熒光檢測 PCR 定量檢測,即實時熒光定量 PCR(qPCR),其原理是在普通 PCR 的基礎(chǔ)上,加入熒光基團(tuán),通過對 PCR 過程中熒光信號的實時監(jiān)測,實現(xiàn)對核酸模板的定量分析,具體如下:
熒光信號產(chǎn)生機制
熒光染料法:常用的熒光染料如 SYBR Green I,它可以特異性地結(jié)合到雙鏈 DNA 的小溝部位。在 PCR 反應(yīng)體系中,當(dāng) DNA 進(jìn)行復(fù)制形成雙鏈時,SYBR Green I 就會結(jié)合到雙鏈 DNA 上,從而被激發(fā)產(chǎn)生熒光信號。而且熒光信號的強度與雙鏈 DNA 的含量成正比關(guān)系。
探針法:使用的是 TaqMan 探針等。TaqMan 探針是一段與目標(biāo) DNA 序列特異性互補的寡核苷酸,其 5' 端標(biāo)記有熒光報告基團(tuán)(如 FAM),3' 端標(biāo)記有熒光淬滅基團(tuán)(如 TAMRA)。在 PCR 反應(yīng)過程中,當(dāng)引物延伸到探針結(jié)合部位時,Taq 酶的 5' - 3' 外切酶活性會將探針降解,使得熒光報告基團(tuán)與淬滅基團(tuán)分離,從而產(chǎn)生熒光信號。每擴增一條 DNA 鏈,就會有一個探針被切斷,釋放出一個熒光信號。
定量原理
標(biāo)準(zhǔn)曲線法:通過一系列已知濃度的標(biāo)準(zhǔn)品模板進(jìn)行 PCR 擴增,得到不同濃度標(biāo)準(zhǔn)品對應(yīng)的熒光信號值,以標(biāo)準(zhǔn)品的起始拷貝數(shù)的對數(shù)為橫坐標(biāo),以對應(yīng)的熒光閾值循環(huán)數(shù)(Ct 值)為縱坐標(biāo),繪制出標(biāo)準(zhǔn)曲線。在相同條件下對未知樣品進(jìn)行 PCR 擴增,根據(jù)其得到的 Ct 值,從標(biāo)準(zhǔn)曲線上就可以計算出未知樣品的起始拷貝數(shù)。
Ct 值的定義與應(yīng)用:Ct 值是指在 PCR 擴增過程中,熒光信號開始由本底進(jìn)入指數(shù)增長階段的拐點所對應(yīng)的循環(huán)次數(shù)。研究表明,在 PCR 反應(yīng)的指數(shù)增長期,Ct 值與起始模板量的對數(shù)呈線性關(guān)系,即起始模板量越多,Ct 值越小;反之,起始模板量越少,Ct 值越大。因此,可以利用 Ct 值來對模板進(jìn)行定量分析。
熒光檢測 PCR 定量,即實時熒光定量 PCR(qPCR),具有以下優(yōu)點:
靈敏度高:能夠檢測到極低拷貝數(shù)的核酸模板,可對痕量核酸進(jìn)行定量分析,比如在病毒感染早期,血液中病毒核酸含量極低時,也能準(zhǔn)確檢測出病毒的存在并進(jìn)行定量,有助于疾病的早期診斷。
特異性強:無論是使用熒光染料法還是探針法,都具有很高的特異性。探針法中,TaqMan 探針與目標(biāo) DNA 序列特異性互補結(jié)合,只有當(dāng)引物和探針都與目標(biāo)序列準(zhǔn)確結(jié)合時才能產(chǎn)生熒光信號,極大地提高了檢測的特異性;熒光染料法中,SYBR Green I 只結(jié)合雙鏈 DNA,且在 PCR 引物設(shè)計時會確保其與目標(biāo)序列特異性結(jié)合,從而保證了檢測的特異性。
精確性好:通過對熒光信號的實時監(jiān)測和對 Ct 值的精確測定,以及標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立,能夠?qū)崿F(xiàn)對核酸模板的準(zhǔn)確定量。實驗結(jié)果的重復(fù)性好,變異系數(shù)通常較低,在科研和臨床診斷等領(lǐng)域能夠提供可靠的數(shù)據(jù)。
快速高效:整個 PCR 過程在封閉的反應(yīng)體系中進(jìn)行,無需像傳統(tǒng) PCR 那樣在反應(yīng)結(jié)束后進(jìn)行開蓋檢測,減少了操作步驟和時間,同時也降低了污染的風(fēng)險。一般在 1 - 2 小時內(nèi)就能完成檢測,能夠快速得到檢測結(jié)果,適用于緊急情況和大規(guī)模樣本的檢測。
高通量:可以同時對多個樣本進(jìn)行檢測,配合自動化的儀器設(shè)備,能夠?qū)崿F(xiàn)一次運行檢測幾十甚至上百個樣本,大大提高了檢測效率,適用于大規(guī)模的疾病篩查、基因表達(dá)分析等研究和應(yīng)用。
實時監(jiān)測:在 PCR 擴增過程中實時監(jiān)測熒光信號的變化,能夠直接觀察到核酸擴增的動態(tài)過程,了解反應(yīng)的進(jìn)程和效率,及時發(fā)現(xiàn)異常情況,如引物二聚體的形成、非特異性擴增等,有助于對實驗結(jié)果進(jìn)行準(zhǔn)確的分析和判斷。
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