WAKO測序級天冬氨酰蛋白內切酶Asp-N

WAKO測序級天冬氨酰蛋白內切酶Asp-N

人類蛋白質組圖譜為超過90%的蛋白質編碼基因提供了其蛋白質翻譯證據，而由于選擇性剪接事件的存在，人類基因組約20,000個蛋白質編碼基因中的蛋白質組多樣性顯著增加。因此，精確檢測蛋白質多樣性對于理解生物學功能至關重要。但由于目前蛋白質組學技術的局限性，常用的蛋白質組學檢測方法是通過部分肽段序列來確定整個蛋白質的，其序列覆蓋率不足以表征樣本中存在的所有蛋白質狀態(tài)。

◆實驗概況

研究人員使用6種不同的蛋白酶（Trypsin、LysC、LysN、GluC、AspN、Chymotrypsin，其中前5種蛋白酶FUJIFILM Wako均可提供）消化6種人類細胞系蛋白質，碎片化后進行液相色譜分離和串聯質譜分析。從17,717個蛋白質編碼基因或蛋白質組中識別100萬條特異性肽段，其序列覆蓋度中位數達到80%，大大提高了某法蛋白質組學對單個蛋白的序列覆蓋率，為全面繪制蛋白質多樣性圖譜奠定了基礎。

◆實驗結果

高蛋白質組序列覆蓋度有助于更全面地檢測

不同可變檢測事件產生的蛋白isoform。依據RNA-Seq的數據，人體各器官和細胞系提供了超過95%的外顯子可變剪接的基因產物。但由于質譜數據的覆蓋度不足，導致編碼出來的蛋白質與可變剪接轉錄本的數量不成正比。

從下圖可以看到每種酶單獨使用時，都會產生明顯較低的檢測水平（圖1）。但是非某氨酸和非賴氨酸特異性的蛋白酶（GluC和AspN）與某蛋白酶聯合使用的時候，可以提高剪接位點的覆蓋度（圖2）。