定量PCR儀主要由兩部分組成，一個(gè)是PCR系統(tǒng)，一個(gè)是熒光檢測(cè)系統(tǒng)。選擇定量PCR儀的關(guān)鍵——由于定量PCR必需借助樣本和標(biāo)準(zhǔn)品之間的對(duì)比來實(shí)現(xiàn)定量的，對(duì)于定量PCR系統(tǒng)來說，重要的參數(shù)除了傳統(tǒng)PCR的溫控精確性、升降溫速度等等，更重要的還在于樣品孔之間的均一性，以避免微小的差別被指數(shù)級(jí)放大。
至于熒光檢測(cè)系統(tǒng)，多色多通道檢測(cè)是當(dāng)今的主流趨勢(shì)——儀器的激發(fā)通道越多，儀器適用的熒光素種類越多，儀器適用范圍就越寬；多通道指可同時(shí)檢測(cè)一個(gè)樣品中的多種熒光，儀器就可以同時(shí)檢測(cè)單管內(nèi)多模版或者內(nèi)標(biāo)樣品，通道越多，儀器適用范圍越寬、性能就更強(qiáng)大。熒光檢測(cè)系統(tǒng)主要包括激發(fā)光源和檢測(cè)器。激發(fā)光源有鹵鎢燈光源、氬離子激光器、發(fā)光二極管LED光源，前者可配多色濾光鏡實(shí)現(xiàn)不同激發(fā)波長(zhǎng)，而單色發(fā)光二極管LED價(jià)格低、能耗少、壽命長(zhǎng)，不過因?yàn)槭菃紊?，需要不同的LED才能更好地實(shí)現(xiàn)不同激發(fā)波長(zhǎng)。監(jiān)測(cè)系統(tǒng)有超低溫CCD成像系統(tǒng)和PMT光電倍增管，前者可以一次對(duì)多點(diǎn)成像，后者靈敏度高但一次只能掃描一個(gè)樣品，需要通過逐個(gè)掃描實(shí)現(xiàn)多樣品檢測(cè)，對(duì)于大量樣品來說需要較長(zhǎng)的時(shí)間。
定量PCR儀需要考慮的另外一個(gè)因素是軟件設(shè)計(jì)，這一點(diǎn)目前較新型號(hào)的儀器都有不錯(cuò)的配套軟件可以滿足常規(guī)使用。