太忙，許久沒(méi)有寫什么東西。也很少能找到時(shí)間靜下心來(lái)去思考一些事情。大環(huán)境太卷，都不知道在卷什么。

即便忙到飛起，還是有很多時(shí)間很可惜的浪費(fèi)掉了。解析結(jié)構(gòu)也是如此。有時(shí)忙活半天才發(fā)現(xiàn)，起初的結(jié)論壓根就是個(gè)“苦笑”的錯(cuò)誤。

從電報(bào)烏龍看科學(xué)解析的局限

培訓(xùn)時(shí)，突然想起初中時(shí)一件啼笑皆非的事情。在那個(gè)還幾乎沒(méi)有電話的年代，依稀記得初二那年，語(yǔ)文老師突然接到東北老家發(fā)來(lái)的電報(bào)，意思是父親病故速回。語(yǔ)文老師哭紅了眼睛跟我們說(shuō)她回去幾天。然而一個(gè)禮拜之后語(yǔ)文課上，她十分氣憤地告訴我們這是一個(gè)大烏龍，譯報(bào)員翻譯錯(cuò)了電報(bào)信息......。具體是什么，已不記得。但是譯報(bào)員的工作和我們解析結(jié)構(gòu)其實(shí)并沒(méi)有什么區(qū)別。

人眼睛是有局限的，只能看到晶體的外形。衍射儀也是有局限的，只能給你晶體的衍射空間數(shù)據(jù)。我們想要的結(jié)構(gòu)是要靠程序和電腦去從衍射數(shù)據(jù)里挖掘的。既然沒(méi)有直接看見(jiàn)，意思如同一個(gè)老師講的那樣“所見(jiàn)非所得”，我們只是在靠科學(xué)的手段去猜罷了。如同在破譯電報(bào)，破譯錯(cuò)了很多時(shí)候也看起來(lái)像那么回事。所以數(shù)據(jù)庫(kù)里或者文章里的很多結(jié)構(gòu)不見(jiàn)得就是對(duì)的。
常見(jiàn)的結(jié)構(gòu)解析錯(cuò)誤

比較常見(jiàn)的結(jié)構(gòu)解析錯(cuò)誤，包括晶胞定錯(cuò)，晶系定錯(cuò)以及空間群定錯(cuò)，當(dāng)然還有模型的搭建錯(cuò)誤等等。而空間群定錯(cuò)基本上十分的隱蔽，即便是從業(yè)多年的晶體民工，也很難分清一些細(xì)小的差別。記錄下錯(cuò)誤也許下次才不會(huì)再犯。

這個(gè)晶體呢，確實(shí)有難度而且衍射很弱。XPREP給出的空間群是P222₁。

然而P222₁解析不出結(jié)構(gòu)。嘗試了許久才終于在P2₁2₁2₁下得到了原料組成的框架。并且精修下來(lái)還不算太差。更有趣的是，結(jié)構(gòu)連接成了COF的框架結(jié)構(gòu)。雖然數(shù)據(jù)分析并不支持P2₁2₁2₁的空間群，但也許會(huì)有孿晶的原因，且這是只能拿到的結(jié)果?？吹竭@樣的結(jié)果其實(shí)是有些興奮的，這樣連接成的COF結(jié)構(gòu)屬于出乎意料的結(jié)果，是個(gè)“新的發(fā)現(xiàn)”。

然而這樣的結(jié)果，并不能讓人放心，太多的反常。比如堆積十分的緊密，原子間的間距太近。有些透不過(guò)來(lái)氣的感覺(jué)。這樣看起來(lái)像那么回事的結(jié)構(gòu)真的存在么？還好，這樣的懷疑保持到了結(jié)束。其它的實(shí)驗(yàn)表征也不支持這是一個(gè)COF晶體。也就是需要推導(dǎo)了重來(lái)。仔細(xì)分析空間群可能的結(jié)構(gòu)，以及衍射圖上的系統(tǒng)消光規(guī)律，其實(shí)可以推導(dǎo)出空間群有可能的是P2₁2₁2，而不是P2₁2₁2₁。有了合理的分析后，結(jié)構(gòu)解析也就可以在確定的方向上不斷努力，而不是到處亂猜。結(jié)果得到了更合理的結(jié)果，甚至溶劑也都可以看到了。

結(jié)論

所以剛開(kāi)始看到的有趣的結(jié)構(gòu)，被一系列的反常所打破。因?yàn)榭臻g群定錯(cuò)的原因，我們破譯錯(cuò)了衍射信息，自然也就得到了錯(cuò)誤的結(jié)構(gòu)。即便精修的參數(shù)看起來(lái)并不是那么差，但也不過(guò)是假象罷了。

如果這樣的結(jié)構(gòu)發(fā)表了，也真就變成了笑話了。切記仔細(xì)小心！

轉(zhuǎn)載于《布魯克X射線部門》公眾號(hào)