DNA/RNA合成儀
 
  美國(guó)PE公司應(yīng)用生物系統(tǒng)部(原美國(guó)應(yīng)用生物系統(tǒng)公司,ABl)于1982年推出了世界上*臺(tái)全自動(dòng)DNA合成儀。391型DNA/RNA合成儀可滿足不同科研工作者對(duì)高產(chǎn)率、高純度DNA、RNA的需求。該儀器采用固相亞磷酰胺合成法,配有多種規(guī)格合成柱,可滿合成大量的長(zhǎng)片段DNA;合成試劑純度>99.8%;每步偶聯(lián)效率>98.5%,保證一般情況下可合成100bp以上核酸片段,而且合成的片段純度高、產(chǎn)率高;每步循環(huán)時(shí)間5—6min,合成時(shí)間短;可以合成混合引物或探針,即保證在引物某一位點(diǎn)各種堿基有同等摻人率;引物可使用寡聚核苷酸純化柱純化;采用快速脫保護(hù)試劑,可在1h內(nèi)完成堿基脫保護(hù)。
 
  美國(guó)貝克曼公司01ig01000系列DNA合成儀
 
  Olig01000系列采用星型射流設(shè)計(jì),可節(jié)省試劑用量達(dá)50%;可自由選擇30、200和1000nmol合成量;每個(gè)循環(huán)只需2min,裂解/脫保護(hù)步驟所需時(shí)間短,可在1h內(nèi)合成約17個(gè)堿基的引物;堿基試劑采用防潮雙元包裝,能迅速無(wú)誤稀釋核苷酸,具有良好的偶聯(lián)效率;儀器配有自動(dòng)監(jiān)控系統(tǒng),保證DNA準(zhǔn)確合成;合成產(chǎn)物純度較高,無(wú)需純化,可直接應(yīng)用于大多數(shù)的研究。
 
  現(xiàn)在國(guó)內(nèi)比較常見(jiàn)的高通量DNA合成儀是ABI3900,MM192和OLIGO192,前者一次可合成48條,后二者一次可以合成192條。
 

發(fā)展

  當(dāng)前DNA合成儀的主要生產(chǎn)廠商都致力于機(jī)器性能的完善和應(yīng)用領(lǐng)域的開(kāi)拓以及率、高產(chǎn)率的儀器的開(kāi)發(fā)與研究。
 
  中國(guó)臺(tái)灣科學(xué)委員會(huì)“基因醫(yī)藥衛(wèi)生科技研究計(jì)劃”中的基因生物技術(shù)組已經(jīng)成功研發(fā)**臺(tái)高密度復(fù)制DNA合成儀,可以同時(shí)合成384條不同DNA,每日可合成768條DNA,并可以配合聚合酶連鎖反應(yīng)裝置,大量復(fù)制各種基因,不但節(jié)省時(shí)間,也可節(jié)省大量人力,這部機(jī)器能復(fù)制動(dòng)物、人體、植物的基因甚至是防偽基因。
 
  由于人們所需要的大部分核酸的堿基對(duì)數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)目前DNA合成儀可以合成的zui長(zhǎng)核酸鏈的堿基對(duì)數(shù)量,因此還需要不斷改善合成工藝才能得到較長(zhǎng)的核酸分子。
 
  為了能夠在將來(lái)改變酶的結(jié)構(gòu),使其在工業(yè)上更有價(jià)值;改變蛋白質(zhì)和多肽的結(jié)構(gòu),制備新藥物;并開(kāi)拓有關(guān)人類疾病和遺傳調(diào)控的新領(lǐng)域,化學(xué)合成DNA在這一過(guò)程中將起關(guān)鍵性作用。根據(jù)不同化學(xué)方法研制的DNA合成儀也將不斷涌現(xiàn),能夠突破現(xiàn)有核酸合成的堿基對(duì)數(shù)量限制,大量節(jié)省人力、物力、財(cái)力。

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