電場強(qiáng)度對核酸分子遷移的影響較為復(fù)雜,不同大小的核酸分子在不同電場強(qiáng)度下的遷移速度和遷移效果有所不同,具體如下:
低電場強(qiáng)度:在低電場強(qiáng)度下,小分子核酸分子受到的電場力較小,遷移速度較慢。由于小分子核酸在凝膠中的擴(kuò)散相對較快,低電場強(qiáng)度可能導(dǎo)致其在電泳過程中擴(kuò)散范圍較大,條帶變寬,分辨率降低。例如,在電場強(qiáng)度為 1 - 2 V/cm 時(shí),小于 100bp 的 DNA 片段可能需要較長時(shí)間才能遷移到合適的位置,且條帶可能不夠清晰銳利。
高電場強(qiáng)度:隨著電場強(qiáng)度增加,小分子核酸受到的電場力增大,遷移速度明顯加快。在合適的高電場強(qiáng)度下,小分子核酸能夠在較短時(shí)間內(nèi)遷移到預(yù)期位置,且由于遷移時(shí)間縮短,擴(kuò)散效應(yīng)相對減小,條帶較窄,分辨率較高。例如,當(dāng)電場強(qiáng)度達(dá)到 10 - 15 V/cm 時(shí),幾百 bp 的 DNA 片段可以在較短時(shí)間內(nèi)得到較好的分離,條帶清晰可辨。然而,如果電場強(qiáng)度過高,可能會使小分子核酸遷移速度過快,超過了凝膠的篩分能力,導(dǎo)致不同大小的小分子核酸之間的分離效果變差,條帶出現(xiàn)重疊或模糊的現(xiàn)象。
低電場強(qiáng)度:中等大小的核酸分子在低電場強(qiáng)度下能夠較為穩(wěn)定地在凝膠中遷移,不同大小的核酸分子之間有較充足的時(shí)間進(jìn)行分離。例如,在電場強(qiáng)度為 3 - 5 V/cm 時(shí),1 - 10kb 的 DNA 片段可以在瓊脂糖凝膠中得到較好的分離,條帶之間的分辨率較高,能夠清晰地分辨出不同大小的核酸條帶。但是,低電場強(qiáng)度下電泳時(shí)間較長,可能會導(dǎo)致核酸分子在凝膠中發(fā)生一定程度的擴(kuò)散,尤其是對于較大的中等大小核酸分子(如 10 - 20kb),可能會使條帶變寬,影響對其準(zhǔn)確大小的判斷。
高電場強(qiáng)度:當(dāng)電場強(qiáng)度升高到一定程度(如 8 - 12 V/cm),中等大小核酸分子的遷移速度顯著加快。對于較小的中等大小核酸分子(如 1 - 5kb),在高電場強(qiáng)度下能夠快速遷移到合適位置,且由于遷移時(shí)間縮短,擴(kuò)散效應(yīng)相對較小,條帶較為緊密,分離效果較好。然而,對于較大的中等大小核酸分子(如 10 - 20kb),高電場強(qiáng)度可能會使它們在凝膠中的遷移行為變得復(fù)雜。由于分子較大,受到的摩擦力和空間位阻較大,在高電場力作用下,可能會出現(xiàn)遷移速度過快而導(dǎo)致分離效果下降的情況,條帶可能會出現(xiàn)扭曲、變形或與其他條帶重疊的現(xiàn)象。
低電場強(qiáng)度:大分子核酸在低電場強(qiáng)度下,雖然遷移速度緩慢,但由于其分子量大,在凝膠中的擴(kuò)散相對較小,能夠在較長時(shí)間的電泳過程中逐漸分離。例如,在電場強(qiáng)度為 1 - 3 V/cm 時(shí),大于 20kb 的 DNA 分子可以在低濃度瓊脂糖凝膠中進(jìn)行有效分離,能夠得到較為清晰的條帶,有利于對大分子核酸的分析和鑒定。不過,低電場強(qiáng)度下電泳時(shí)間非常長,可能需要數(shù)小時(shí)甚至數(shù)十小時(shí)才能完成電泳,這在實(shí)際操作中需要耐心等待,且長時(shí)間電泳可能會增加實(shí)驗(yàn)過程中的干擾因素,如核酸的降解等。
高電場強(qiáng)度:大分子核酸在高電場強(qiáng)度下,由于受到較大的電場力,其遷移速度會明顯加快,但同時(shí)也會受到凝膠孔徑的限制和分子間相互作用的影響。高電場強(qiáng)度可能導(dǎo)致大分子核酸在凝膠中無法按照正常的遷移規(guī)律進(jìn)行分離,出現(xiàn)條帶彌散、拖尾甚至無法分開的現(xiàn)象。例如,當(dāng)電場強(qiáng)度超過 10 V/cm 時(shí),大于 50kb 的 DNA 分子在瓊脂糖凝膠中的電泳條帶往往會變得模糊不清,難以準(zhǔn)確判斷其分子量大小和分布情況。
綜上所述,在進(jìn)行核酸電泳時(shí),需要根據(jù)核酸分子的大小選擇合適的電場強(qiáng)度,以獲得最佳的分離效果和準(zhǔn)確的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。一般來說,對于小分子核酸可以適當(dāng)采用較高的電場強(qiáng)度,以縮短電泳時(shí)間并提高分辨率;而對于大分子核酸,則應(yīng)選擇較低的電場強(qiáng)度,以保證其在凝膠中的正常遷移和分離。中等大小核酸則需要在電場強(qiáng)度和電泳時(shí)間之間進(jìn)行平衡,以達(dá)到理想的分離效果。