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翌圣生物科技（上海）股份有限公司
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翊圣推出華大MGI平臺(tái)整體解決方案
“基因科技，造福人類”是華大基因堅(jiān)持不變的使命，近幾年隨著華大技術(shù)的不斷突破，測(cè)序平臺(tái)的不斷完善，華大基因已經(jīng)成為國(guó)產(chǎn)高通量測(cè)序儀的中堅(jiān)力量。
“國(guó)產(chǎn)試劑，助力中國(guó)智造”，致力于成為分子酶產(chǎn)業(yè)創(chuàng)新者，翊圣生物一直保持對(duì)高通量測(cè)序技術(shù)的高度關(guān)注，并長(zhǎng)期專注于分子酶原料及建庫(kù)試劑盒等產(chǎn)品研發(fā)和生產(chǎn)，加上與華大平臺(tái)的密切合作，現(xiàn)推出華大平臺(tái)建庫(kù)的完整解決方案，可滿足主流的測(cè)序應(yīng)用。
解決方案part1
Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI®
——全能型DNA建庫(kù)試劑盒，建庫(kù)試劑“*”
★適用樣本類型廣： cfDNA、FFPE在內(nèi)的所有樣本均能獲得優(yōu)異文庫(kù)
★應(yīng)用范圍廣：應(yīng)用于全基因組測(cè)序、靶向捕獲測(cè)序、Chip-seq等
★兩大秘密武器：*效連接酶與強(qiáng)擴(kuò)增效率高保真酶
★品質(zhì)穩(wěn)定：嚴(yán)格的批次性能與穩(wěn)定性質(zhì)控
數(shù)據(jù)展示：
1）13310建庫(kù)試劑盒適用于不同樣本，均可高效建庫(kù)
Template | 1 ng—cfDNA | 50 ng—小牛超聲 | 10 ng—FFPE超聲 | |||
建庫(kù)試劑 | 小樣 | 對(duì)照 | 小樣 | 對(duì)照 | 小樣 | 對(duì)照 |
Cycles | 13 | 8 | 10 | |||
Concentration (ng/μL) | 32.6 29.6 | 30.2 30.4 | 87.6 82.8 | 82.6 79.0 | 59.6 68.0 | 50.4 53.6 |
Average | 31.1 | 30.3 | 85.2 | 80.8 | 63.8 | 52.0 |
Total(ng) | 995.2 | 969.6 | 2726 | 2585 | 2041 | 1664 |
2）使用13310建庫(kù)試劑可獲得高質(zhì)量的測(cè)序數(shù)據(jù)
全基因組測(cè)序（WGS）
樣本信息：human cell line N12878
試劑盒：Yeasen機(jī)械Vs MGI demo
測(cè)序類型：MGISEQ-2000 High-throughput Sequencing Set (PE 150)
數(shù)據(jù)分析：MegaBOLT+GATK
結(jié)論：Yeasen機(jī)械法建庫(kù)試劑，上機(jī)測(cè)試結(jié)果與華大demo相比，SNP變異檢測(cè)性能一致，INDEL變異檢測(cè)性能更高。
| Yeasen-超聲約150ng | MGI-demo | ||
1-1 | 1-2 | 2-1 | 2-2 | |
Raw bases (bp) | 92238502500 | 86419274400 | 95887631200 | 95354400400 |
GC content (%) | 41.19 | 41.16 | 41.55 | 41.56 |
Clean Q20 (%) | 95.615 | 95.53 | 97.13 | 97.115 |
Clean Q30 (%) | 86.475 | 86.285 | 89.915 | 89.925 |
Mapping rate (%) | 99.42 | 99.41 | 99.36 | 99.33 |
Duplicate rate (%) | 0.83 | 0.79 | 2.5 | 2.51 |
snp_Precision | 0.9989 | 0.9987 | 0.9988 | 0.9986 |
snp_Sensitivity | 0.9905 | 0.9918 | 0.9816 | 0.9854 |
snp_F-measure | 0.9947 | 0.9952 | 0.9901 | 0.992 |
indel_Precision | 0.9459 | 0.9431 | 0.932 | 0.9322 |
indel_Sensitivity | 0.9189 | 0.9105 | 0.8766 | 0.8759 |
indel_F-measure | 0.9322 | 0.9265 | 0.9034 | 0.9032 |
解決方案part2
Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI®
——酶切法建庫(kù)試劑盒，酶切“一步法”
★操作簡(jiǎn)便：樣本片段化到接頭連接，一管內(nèi)完成；
★高效的片段化酶：偏好性極低，完美替代轉(zhuǎn)座酶法建庫(kù)；
★投入量范圍廣：500 pg-1 μg DNA樣本實(shí)現(xiàn)穩(wěn)定建庫(kù)；
★試用樣本多：基因組DNA、全長(zhǎng)cDNA、FFPE DNA樣本。
數(shù)據(jù)展示：
1）高效酶切，酶切產(chǎn)物片段大小只與酶切時(shí)間有關(guān)，與樣本的投入量和樣本的GC含量均無相關(guān)性。
2）適用多樣本建庫(kù)，不同投入量，酶切均可高效建庫(kù)
Template | 500pg 小牛 | 2ng-小牛 | 100ng-小牛 | 5ng-FFPE | 10ng-FFPE | |||||
建庫(kù)試劑 | 小樣 | 對(duì)照 | 小樣 | 對(duì)照 | 小樣 | 對(duì)照 | 小樣 | 對(duì)照 | 小樣 | 對(duì)照 |
Cycles | 14 | 11 | 7 | 11 | 11 | |||||
Concentration (ng/μL) | 14.0 | 17.5 | 17 | 16.6 | 114 | 93.8 | 22.6 | 17.3 | 34.0 | 31.2 |
Total(ng) | 448 | 560 | 544 | 531.2 | 3648 | 3001.6 | 723.2 | 553.6 | 1088 | 998.4 |
3）酶切建庫(kù)可獲得高質(zhì)量測(cè)序數(shù)據(jù)
全基因組測(cè)序（WGS）
樣本信息：human cell line N12878
試劑盒：Yeasen酶切法Vs Enzy* 酶切
測(cè)序類型：MGISEQ-2000 High-throughput Sequencing Set (PE 100)
數(shù)據(jù)分析：MegaBOLT+GATK
結(jié)論：Yeasen酶切法建庫(kù)試劑盒對(duì)比Enzy* 酶切法建庫(kù)，SNP變異檢測(cè)性能更強(qiáng)，INDEL變異檢測(cè)性能更高。
| Yea-50ng-酶切 | Enzy-50ng-酶切 | ||
3-1 | 3-2 | 4-1 | 4-2 | |
Raw bases (bp) | 109966280700 | 101567894100 | 90543565800 | 107930258600 |
GC content (%) | 41.17 | 41.23 | 40.43 | 40.25 |
Clean Q20 (%) | 98.205 | 98.315 | 98.405 | 98.36 |
Clean Q30 (%) | 92.66 | 93.005 | 93.425 | 93.255 |
Mapping rate (%) | 99.55 | 99.57 | 99.58 | 99.56 |
Duplicate rate (%) | 2.49 | 2.8 | 2.32 | 2.63 |
snp_Precision | 0.9988 | 0.9987 | 0.9975 | 0.9978 |
snp_Sensitivity | 0.9905 | 0.988 | 0.9819 | 0.9839 |
snp_F-measure | 0.9946 | 0.9933 | 0.9897 | 0.9908 |
indel_Precision | 0.913 | 0.9091 | 0.8888 | 0.89 |
indel_Sensitivity | 0.9026 | 0.8911 | 0.8477 | 0.8639 |
indel_F-measure | 0.9078 | 0.9 | 0.8678 | 0.8768 |
解決方案part3
Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI®
——高效環(huán)化試劑盒，兼容主流建庫(kù)試劑
★適用范圍廣：兼容主流建庫(kù)試劑盒（KAPA、華大等）；
★快速環(huán)化：1小時(shí)快速環(huán)化，產(chǎn)物滿足DNB制備；
★環(huán)化效率高： cfDNA環(huán)化效率>30%，其它樣本>40%；
★品質(zhì)穩(wěn)定：嚴(yán)格的批次性能與穩(wěn)定性質(zhì)控。
解決方案part4
Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®
——兼容常規(guī)鏈與鏈特異性建庫(kù)試劑盒，mRNA建庫(kù)“一盒雙用”
★樣本適用范圍廣：耐高溫，適合復(fù)雜模板 mRNA 建庫(kù)；
★片段化可控： 片段大小均可選擇合適的打斷條件；
★文庫(kù)質(zhì)量?jī)?yōu)異： 多樣本類型測(cè)試，結(jié)果均能滿足不同客戶需求；
★測(cè)序質(zhì)量?jī)?yōu)異： rRNA 殘留更低，有效數(shù)據(jù)占比更多。
解決方案part5
Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI®
配套接頭——滿足96種樣本數(shù)據(jù)的拆分
Hieff NGS® DNA Selection Beads
精準(zhǔn)分選——完美替換AMPure XP
dsDNA HS Assay Kit for Qubit®
雙鏈DNA定量神器——5min精確定量文庫(kù)
產(chǎn)品信息
產(chǎn)品信息 | 名稱 | 貨號(hào) | 規(guī)格 |
全能型建庫(kù)試劑盒 | Hieff NGS® Ultima DNA Library Prep Kit for MGI® | 13310ES08/16/96 | 8/16/96T |
酶切法建庫(kù)試劑盒 | Hieff NGS® OnePot II DNA Library Prep Kit for MGI® | 13321ES08/16/96 | 8/16/96T |
mRNA建庫(kù)試劑盒 | Hieff NGS® MaxUp II Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI® | 13331ES08/16/96 | 8/16/96T |
環(huán)化試劑盒 | Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit for MGI® | 13341ES08/16/96 | 8/16/96T |
rRNA去除試劑盒 | Hieff NGS® MaxUp rRNA Depletion Kit (Human/Mouse/Rat) | 12253ES08/24/96 | 8/24/96T |
接頭 | Hieff NGS® Complete Adapter Kit for MGI® | 13360-62 | 4/16/100T |
磁珠 | Hieff NGS® DNA Selection Beads | 12601ES08/56/75 | 5/60/450mL |
Qubit定量 | dsDNA HS Assay Kit for Qubit® | 12640ES60/76 | 100/500T |
