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NGS實(shí)驗(yàn)小助手,純化、分選皆全能

2020-4-24  閱讀(1351)

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精品推薦|NGS實(shí)驗(yàn)小助手,純化、分選皆全能

 

進(jìn)口磁珠用量大,價(jià)格高,實(shí)驗(yàn)進(jìn)展不下去?

翊圣DNA純化分選磁珠,滿足您的需求!

                                    

DNA///片段純化與分選是高通量測(cè)序中文庫(kù)制備的必要環(huán)節(jié)。目前,市面上的AMPure XP磁珠幾乎占據(jù)半壁江山,但其高昂的價(jià)格令許多測(cè)序公司感到巨大的壓力。翊圣生物匠心研發(fā)專為二代測(cè)序設(shè)計(jì)的簡(jiǎn)單高效、高通量DNA純化分選Hieff NGSTM DNA Selection Beads,可無(wú)縫替代AMPure XP產(chǎn)品,不僅性能優(yōu)異,而且質(zhì)優(yōu)價(jià)廉。

 

產(chǎn)品介紹

基于SPRI(Solid Phase Reversible Immobilization)原理,配合精心優(yōu)化的緩沖體系,可兼容不同品牌的DNA、RNA建庫(kù)試劑盒,使用方式相同,片段回收效率和文庫(kù)大小分布均與AMPure XP Beads高度吻合。主要應(yīng)用于二

代測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程中的DNA///片段分選、純化。

 

 

圖1 翊圣磁珠特點(diǎn)

 

產(chǎn)品亮點(diǎn)

亮點(diǎn)1 精準(zhǔn)分選-分選精度

分選精度一般是雙輪分選后DNA///片段的分布準(zhǔn)確性。目前市場(chǎng)上各廠家磁珠的buffer配方不同,對(duì)各個(gè)DNA///片段的回收比例也不盡相同。因而評(píng)估磁珠的分選精度不適合各品牌平行比較,而應(yīng)是根據(jù)各廠家推薦的比例,完成對(duì)應(yīng)大小的DNA///片段篩選。

通??赏ㄟ^(guò)Agilent 2100檢測(cè)樣本分選后的片段分布。

 

磁珠分選實(shí)驗(yàn),模式樣本,用XP磁珠和翊圣磁珠做平行實(shí)驗(yàn),二者回收效率,片段大小基本一致。

 

2 翊圣磁珠不同分選比例峰圖

 

亮點(diǎn)2 高效純化-回收效率

磁珠回收效率一般是以回收后的DNA總量與初始的投入DNA總量的比值來(lái)計(jì)算。相同的DNA投入量,回收效率越高越好。但評(píng)估各品牌的磁珠回收效率首先要看磁珠回收的片段是否相同,只有在相同的回收效果時(shí)比較回收效率才有意義。

 

通常可通過(guò)Qubit定量回收前后的DNA總量計(jì)算回收效率。

 

平行

樣本

Input(ng)

純化(1.8×)

純化后(ng)

回收率%

平均回收率

平行1

A-XP

169.5

153.25

90.41%

90.41%

B-YS

159.75

94.25%

94.5%

C-YS

162

95.58%

D-YS

158.75

93.66%

平行2

A-XP

156

92.04%

92.04%

B-YS

156.5

92.33%

93.51%

C-YS

160

94.4%

D-YS

159

93.81%

3 翊圣磁珠和AMPure XP磁珠回收效率對(duì)比

 

案例展示

 

實(shí)驗(yàn)?zāi)康?/span>:核酸純化/分選

實(shí)驗(yàn)方案:1.8×(DNA純化);0.65×/0.2×(DNA分選)

評(píng)估指標(biāo):純化/分選后磁珠回收效率

          磁珠純化/分選后條帶分布

實(shí)驗(yàn)結(jié)論相同樣本,DNA打斷后初始濃度是13 ng/ul,投入量159 ng,分別用翊圣DNA磁珠與AMPure XP磁珠回收后,平均回收效率分別為104.55%和96.23%。0.65×/0.2×分選后,平均回收率基本一致。

綜上可知翊圣DNA磁珠與AMPure XP磁珠回收效率相近,回收效果以及分選效果高度一致。

 

品牌

樣本編號(hào)

1.8X純化后濃度(ng/μL)

分選(0.65X/0.2X)

投入量

回收量

回收率%

平均回收率

XP

A1

6.40

148 ng

30 ng

20.27

21.28%

A2

31.2 ng

21.08

A3

31.8 ng

21.49

A4

33 ng

22.30

翊圣

B1

36.3 ng

24.53

22.30%

B2

34.5 ng

23.31

B3

30.9 ng

20.88

B4

30.3 ng

20.47

4 翊圣磁珠和AMPure XP磁珠分選數(shù)據(jù)

 

5 翊圣磁珠和AMPure XP磁珠分選峰圖

 

綜合分析,翊圣磁珠在不同樣本的適用性、大小片段的回收效率、分選精度和批次穩(wěn)定性方面基本相當(dāng),但價(jià)格方面,翊圣磁珠優(yōu)勢(shì)明顯,可成為AMPure XP的*。

 

參數(shù)

Yeasen

AMPure XP

樣本適用性

★★★

★★★

大片段回收效率

★★

★★★

小片段回收效率

★★★

★★★

DNA純化效率(NGS)

★★★

★★☆

批間穩(wěn)定性

★★★

★★★

價(jià)格

★★★

分選精度

——

——

 

常見(jiàn)FAQ問(wèn)答:

Q1:產(chǎn)品的原理是什么?

A1:產(chǎn)品是基于SPRI(Solid phase reverse immobilization)原理制備的,其在特定條件下,可選擇性吸附不同片段大小的DNA。親和吸附分選。

Q2:產(chǎn)品的主要應(yīng)用是什么?

A2:產(chǎn)品主要應(yīng)用于高通量測(cè)序DNA///片段的純化和分選。對(duì)于PCR或者酶切DNA產(chǎn)物的純化也可以使用,可以有效去除dNTP,引物,引物二聚體,鹽離子等雜質(zhì)。

Q3:產(chǎn)品可以重復(fù)使用嗎?

A3:產(chǎn)品不可以重復(fù)使用,乙醇洗脫步驟將影響磁珠表面活性基團(tuán)性能。

Q4:與AMPure XP相比,怎么樣?

A4:我們的產(chǎn)品制備原材料*進(jìn)口,可以完美替代AMPure XP Beads。在使用方法,文庫(kù)大小分布和回收效率上,與AMPure XP Beads*一致,您可以直接按照AMPure XP Beads的操作方式使用,無(wú)需摸索條件。

Q5:DNA回收效率低。

A5:可能原因:DNA與磁珠比例不滿足分選要求;乙醇濃度低。80%乙醇需現(xiàn)用現(xiàn)配,放置時(shí)間過(guò)久,可能由于乙醇揮發(fā),造成濃度降低,影響洗脫效果;洗脫溶液體積不足;洗脫溶液孵育時(shí)間過(guò)短;磁珠過(guò)度干燥。

建議:按照分選推薦比例添加磁珠;80%乙醇現(xiàn)用現(xiàn)配;洗脫溶液需*覆蓋磁珠;磁珠應(yīng)于洗脫液中按規(guī)定時(shí)間孵育,常規(guī)為5分鐘;切勿室溫干燥磁珠大于10分鐘,過(guò)度干燥將降低洗脫效率。

Q6:純化后DNA在后續(xù)實(shí)驗(yàn)中表現(xiàn)不理想。

A6:由乙醇?xì)埩粢?/span>,可能是操作時(shí)磁珠分離時(shí)間過(guò)短或磁力器磁力較弱,洗脫步驟中吸取上清速度過(guò)快。建議確保在后一步洗滌結(jié)束后,溶液中無(wú)殘留乙醇。磁珠可于室溫干燥5-10分鐘,使乙醇*干燥。

 

訂購(gòu)信息

 

名稱

貨號(hào)

規(guī)格

價(jià)格

優(yōu)惠價(jià)

Hieff NGS® DNA Selection Beads(Superior AMPure XP alternative)

12601ES03/08/56/75

1/5/60/450 mL

296/986/6286/26186

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原價(jià)450ml,26186

大包裝,更優(yōu)惠

1~5瓶,13500/瓶

6~10瓶,12000/瓶

11~20瓶,9800/瓶

21~50瓶,8000/瓶

51~100瓶,7000/瓶 (>100瓶,另議

 

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類別

名稱

貨號(hào)

規(guī)格

價(jià)格

優(yōu)惠價(jià)

DNA

Hieff NGS® cfDNA Clean Beads(100~200 bp)

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