1、樣品厚度的影響 當進行相差觀察時，樣品的厚度應該為5μm或者更薄，當采用較厚的樣品時，樣品的上層是很清楚的，深層則會模糊不清并且會產生相位移干擾及光的散射干擾。 　　
2、蓋玻片和載玻片的影響 樣品一定要蓋上蓋上蓋玻片，否則環(huán)狀光闌的亮環(huán)和相板的暗環(huán)很難重合。相差觀察對載玻片和蓋玻片的玻璃質量也有較高的要求，當有劃痕，厚薄不均或凹凸不平時會產生亮環(huán)歪斜及相位干擾。另外玻片過厚或過薄時會使環(huán)狀光闌亮環(huán)變大或變小?！?br />3、暈輪和漸暗效應 在相差顯微鏡成象過程中，某一結構由于相位的延遲而變暗時，并不是光的損失，而是光在象平面上重新分配的結果。因此在黑暗區(qū)域明顯消失的光會在較暗物體的周圍出現一個明亮的暈輪。這是相差顯微鏡的缺點，它妨礙了精細結構的觀察，當環(huán)狀光闌很窄時暈輪現象更為嚴重。相差顯微鏡的另一個現象是漸暗效應，指相差觀察相位延遲相同的較大區(qū)域時，該區(qū)域邊緣會出現反差下降。 　

4、相位倒轉 當n’<n或n’>n時得到象的明暗反差正好相反，稱為相位倒轉。當相位差δ=0時是無法識別的，隨著δ的增大反差變大，當δ繼續(xù)增大到某一值后會出現相位倒轉。用90%高吸光值（高反差）物鏡時，這個轉變值約為0.55λ，用70%標準吸光值的物鏡時約為0.33λ。較高吸光值的物鏡應該用于分辨較小的光程差。