蛋白marker可分為未預染的Marker即寬分子量蛋白標準、高分子量蛋白標準以及低分子量蛋白標準以及預染的Marker即單色預染和多色預染。那么，什么是預染蛋白marker？預染蛋白marker為一些純化好的蛋白的混合物.這些蛋白混合物與一種藍色染料共價偶聯(lián).可在凝膠電泳時出現(xiàn)強度均勻的8條帶.同未預染的蛋白marker相比,預染蛋白marker因與染料共價偶聯(lián)而在SDS-PAGE電泳時的遷移特性發(fā)生某些改變.
    預染蛋白分子量標準：預染蛋白分子量是一些純化好的蛋白混合物，通過與染料共價耦聯(lián)，在電泳過程中或者轉(zhuǎn)膜時可以直接觀察到。預染蛋白分子量的出現(xiàn)方便了我們的實驗，這種蛋白分子量標準可以幫助我們在電泳時、電泳后，以及轉(zhuǎn)膜后監(jiān)測電泳情況和估計遷移率   比如，已知垂直電泳*分辨區(qū)域大約在膠的2/3處，如果使用預染蛋白Marker就可以預測目標蛋白進入*分辨區(qū)時停止電泳以得到*分辨效果，如果觀察到Marker電泳異常也可以及時終止電泳，另外在Western Blot轉(zhuǎn)膜以后可以直接觀察蛋白轉(zhuǎn)膜是否*，還可以在膜上標記蛋白分子量，所以吸引了許多實驗室人員購買預染蛋白標準。值得注意的是預染蛋白Marker與染料共價耦聯(lián)，所以在不同的緩沖條件下電泳時遷移特性可能會發(fā)生某些變化，可能導致一些偏差，所以不太適合定位蛋白  不過多數(shù)情況下Marker的條帶未必能和我們的目標蛋白*一樣，我們得到的也不過是一種相對Marker指示的參考大小，zui后都需要Western來定性，所以如果不是要區(qū)分大小相近的條帶，預染Marker還是很好用的，而且也可以和未染色的蛋白標準一起使用。
    預染蛋白標準可以分為兩種：單色預染和多色預染，其實區(qū)別就在于幫助在實驗過程中辨認某個條帶的大小—Marker條帶越多參考價值越大，可就越難辨認區(qū)分，如果用不同的顏色來區(qū)別就比較好辨認。單色的Marker通常是利用其中某些條帶加倍濃度來提示其大小的。還有一點特別要注意，由于轉(zhuǎn)膜是一個將膠里的Marker濃縮在潔白的膜上，所以需要的上樣量相對少一些，如果想要在電泳過程中看到美麗的“彩虹”，或者單色的Marker往往需要比說明書里多加一些Marker的。
非和有什么區(qū)別
    非電泳時看不到條帶，染色后才能看到，而會有特定的某些蛋白條帶帶有顏色，電泳過程中可以觀察到，還有在WB過程中也起到轉(zhuǎn)膜是否成功的指示作用。
    預染的marker的分子量在不同濃度膠上跑出來是不一樣的，這個叫表觀分子量。未預染的marker是zui準確的，如果只做wb，預染的marker就夠了，每次都能觀察轉(zhuǎn)膜情況。
    其他都是些細節(jié)上的區(qū)別，比如有些會做成彩虹色的，以便區(qū)別分子量大小有些的條帶比較多等等。