磁珠法提取核酸的3種樣本處理方法

轉(zhuǎn)自：洛陽(yáng)吉恩特生物科技有限公司 磁珠法核酸提取實(shí)驗(yàn)室

以生物磁珠為載體提取核酸，所有反應(yīng)是在液體體系中進(jìn)行的，但生物樣本多種多樣，有液體也有固體，或者固液混合體，大多數(shù)生物樣本在進(jìn)行核酸提取純化之前需要進(jìn)行一定的前處理，液化、富集、除雜等都是常見(jiàn)的前處理方式。

一、液化

將固體樣本轉(zhuǎn)化為液體樣本是最重要的樣本前處理方法，固體樣本是很難直接在試劑盒的作用下用于提取核酸的。固體樣本跟雜質(zhì)一樣，會(huì)嚴(yán)重阻礙磁珠吸附核酸，并且耗損大量的磁珠位點(diǎn)，很難取得良好的提取效果。

常見(jiàn)的固體樣本如植物組織、動(dòng)物組織、泥土、濃痰等。

植物組織和動(dòng)物組織，可剪取適量的樣本，在研缽內(nèi)快速研磨。研磨時(shí)如果需要保護(hù)RNA，可以采用液氮研磨的方式。如果不需要提取RNA，也可以加入裂解液或者生理鹽水幫助研磨成勻漿狀態(tài)。

泥土的處理方式主要是通過(guò)浸泡。因?yàn)閺哪嗤林刑崛『怂?，并非提取泥土本身，而是提取泥土中存在的微生物的核酸。使用生理鹽水或者其他適當(dāng)緩沖液體浸泡泥土，如果是較為干硬致密的泥土，浸泡前可以先碾碎成小顆粒，浸泡過(guò)程中可用小棒攪動(dòng)幫助泥土分散。浸泡一段時(shí)間后，將泥漿用三層濾紙過(guò)濾，過(guò)濾所得的液體，即可用于磁珠法提取。

如濃痰、膿液等固液混合又較為黏膩的生物樣本，可以先使用氫氧化鈉液體進(jìn)行堿解液化，再酸中和后，作為液體樣本進(jìn)行磁珠法提取。

以上方法處理固體樣本，所得的液體，可能并不清澈透明，雜質(zhì)還是相對(duì)較多的，如果必要，使用離心的方式，可以除去更多的雜質(zhì)，但相對(duì)應(yīng)該控制離心速度在10000r/min以下，否則核酸也會(huì)一起隨雜質(zhì)被離心下去。

二、富集

很多時(shí)候，用磁珠法提取的核酸都是微量或者痕量的樣本，直接使用樣本進(jìn)行操作，所能得到的核酸很少，這就要求下游的檢測(cè)試劑靈敏度很高，如果檢測(cè)試劑靈敏度不足，在樣本痕量的情況下，很可能檢測(cè)不出，出現(xiàn)假陰性。所以對(duì)于微量樣本和痕量樣本，可以進(jìn)行富集前處理。

有些時(shí)候，樣本屬于常量樣本，但下游實(shí)驗(yàn)需求核酸量大，也需要對(duì)樣本進(jìn)行富集，以便每個(gè)提取都能獲得更多的核酸。

或者樣本量巨大，無(wú)法直接使用試劑盒進(jìn)行提取，也需要進(jìn)行富集操作。

常見(jiàn)的富集方法包括蒸發(fā)和離心。

以土壤浸潤(rùn)水樣本為例，浸泡大量的土壤樣本，獲得了500ml浸潤(rùn)水，顯然無(wú)法將500ml浸潤(rùn)水作為樣本直接提取?？梢韵葘颖痉盅b在兩個(gè)30ml離心管內(nèi)進(jìn)行，12000r/min離心十分鐘，棄去上清液后，用適量生理鹽水重懸沉淀后，移入小離心管內(nèi)，在80℃溫度下蒸發(fā)液體至液體量少于300ul，即可用于磁珠法進(jìn)行核酸提取。

三、除雜

很多生物樣本中都含有大量的雜質(zhì)，這些雜質(zhì)有的可以在試劑盒核酸提取的過(guò)程中被洗滌液除去，但有些，很難通過(guò)后續(xù)的試劑盒洗滌直接除去，這就要求我們?cè)跇颖厩疤幚淼臅r(shí)候，就直接先做初步的除雜。

以大量血液樣本為例，常規(guī)定量血液樣本（200ul以下），通常是不需要提前除雜的。但如果血液樣本的量很大，如4-5ml/提取，就很難直接進(jìn)行了，不僅樣本的量超過(guò)常規(guī)試劑盒的容納范圍，雜質(zhì)也非常多。

通常的做法是，提前加入紅細(xì)胞裂解液，離心，棄去上層液體，裂解液重懸樣本。

各種各樣的樣本前處理方法是很靈活多樣的，根據(jù)下游需求不同，樣本特性不同，通常是多種前處理方式組合應(yīng)用，以達(dá)到效果。

四、結(jié)語(yǔ)

    總之，在磁珠法核酸提取的過(guò)程中，樣本的前處理工作對(duì)整個(gè)提取結(jié)果會(huì)有至關(guān)重要的影響。當(dāng)然，選取合適的磁珠，更能使提取結(jié)果事半功倍，吉恩特生物的01系列磁珠，半沉降時(shí)間可達(dá)15min以上，磁吸時(shí)間僅為15s左右，可為操作者帶來(lái)不一樣的磁珠操作體驗(yàn)。詳情可參考文章《4個(gè)參數(shù)教你鑒別DNA提取磁珠》