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微生物質(zhì)譜一般由進樣系統(tǒng)、離子源、質(zhì)量分析器、檢測器、數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)等部分組成。由于進樣方式、離子源、質(zhì)量分析器等的不同，質(zhì)譜儀分為不同的種類，臨床上常見的有液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜（LC－MS－MS）、氣相色譜串聯(lián)質(zhì)譜（GC－MS－MS）、電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP－MS）、基質(zhì)輔助激光解吸電離飛行時間質(zhì)譜（MALDI－TOFMS）等等。
微生物質(zhì)譜質(zhì)譜分析是一種通過測量離子質(zhì)荷比（質(zhì)量－電荷比），從而確定其質(zhì)量的分析方法，通俗點講，質(zhì)譜就是一種類型的“秤”，只不過它稱量的是離子的質(zhì)量，在眾多的分析測試方法中被認為是一種同時具備高特異性和高靈敏度且得到了廣泛應(yīng)用的普適性方法。
用一定強度的激光照射樣品與基質(zhì)形成的共結(jié)晶薄膜，基質(zhì)從激光中吸收能量，與樣品之間發(fā)生電荷轉(zhuǎn)移使得樣品分子電離。離子在高壓電場作用下加速進入飛行管中，小離子飛得快，先到達探測器，大離子飛得慢，后到達探測器，從而得出測定結(jié)果。
鑒定微生物基本流程是，將微生物純培養(yǎng)后，點靶加釋放液，微生物經(jīng)過釋放液充分處理后，可使得細胞內(nèi)的蛋白成分更好地釋放出來，待溶劑揮發(fā)后加基質(zhì)，蛋白分子與基質(zhì)形成基質(zhì)結(jié)晶，上質(zhì)譜檢測。
在質(zhì)譜儀中，樣品通過有效的電離將不同質(zhì)荷比（m／z）的離子分開形成微生物特異性的清晰的指紋圖譜，通過分析關(guān)鍵的質(zhì)譜峰數(shù)據(jù)，與數(shù)據(jù)庫中的已知菌種譜圖進行比對，即可快速得到微生物鑒定結(jié)果。
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