一、Western Blot實驗為什么要用內(nèi)參?
Western Blot實驗結(jié)果進(jìn)行內(nèi)參校正已成為一種慣例。目的蛋白表達(dá)量的相對多少,前提條件是等量的組織細(xì)胞蛋白上樣,才有比較的基礎(chǔ),特別是表達(dá)量不高時,上樣量的的差別就很有可能影響結(jié)果的分析。因此,在Western Blot試驗中,進(jìn)行內(nèi)參的檢測,有以下兩點作用:
1、校正蛋白質(zhì)定量、上樣過程中存在的誤差,實驗結(jié)果的準(zhǔn)確性;
2、使用內(nèi)參可以作為空白對照,檢測蛋白轉(zhuǎn)膜情況是否、整個Western Blot顯色發(fā)光體系是否正常。
二、你的內(nèi)參選對了嗎?
作為內(nèi)參的蛋白要符合的標(biāo)準(zhǔn),可從以下幾方面入手:
1、先要考慮的就是實驗樣本來源于什么物種。
樣本來源 | 選擇內(nèi)參 |
哺乳動物組織或細(xì)胞 | β-actin、β-tubulin、GAPDH、Lamin B、Histone H3、Na,K atpase等 |
植物來源 | plant actin、Rubisco |
其他來源樣本研究較少 | 應(yīng)參照文獻(xiàn)報導(dǎo),選擇合適的蛋白作為內(nèi)參。 |
2、內(nèi)參的檢測帶與那些目標(biāo)蛋白的檢測帶在分子量上有所不同;
選擇內(nèi)參抗體時,應(yīng)該考慮目的蛋白分子量的大小。通常應(yīng)該目的蛋白與內(nèi)參蛋白分子量相差5KD以上。比如目的蛋白分子量為45KD,此時不適宜選擇β-actin作為內(nèi)參,可以考慮選擇GAPDH或者β-tubulin作為內(nèi)參。
針對不同樣品制備常用的內(nèi)參以及它們的分子量
3、要考慮目的蛋白表達(dá)部位
就一般的蛋白檢測來說,β-actin、β-Tubulin抗體等就可以了,而針對于核蛋白的定量,特別是樣本蛋白就是核蛋白時,選擇恰當(dāng)?shù)暮说鞍變?nèi)參則更能體現(xiàn)內(nèi)部參照的價值。常用的核內(nèi)參抗體有Lamin A、Lamin B、Histone H3,除此之外,其它常見的核蛋白內(nèi)參還有PCNA、K70、K80等,在一些文獻(xiàn)報道中,Erk2、TATA binding protein(TBP)以及c-Jun、c-Fos等都有使用。而對于膜蛋白檢測,常用的內(nèi)參抗體為Na,K ATPase。對于線粒體蛋白的檢測,常用VDAC1和COX IV作為內(nèi)參抗體。
4、實際的實驗環(huán)境
有些細(xì)胞在某些條件下內(nèi)參表達(dá)會出現(xiàn)異常,使其不適合做內(nèi)參。
①某些細(xì)胞中,由于組織缺氧、糖尿病等因素會導(dǎo)致GAPDH的表達(dá)增高,不適合做內(nèi)參。
②在凋亡實驗時,Lamin等也不適合作為內(nèi)參。
③在加入抗癌和抗真菌藥物時,Tubulin的表達(dá)易受影響,不適合作為內(nèi)參。
④Lamin B不適合作為胚胎干細(xì)胞的內(nèi)參,而PCNA不適合作為非增殖細(xì)胞的內(nèi)參等。其他具體可查詢相應(yīng)文獻(xiàn)。
5、不同的組織特異性
actin 即肌動蛋白,是細(xì)胞的一種重要骨架蛋白。actin 大致可分為六種,其中四種是不同肌肉組織特異性的,包括alpha-skeletal muscle actin、alpha-cardiac muscle actin、alpha-smooth muscle actin和gamma-smooth muscle actin。這些不同的亞型組織分布是不一樣的,在肌肉組織中beta-actin分布就很少,心肌主要是alpha-cardiac muscle actin。因此不同的組織本來就應(yīng)該選擇不同的內(nèi)參。
三、實驗中使用內(nèi)參的方法你知多少?
在Western Blotting實驗過程中使用內(nèi)參的方法通常有以下三種。
1、超級簡便的標(biāo)記內(nèi)參使用法,只要在二抗孵育時加入HRP標(biāo)記內(nèi)參抗體,按照正常操作即可;
2、普通內(nèi)參,當(dāng)目的蛋白的分子量大小與選用的內(nèi)參蛋白分子量相差不大時,可以先進(jìn)行目的蛋白的抗體溫育顯色和檢測,然后使用Strip緩沖液洗掉膜上的抗體,重新進(jìn)行內(nèi)參蛋白的抗體溫育、顯色檢測。
3、當(dāng)目的蛋白的分子量大小與選用的內(nèi)參蛋白分子量大小相差比較明顯情況下,可以在轉(zhuǎn)膜后預(yù)染,根據(jù)蛋白質(zhì)Marker的大小將膜剪為大分子量和小分子量兩部分,使內(nèi)參蛋白與目的蛋白分開,然后兩塊膜分別與內(nèi)參蛋白抗體以及目的蛋白抗體進(jìn)行溫育,二抗溫育以及顯色。
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