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產(chǎn)品信息

產(chǎn)品描述

Hieff NGS^® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit for Illumina^®高通量測(cè)序平臺(tái)專(zhuān)門(mén)研發(fā)的用于mRNA轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)構(gòu)建試劑盒，本試劑盒將cDNA二鏈合成與Endprep、dA-tailing進(jìn)行合并，極大地縮減建庫(kù)時(shí)間。二鏈合成模塊配有兩種Buffer，客戶可根據(jù)需要進(jìn)行常規(guī)建庫(kù)或鏈特異性建庫(kù)。本產(chǎn)品適用于起始模板為10 ng-4 μg不同來(lái)源真核生物總RNA樣本。經(jīng)過(guò)mRNA分離、片段化、雙鏈cDNA合成、末端修復(fù)、加A尾、接頭連接和文庫(kù)擴(kuò)增，總RNA樣品最終轉(zhuǎn)化為適用于Illumina®平臺(tái)測(cè)序的文庫(kù)。

試劑盒包含兩個(gè)獨(dú)立模塊，BOX-I的核心為純化mRNA所需的oligo (dT)磁珠。BOX-II包含mRNA段化試劑，反轉(zhuǎn)錄試劑，常規(guī)和鏈特異性ds-cDNA合成，以及后續(xù)建庫(kù)所需的所有試劑。其中鏈特異性二鏈合成Buffer中將dTTP替換為dUTP，使cDNA第二鏈中摻入dUTP，而本試劑盒使用的高保真DNA聚合酶無(wú)法擴(kuò)增含uracil的DNA模板，實(shí)現(xiàn)鏈特異性。提供的所有試劑都經(jīng)過(guò)嚴(yán)格的質(zhì)量控制和功能驗(yàn)證，保證了文庫(kù)構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

產(chǎn)品組分

組分編號(hào)和名稱(chēng)				12301ES08	12301ES24	12301ES96	12301ES98
BOX-I	12603-A		mRNA Capture Beads	0.4 mL	1.2 mL	4.8 mL	50 mL
	12603-B		Beads Binding Buffer	0.4 mL	1.2 mL	4.8 mL	50 mL
	12603-C		Beads Wash Buffer	5 mL	15 mL	60 mL	3×250 mL
	12603-D		Tris Buffer	0.4 mL	1.2 mL	4.8 mL	50 mL
BOX-II	12301-A		Frag/Prime Buffer	150 μL	450 μL	2×900 μL	18.5 mL
	12301-B		1st Strand Enzyme Mix	16 μL	48 μL	192 μL	2×1mL
	12301-C		Strand Specificity Reagent	50 μL	150 μL	580 μL	8 mL
	12301-D		2nd Strand Buffer (dNTP)	240 μL	720 μL	2×1440 μL	30 mL
	12301-E		2nd Strand Buffer (dUTP)	240 μL	720 μL	2×1440 μL	30 mL
	12301-F		2nd Strand Enzyme Master Mix	40 μL	120 μL	480 μL	5×1 mL
	12301-G		Ligation Enhancer	240 μL	720 μL	2×1440 μL	30 mL
	12301-H		Novel T4 DNA Ligase	40 μL	120 μL	480 μL	5×1 mL
	12301-I		2×Super Canace® II High-Fidelity Mix	200 μL	600 μL	2×1200 μL	25 mL
	12301-J		Primer Mix	40 μL	120 μL	480 μL	5 mL

運(yùn)輸與保存方法

冰袋運(yùn)輸。效期一年。存儲(chǔ)溫度如下，切不可搞錯(cuò)！

Box I：2-8 °C保存；Box II：-20 °C保存。

注意事項(xiàng)

一、關(guān)于操作

1. 為了您的安全和健康，請(qǐng)穿實(shí)驗(yàn)服并戴一次性手套操作。

2. 請(qǐng)于使用前將試劑盒各組分置于室溫解凍。解凍后上下顛倒數(shù)次充分混勻，短暫離心后置于冰上待用。

3. 推薦在帶熱蓋的PCR儀中進(jìn)行各步驟反應(yīng)，使用前應(yīng)預(yù)熱PCR儀至反應(yīng)溫度附近。

4. 請(qǐng)使用無(wú)RNase污染的耗材，并對(duì)實(shí)驗(yàn)區(qū)域定期進(jìn)行清理，推薦使用ThermoFisher公司的RNAZapTM高效核酸去除噴霧去除RNA酶污染。

5. PCR產(chǎn)物因操作不當(dāng)極容易產(chǎn)生氣溶膠污染，進(jìn)而影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果準(zhǔn)確性。推薦將PCR反應(yīng)體系配制區(qū)和PCR產(chǎn)物純化檢測(cè)區(qū)進(jìn)行強(qiáng)制性的物理隔離；配備文庫(kù)構(gòu)建專(zhuān)用移液器等設(shè)備；定時(shí)對(duì)各實(shí)驗(yàn)區(qū)域進(jìn)行清潔（推薦使用ThermoFisher公司的DNAZapTM高效核酸去除噴霧），以保證實(shí)驗(yàn)環(huán)境的潔凈度

6. 針對(duì)大規(guī)格1000T，客戶在使用前需提前復(fù)融，保證充分解凍且混勻。

二、應(yīng)用范圍

1 本產(chǎn)品僅作科研用途！

2. 本試劑盒適用于起始模板量為10 ng-4 μg（體積≤50 μL）的高質(zhì)量動(dòng)物、植物和真菌等真核生物的總RNA。如初始RNA濃度偏低，體積超過(guò)50 μL，可使用Hieff NGS® RNA Cleaner磁珠進(jìn)行濃縮。RNA需通過(guò)Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico芯片檢測(cè)，RIN值要求＞7，以保證mRNA有完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu)。

3. 本試劑盒的mRNA分離模塊使用的是oligo (dT)磁珠，只有帶poly(A)尾的mRNA才能被提??；其他不具poly(A)尾的RNA，如非編碼RNA、無(wú)poly(A)尾的mRNA等不能適用本試劑盒。此外，F(xiàn)FPE樣本中的mRNA降解嚴(yán)重，通常無(wú)完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu)，故亦無(wú)法使用本試劑盒進(jìn)行建庫(kù)。

4. 本試劑盒所制備文庫(kù)可進(jìn)行多種RNA-Seq應(yīng)用，包括：

基因表達(dá)(gene expression)

單核苷酸變異檢測(cè)(single nucleotide variation discovery)

基因融合鑒定(gene fusion identification)

剪切變異體分析(splice variant analysis)

三、關(guān)于接頭連接(Adapter Ligation)

1.本公司可提供長(zhǎng)接頭(Barcoded Adapter)試劑盒和短接頭（也稱(chēng)為小Y接頭、不完整接頭）試劑盒，客戶可根據(jù)實(shí)驗(yàn)需求進(jìn)行選擇。目前有48種Indexed Adapters: Hieff NGS^® Complete Adapter Kit for Illumina^®, Set 1~Set 4 (Cat#12615-Cat#12618)；雙端 384 種 Index Primers: Hieff NGS® RNA 384 CDI Primer Kit for Illumina^®, Set 1~Set 2 (Cat#12414-12415)。

2.我們建議選用高質(zhì)量的商業(yè)化接頭，如客戶使用自制接頭，請(qǐng)委托具有NGS引物合成經(jīng)驗(yàn)的公司，并備注需進(jìn)行嚴(yán)格的防污染控制。此外，進(jìn)行接頭退火操作時(shí)，請(qǐng)?jiān)诔瑑襞_(tái)完成。每次只操作一種接頭，防止交叉污染。

3.使用接頭時(shí)，請(qǐng)?zhí)崆皩⒔宇^取出放在4 °C或冰盒上解凍；室溫操作時(shí)，實(shí)驗(yàn)室溫度最好不要超過(guò)25°C，防止接頭解鏈。

4.建庫(kù)過(guò)程中，接頭濃度過(guò)高或過(guò)低都會(huì)導(dǎo)致建庫(kù)成功率變低。本試劑盒操作方案中，所加入的接頭體積固定為5 μL，請(qǐng)根據(jù)初始的RNA投入量，參考表1對(duì)接頭進(jìn)行稀釋。接頭稀釋液請(qǐng)選擇0.1×TE buffer，稀釋過(guò)的接頭可在4 °C保存48 h。

表1 Input Total RNA量與接頭濃度推薦表

四、關(guān)于磁珠純化與分選 (Bead-based Clean Up and Size Selection)

1. 建庫(kù)過(guò)程中有多個(gè)步驟需要使用DNA純化磁珠，我們推薦使用Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure^® XP磁珠(Beckman Cat#A63880)進(jìn)行DNA純化和分選。

2. 磁珠使用前應(yīng)先平衡至室溫，否則會(huì)導(dǎo)致得率下降、分選效果不佳。

3. 磁珠每次使用前都應(yīng)充分振蕩混勻或使用移液器上下吹打充分混勻。

4. 轉(zhuǎn)移上清時(shí)，請(qǐng)勿吸取磁珠，即使微量殘留都將影響后續(xù)文庫(kù)質(zhì)量。

5. 磁珠洗滌使用的80%乙醇應(yīng)現(xiàn)用現(xiàn)配，否則將影響回收效率。

6. 產(chǎn)物洗脫前應(yīng)將磁珠置于室溫干燥。干燥不充分容易造成無(wú)水乙醇?xì)埩粲绊懞罄m(xù)反應(yīng)；過(guò)分干燥又會(huì)導(dǎo)致磁珠開(kāi)裂進(jìn)而降低純化得率。通常情況下，室溫干燥3-5 min足以讓磁珠充分干燥。

7. DNA純化或長(zhǎng)度分選產(chǎn)物如需保存，可使用0.1×TE Buffer洗脫，產(chǎn)物于4 °C可保存2天，-20 °C可保存1個(gè)月。

五、關(guān)于文庫(kù)擴(kuò)增 (Library Amplification)

1. 本試劑盒中的文庫(kù)擴(kuò)增組分由本公司第二代高保真DNA聚合酶所組成，在第一代的基礎(chǔ)上，大大增強(qiáng)了擴(kuò)增的均一性，即使是低拷貝的基因，也能進(jìn)行無(wú)偏好性地?cái)U(kuò)增。

2. 如果您使用Indexed Adapter（也稱(chēng)為長(zhǎng)接頭、大Y接頭），可使用本試劑盒提供的引物Primer mix進(jìn)行擴(kuò)增；如果使用的是“短接頭"或者叫“小Y接頭"，則需要使用index primers進(jìn)行擴(kuò)增，加上相應(yīng)的barcodes。

3. 文庫(kù)擴(kuò)增步驟需要嚴(yán)格控制擴(kuò)增循環(huán)數(shù)。循環(huán)數(shù)不足，將導(dǎo)致文庫(kù)產(chǎn)量低；循環(huán)數(shù)過(guò)多，又將導(dǎo)致文庫(kù)偏好性增加、重復(fù)度增加、嵌合產(chǎn)物增加、擴(kuò)增突變積累等多種不良后果。表2列舉了使用本試劑盒進(jìn)行文庫(kù)擴(kuò)增，Input Total RNA量與相應(yīng)擴(kuò)增循環(huán)數(shù)的推薦。

表2 Input Total RNA 量與擴(kuò)增循環(huán)數(shù)推薦表*

【注】：*由于文庫(kù)產(chǎn)量不僅與投入量和擴(kuò)增循環(huán)數(shù)相關(guān)，樣本質(zhì)量、片段化條件、分選條件等都會(huì)影響產(chǎn)量。建庫(kù)過(guò)程中請(qǐng)根據(jù)實(shí)際情況綜合考慮，選擇最合適的建庫(kù)條件。

六、自備材料 (Other Materials)

1. DNA純化磁珠：Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure® XP Beads (A63880)或其他等效產(chǎn)品。

2. RNA質(zhì)控：Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效產(chǎn)品。

3. Adapters：含Index的長(zhǎng)接頭 (Yeasen Cat#12615-12618)或者無(wú)Index的短接頭試劑盒 (Yeasen Cat#12414-12415)。

4. 文庫(kù)質(zhì)檢：Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效產(chǎn)品；文庫(kù)定量試劑。

5. 其他材料：無(wú)水乙醇、無(wú)菌超純水、低吸附槍頭、PCR管、磁力架、PCR儀等。

使用方法

一、自備材料

1.純化磁珠：Hieff NGS® DNA Selection Beads (Cat#12601)或AMPure XP Beads (Cat#A63880)或其他等效產(chǎn)品。

2.RNA質(zhì)控：Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效產(chǎn)品。

3.Adapters：barcoded adapter（長(zhǎng)接頭）或者無(wú)barcode的短接頭試劑盒。

4.文庫(kù)質(zhì)檢：Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效產(chǎn)品；文庫(kù)定量試劑。

5.其他材料：無(wú)水乙醇、無(wú)菌超純水、低吸附槍頭、PCR管、磁力架、PCR儀等。

二、操作流程

圖1 mRNA建庫(kù)試劑盒操作流程

三、操作步驟

3.1 mRNA純化和片段化 (mRNA Purification and Fragmentation)

1. 將mRNA Capture Beads從2-8 °C取出，靜置使其溫度平衡至室溫，約30 min。

2. 準(zhǔn)備一個(gè)Nuclease free離心管，取10 ng-4 μg總RNA，用Nuclease Free水將體積補(bǔ)至50 μL，冰上放置備用。

3. 顛倒或旋渦振蕩混勻磁珠，吸取50 μL磁珠懸液加入至50 μL總RNA樣品中，用移液器吹打6次，使其充分混勻。

4. 將磁珠與RNA的混合物置于PCR儀中，65 °C，5 min；25 °C，5 min；25 °C，hold，完成RNA與捕獲磁珠的結(jié)合。

5. 將樣品置于磁力架中，室溫靜置5 min，使mRNA與總RNA分離，小心移除上清。

6. 將樣品從磁力架上取出，用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠，移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。將樣品置于磁力架中，室溫靜置5 min，小心移除上清。

7. 重復(fù)步驟6，共洗滌兩次。

8. 將樣品從磁力架上取出，加入50 μL Tris Buffer重懸磁珠，用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。

9. 將樣品置于PCR儀中，80 °C，2 min；25 °C，hold，將mRNA洗脫下來(lái)。

10. 將樣品從PCR儀中取出，加入50 μL Beads Binding Buffer，用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。

11. 室溫放置5 min，使mRNA結(jié)合到磁珠上。

12. 將樣品置于磁力架中，室溫靜置5 min，小心移除上清。

13. 將樣品從磁力架上取出，用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠，移液器反復(fù)吹打6次以*混勻，將樣品重新放回

至磁力架中，室溫靜置5 min，吸掉全部上清。

【注】：最后需要用10 μL移液器吸干凈殘留液體。

將樣品從磁力架上取出，用18.5 μL Frag/Prime Buffer重懸磁珠，用移液器吹打6次以*混勻；將樣品置于PCR儀中（預(yù)設(shè)為94 °C），可參考表3選擇片段化程序，但不同物種片段化的效果有差異，客戶可先根據(jù)自己的情況，做個(gè)片段化時(shí)間的梯度，比如94 °C，5 min。使用Agilent 2100分析mRNA純化產(chǎn)物大小。

表3 mRNA段化程序推薦

15. 片段化程序結(jié)束后，為防止poly(A)尾RNA與磁珠結(jié)合，請(qǐng)立即將樣品置于磁力架中，待溶液澄清后，轉(zhuǎn)移17 μL上清至一個(gè)新的Nuclease Free離心管中，立刻進(jìn)入第一鏈cDNA合成。

3.2 第一鏈cDNA的合成

1. 將第一鏈合成試劑從-20°C取出，顛倒混勻后瞬離。按表4所示，配制第一鏈cDNA合成的反應(yīng)液。

表4 第一鏈cDNA合成反應(yīng)體系

2. 使用移液器輕輕吹打混勻，瞬離將反應(yīng)液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中，按照表5所示設(shè)置反應(yīng)程序，進(jìn)行第一鏈cDNA的合成。反應(yīng)結(jié)束后立即進(jìn)行第二鏈cDNA的合成。

表5 第一鏈cDNA合成反應(yīng)程序

3.3第二鏈cDNA的合成/末端修復(fù)/加A

1. 將第二鏈合成試劑從-20 °C取出，解凍后顛倒混勻；按照表6所示，配制第二鏈cDNA合成/末端修復(fù)/加A反應(yīng)液。

表6 第二鏈cDNA合成反應(yīng)體系

【注】：*如構(gòu)建普通mRNA文庫(kù)，請(qǐng)使用含dNTP的Buffer；如構(gòu)建鏈特異性mRNA文庫(kù)，請(qǐng)使用含dUTP的Buffer。

2. 使用移液器輕輕吹打混勻，瞬離將反應(yīng)液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中，按照表7所示設(shè)置反應(yīng)程序，進(jìn)行第二鏈cDNA的合成。

表7 第二鏈cDNA合成反應(yīng)程序

3.4 接頭連接 (Adapter Ligation)

該步驟可在末端修復(fù)和dA尾添加的產(chǎn)物末端，連接特定的Illumina®接頭。

1. 參考注意事項(xiàng)三中的表1，根據(jù)Input RNA量，稀釋Adapter至合適濃度。

2. 將表8中各試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用。

3. 于3.3步驟結(jié)束后的PCR管中繼續(xù)配制表8所示反應(yīng)體系。

表8 Adapter Ligation體系

【注】：*Ligation Enhancer使用前請(qǐng)上下顛倒、振蕩，充分混勻并瞬時(shí)離心后使用。

**本公司接頭原始濃度為15 μM, 請(qǐng)根據(jù)注意事項(xiàng)二表1的提示，根據(jù)投入量對(duì)接頭進(jìn)行稀釋?zhuān)菇宇^添加體積固定為5 μL。

4. 使用移液器輕輕吹打混勻，并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。

5. 將PCR管置于PCR儀中，設(shè)置表9所示反應(yīng)程序，進(jìn)行接頭連接反應(yīng)：

表9 Adapter Ligation反應(yīng)程序

3.5連接產(chǎn)物純化(Clean Up Post Ligation)

本方案適用于片段＜200 bp時(shí)，通過(guò)兩次純化去除體系中的接頭殘留；當(dāng)插入片段≥200 bp時(shí)，參照附錄二的分選方案，通過(guò)純化、分選或者直接分選獲得目標(biāo)長(zhǎng)度的文庫(kù)。

適用于插入片段<200 bp的文庫(kù)（需進(jìn)行兩輪純化）：

1. 準(zhǔn)備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.6×，Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5，總計(jì)漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中，開(kāi)蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過(guò)5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出，加入52 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約3 min），小心移取50 μL上清至新PCR管中，再進(jìn)行一輪純化。

9. 吸40 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.8×，Beads:DNA=0.8:1）至上一步產(chǎn)物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

10. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約3 min），小心移除上清。

11. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

12. 重復(fù)步驟11，總計(jì)漂洗兩次。

13. 保持PCR管始終置于磁力架中，開(kāi)蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過(guò)5 min）。

14. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約3 min），小心移取20 μL上清至新PCR管中，進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

3.6 文庫(kù)擴(kuò)增 (Library Amplification)

該步驟將對(duì)純化或長(zhǎng)度分選后的接頭連接產(chǎn)物進(jìn)行PCR擴(kuò)增富集。

1. 將表10中的試劑解凍后顛倒混勻，置于冰上備用。

2. 于無(wú)菌PCR管中配制表10所示反應(yīng)體系。

表10-A  短接頭連接產(chǎn)物PCR反應(yīng)體系                              表10-B  長(zhǎng)接頭連接產(chǎn)物PCR反應(yīng)體系

【注】：*如果使用的是無(wú)Index的接頭，俗稱(chēng)短接頭（小Y接頭），請(qǐng)使用短接頭試劑(Cat#12414~ Cat#12415)中配備的Index primer進(jìn)行擴(kuò)增。

**如果您使用的是Indexed Adapter (Cat#12615~ Cat#12618)，俗稱(chēng)長(zhǎng)接頭（大Y接頭），可用試劑盒中的Primer Mix進(jìn)行擴(kuò)增。

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻，并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。

4. 將PCR管置于PCR儀中，設(shè)置表11示反應(yīng)程序，進(jìn)行PCR擴(kuò)增。

表11 PCR擴(kuò)增反應(yīng)程序

【注】：*文庫(kù)擴(kuò)增循環(huán)數(shù)需根據(jù)樣本質(zhì)量、投入量等建庫(kù)條件進(jìn)行調(diào)整，詳見(jiàn)表2。

3.7 擴(kuò)增產(chǎn)物磁珠純化(Clean Up Post Amplification)

1. 準(zhǔn)備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取45 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.9×，Beads:DNA=0.9:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5，總計(jì)漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中，開(kāi)蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過(guò)5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約3 min），小心移取20 μL上清至新PCR管中，進(jìn)行文庫(kù)定量、質(zhì)檢。

3.8 文庫(kù)質(zhì)量控制

通常情況下，構(gòu)建好的文庫(kù)可通過(guò)濃度檢測(cè)和長(zhǎng)度分布檢測(cè)來(lái)進(jìn)行質(zhì)量評(píng)價(jià)，具體請(qǐng)參見(jiàn)注意事項(xiàng)五。

附錄一：mRNA段化效果展示

圖2. mRNA不同打斷時(shí)間對(duì)應(yīng)的RNA段范圍。分別以94 °C 10 min、94 °C 7 min和94 °C 5 min處理。打斷后mRNA進(jìn)行2.2x 磁珠純化，通過(guò)Agilent 2100 Bioanalyzer進(jìn)行檢測(cè)。

【注】：本結(jié)果使用的RNA是Agilent公司的Universal Human Reference RNA，若使用其他來(lái)源的RNA，最好優(yōu)化打斷時(shí)間。

附錄二：分選條件說(shuō)明

分選方案適用于94 °C，10 min、94 °C，7 min和94 °C，5 min片段化的RNA建庫(kù)，可以獲得插入片段大于200 bp的文庫(kù)：

方案一：接頭連接產(chǎn)物純化后分選

        0.6× Hieff NGS® DNA Selection Beads接頭連接產(chǎn)物的純化

1. 準(zhǔn)備工作：將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出，室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads (0.6×，Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中，渦旋或吹打混勻，室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體，待溶液澄清后（約5 min），小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec后，小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5，總計(jì)漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中，開(kāi)蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（不超過(guò)5 min）。

8. 將PCR管從磁力架中取出，加入102 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻，室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置，待溶液澄清后（約5 min），小心移取100 μL上清至新PCR管中，準(zhǔn)備進(jìn)行雙輪分選。

雙輪分選（以94 °C，7 min打斷，分選文庫(kù)大小為410 bp~510 bp為例，其他文庫(kù)大小按推薦比例進(jìn)行磁珠分選）

當(dāng)選擇短接頭（小Y接頭）進(jìn)行連接后純化，使用雙端384種 Index Primers: Hieff NGS® RNA 384 CDI Primers Kit for Illumina® , Set 1~Set 2 (Cat#12414~Cat#12415)進(jìn)行RNA建庫(kù)時(shí)，分選比例參照表12進(jìn)行，當(dāng)選擇長(zhǎng)接頭（大Y接頭），使用Indexed Adapters: Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1~Set 4 (Cat#12615~Cat#12618)進(jìn)行連接后純化，分選比例參照表13進(jìn)行。

1. 請(qǐng)渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

2. 根據(jù)DNA段長(zhǎng)度要求，參考表12，在上述100 μL DNA中加入第一輪分選磁珠65 μL (0.65×)，渦旋或移液器吹打10次混勻。

室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約5 min），小心轉(zhuǎn)移上清到干凈的離心管中，殘留1-2 μL溶液管底。

5. 參考表12向上清中加入第二輪分選磁珠15 μL (0.15×)。

6. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻，室溫靜置5 min。

7. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約3 min），小心移除上清。

8. 保持PCR管始終處于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec，小心移除上清。

9. 重復(fù)步驟8。

10. 保持PCR管始終處于磁力架中，開(kāi)蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（約3 min）。

11. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻，室溫靜置5 min。

12. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后（約3 min），小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈管中。

表12 短接頭文庫(kù)分選推薦磁珠比例

表13 長(zhǎng)接頭文庫(kù)分選推薦磁珠比例

【注】：表12、13推薦的雙輪分選比例適用于Hieff NGS® DNA Selection Beads；表中“×"表示樣品DNA體積。如所需文庫(kù)插入片段主峰為300 bp時(shí)，若在短接頭連接之后分選，樣品DNA體積為100 μL，則第一輪分選磁珠使用體積為0.65×100 μL=65 μL，第二輪分選磁珠使用體積為0.15×100 μL=15 μL；若在長(zhǎng)接頭連接之后分選，樣品DNA體積為100 μL，則第一輪分選磁珠使用體積為0.65×100 μL=65 μL，第二輪分選磁珠使用體積為0.15×100 μL=15 μL。

圖3. 1 μg 293 total RNA，在94°C 10 min，94°C 7min和94 °C 5 min片段化后，根據(jù)表12推薦磁珠比例得到的文庫(kù)大小

方案二：接頭連接產(chǎn)物直接分選（以94 °C，7 min打斷，分選文庫(kù)大小為410 bp~510 bp為例說(shuō)明，其他文庫(kù)大小按推薦比例進(jìn)行磁珠分選）

500 ng以上的總RNA做mRNA抓取后建庫(kù)，推薦直接分選，體系比較粘稠，需要小心添加，RNA質(zhì)量略差樣本可能會(huì)有接頭殘留。

當(dāng)選擇短接頭（小Y接頭）進(jìn)行連接后純化，使用雙端384種 Index Primers: Hieff NGS® RNA 384 CDI Primer Kit for Illumina® , Set 1~Set 2 (Cat#12414~Cat#12415)進(jìn)行RNA建庫(kù)時(shí)，分選比例參照表14進(jìn)行，當(dāng)選擇長(zhǎng)接頭（大Y接頭），使用Indexed Adapters: Hieff NGS® Complete Adapter Kit for Illumina®, Set 1~Set 4 (Cat#12615~Cat#12618)進(jìn)行連接后純化，分選比例參照表15進(jìn)行。

1. 請(qǐng)渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

2. 根據(jù)DNA段長(zhǎng)度要求，參考表14，在上述100 μL的連接體系中加入第一輪分選磁珠20 μL (0.20×)，渦旋或移液器吹打10次混勻。室溫孵育10 min。

3. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約5 min），小心轉(zhuǎn)移 100 μL上清到干凈的離心管中，。

4. 參考表14向上清中加入第二輪分選磁珠10 μL (0.10×)。

5. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻，室溫靜置10 min。

6. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中，待溶液澄清后（約3 min），小心移除上清。

7. 保持PCR管始終處于磁力架中，加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠，室溫孵育30 sec，小心移除上清。

8. 重復(fù)步驟7。

9. 保持PCR管始終處于磁力架中，開(kāi)蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂（約3 min）。

10. 將PCR管從磁力架中取出，加入21 μL ddH2O，渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻，室溫靜置5 min。

11. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后（約3 min），小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈管中。

表14 短接頭文庫(kù)分選推薦磁珠比例

表15 長(zhǎng)接頭文庫(kù)分選推薦磁珠比例

圖4. 1 μg 293 total RNA，在94 °C 10 min、94 °C 7 min和94 °C 5 min片段化后，根據(jù)表14推薦磁珠比例得到的文庫(kù)大小

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