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13330ES08MGI平臺雙模式mRNA建庫試劑盒
參考價: 面議
具體成交價以合同協(xié)議為準(zhǔn)
  • 13330ES08 產(chǎn)品型號
  • Yeasen/翌圣生物 品牌
  • 生產(chǎn)商 廠商性質(zhì)
  • 上海市 所在地

訪問次數(shù):545更新時間:2022-03-21 16:01:09

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產(chǎn)品簡介
供貨周期 現(xiàn)貨 規(guī)格 8 T
貨號 13330ES08 應(yīng)用領(lǐng)域 醫(yī)療衛(wèi)生,化工,生物產(chǎn)業(yè)
MGI平臺雙模式mRNA建庫試劑盒將cDNA二鏈合成與Endprep、dA-tailing進行合并,極大地縮減建庫時間。二鏈合成模塊配有兩種buffer,客戶可根據(jù)需要進行常規(guī)建庫或鏈特異性建庫。本產(chǎn)品適用于起始模板為10 ng-4 μg不同來源真核生物總RNA樣本。經(jīng)過mRNA分離、片段化、雙鏈cDNA合成、末端修復(fù)、加A尾、接頭連接和文庫擴增,總RNA樣品最終轉(zhuǎn)化為適用于華大平臺測序的文庫。
產(chǎn)品介紹

產(chǎn)品信息

產(chǎn)品名稱

產(chǎn)品編號

規(guī)格

價格/元

Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®

MGI平臺雙模式mRNA建庫試劑盒

13330ES08

8 T

3975.00

13330ES24

24 T

10335.00

13330ES96

96 T

31375.00

產(chǎn)品描述

Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®是針對MGI®高通量測序平臺專門研發(fā)的用于mRNA轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建試劑盒,本試劑盒cDNA二鏈合成Endprep、dA-tailing進行合并,極大地縮減建庫時間。二鏈合成模塊配有兩種buffer,客戶可根據(jù)需要進行常規(guī)建庫或鏈特異性建庫。本產(chǎn)品適用于起始模板為10 ng-4 μg不同來源真核生物總RNA樣本。經(jīng)過mRNA分離、片段化、雙鏈cDNA合成、末端修復(fù)、加A尾、接頭連接和文庫擴增,總RNA樣品最終轉(zhuǎn)化為適用于華大平臺測序的文庫。

試劑盒包含個獨立模塊,BOX-I的核心為純化mRNA所需的oligo(dT)磁珠。BOX-II包含mRNA段化試劑,反轉(zhuǎn)錄試劑,常規(guī)和鏈特異性dscDNA合成,以及后續(xù)建庫所需的所有試劑。其中鏈特異性二鏈合成Buffer中將dTTP替換為dUTP,使cDNA第二鏈中摻入dUTP,而本試劑盒使用的高保真DNA聚合酶無法擴增含尿嘧啶的DNA模板,實現(xiàn)鏈特異性。提供的所有試劑都經(jīng)過嚴格的質(zhì)量控制和功能驗證,保證了文庫構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。

產(chǎn)品組分

圖片.png

運輸與保存方法

冰袋運輸。效期一年。存儲溫度如下,切不可搞錯!

Box I:2-8保存;Box II:-20保存。

注意事項

一、 關(guān)于操作

1. 為了您的安全和健康,請穿實驗服并戴一次性手套操作。

2. 請于使用前將試劑盒各組分置于室溫解凍。解凍后上下顛倒數(shù)次充分混勻,短暫離心后置于冰上待用。

3. 推薦在帶熱蓋的PCR儀中進行各步驟反應(yīng),使用前應(yīng)預(yù)熱PCR儀至反應(yīng)溫度附近。

4. 請使用無RNase污染的耗材,并對實驗區(qū)域定期進行清理,推薦使用ThermoFisher公司的RNAZapTM高效核酸去除噴霧去除RNA酶污染。

5. PCR產(chǎn)物因操作不當(dāng)極容易產(chǎn)生氣溶膠污染,進而影響實驗結(jié)果準(zhǔn)確性。推薦將PCR反應(yīng)體系配制區(qū)和PCR產(chǎn)物純化檢測區(qū)進行強制性的物理隔離;配備文庫構(gòu)建專用移液器等設(shè)備;定時對各實驗區(qū)域進行清潔(推薦使用ThermoFisher公司的DNAZapTM高效核酸去除噴霧),以保證實驗環(huán)境的潔凈度。

6. 本產(chǎn)品僅做科研用途!

二、應(yīng)用范圍

本試劑盒適用于起始模板量為10 ng-4 μg(體積≤50 μL)的高質(zhì)量動物、植物和真菌等真核生物的總RNA。如初始RNA濃度偏低,體積超過50 μL,可使用Hieff NGS® RNA Cleaner磁珠進行濃縮。RNA需通過Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico芯片檢測,RIN值要求>7,以保證mRNA有完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu)。

本試劑盒的mRNA分離模塊使用的是oligo (dT)磁珠,只有帶poly(A)尾的mRNA才能被提??;其他不具poly(A)尾的RNA,如非編碼RNA、無poly(A)尾的mRNA等不能適用本試劑盒。此外,F(xiàn)FPE樣本中的mRNA降解嚴重,通常無完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu),故亦無法使用本試劑盒進行建庫。

本試劑盒所制備文庫可進行多種RNA-Seq應(yīng)用,包括:

基因表達(gene expression)

單核苷酸變異檢測(single nucleotide variation discovery)

基因融合鑒定(gene fusion identification)

剪切變異體分析(splice variant analysis)

三、關(guān)于接頭連接(Adapter Ligation)

1. 目前華大智造2種序號的接頭:1-128和501-596。關(guān)于其使用要求,請詳見華大智造“關(guān)于Adapter使用"有關(guān)說明或咨詢本公司。此外,華大智造申明:2種接頭由于設(shè)計工藝不同,禁止混用,否則測序數(shù)據(jù)無法拆分!

2. 我們建議選用高質(zhì)量的商業(yè)化接頭,如客戶使用自制接頭,請委托具有NGS引物合成經(jīng)驗的公司,并備注需進行嚴格的防污染控制。此外,進行接頭退火操作時,請在超凈臺完成。每次只操作一種接頭,防止交叉污染。

3. 建庫過程中,接頭濃度過高或過低都會導(dǎo)致建庫成功率變低。本試劑盒操作方案中,所加入的接頭體積固定為5 μL,請根據(jù)初始的RNA投入量,參考表1對接頭進行稀釋。接頭稀釋液請選擇0.1×TE buffer,稀釋過的接頭可在4°C保存48小時。

1 Input Total RNA量與接頭使用濃度推薦表

Input Total RNA

Adapter stock concentration

100–499 ng

2 μM

500–4000 ng

5 μM

*可根據(jù)不同類型Total RNA樣本及投入量,按需求適當(dāng)調(diào)整Adapter使用量

四、關(guān)于磁珠純化與分選(Bead-based Clean Up and Size Selection)

1.建庫過程中有多個步驟需要使用DNA純化磁珠,我們推薦使用Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure® XP磁珠(Beckman Cat#A63880)進行DNA純化和分選。

2.磁珠使用前應(yīng)先平衡至室溫,否則會導(dǎo)致得率下降、分選效果不佳。

3.磁珠每次使用前都應(yīng)充分振蕩混勻或使用移液器上下吹打充分混勻。

4.轉(zhuǎn)移上清時,請勿吸取磁珠,即使微量殘留都將影響后續(xù)文庫質(zhì)量。

5.磁珠洗滌使用的80%乙醇應(yīng)現(xiàn)用現(xiàn)配,否則將影響回收效率。

6.產(chǎn)物洗脫前應(yīng)將磁珠置于室溫干燥。干燥不充分容易造成無水乙醇殘留影響后續(xù)反應(yīng);過分干燥又會導(dǎo)致磁珠開裂進而降低純化得率。通常情況下,室溫干燥3-5 min足以讓磁珠充分干燥。

7.DNA純化或長度分選產(chǎn)物如需保存,可使用0.1×TE Buffer洗脫,產(chǎn)物于4°C可保存2天,-20°C可保存1個月。

五、關(guān)于文庫擴增(Library Amplification )

1. 本試劑盒中的文庫擴增組分由本公司第二代高保真DNA聚合酶所組成,在第一代的基礎(chǔ)上,大大增強了擴增的均一性,即使是低拷貝的基因,也能進行無偏好性地擴增。

2. 文庫擴增步驟需要嚴格控制擴增循環(huán)數(shù)。循環(huán)數(shù)不足,將導(dǎo)致文庫產(chǎn)量低;循環(huán)數(shù)過多,又將導(dǎo)致文庫偏好性增加、重復(fù)度增加、嵌合產(chǎn)物增加、擴增突變積累等多種不良后果。表2列舉了使用本試劑盒進行文庫擴增,Input Total RNA量與相應(yīng)擴增循環(huán)數(shù)的推薦。

2 Input Total RNA 量與擴增循環(huán)數(shù)推薦表*

Input Total RNA

Number of cycles

Non-stranded

Stranded

10 ng

15

15

100 ng

14

14

500 ng

12

13

1 μg

11

12

【注】:*由于文庫產(chǎn)量不僅與投入量和擴增循環(huán)數(shù)相關(guān),樣本質(zhì)量、片段化條件、分選條件等都會影響產(chǎn)量。建庫過程中請根據(jù)實際情況綜合考慮,選擇最合適的建庫條件。

使用方法

一、自備材料

1.純化磁珠:Hieff NGS® DNA Selection Beads(Cat#12601)或AMPure XP Beads(Cat#A63880)或其他等效產(chǎn)品。

2.RNA質(zhì)控:Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效產(chǎn)品。

3.Adapters:華大智造或本公司。

4.文庫質(zhì)檢:Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效產(chǎn)品;文庫定量試劑。

5.其他材料:無水乙醇、無菌超純水、低吸附槍頭、PCR管、磁力架、PCR儀等。

二、操作流程

圖1. mRNA建庫試劑盒操作流程.jpg

1. mRNA建庫試劑盒操作流程

三、操作步驟

3.1 mRNA純化和片段化mRNA Purification and Fragmentation)

1. 將mRNA Capture Beads從2-8取出,靜置使其溫度平衡至室溫,約30 min。

2. 準(zhǔn)備一個Nuclease free離心管,10 ng-4 μg總RNA,用Nuclease Free水將體積補至50 μL,冰上放置備用。

3. 顛倒或旋渦振蕩混勻磁珠,吸取50 μL磁珠懸液加入至50 μL總RNA樣品中,用移液器吹打6次,使其充分混勻。

4. 將磁珠與RNA的混合物置于PCR儀中,65,5 min;25,5 min;25,hold,完成RNA與捕獲磁珠的結(jié)合。

5. 將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,使mRNA與總RNA分離,小心移除上清。

6. 將樣品從磁力架上取出,用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠,移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,小心移除上清。

7. 重復(fù)步驟6,共洗滌兩次。

8. 將樣品從磁力架上取出,加入50 μL Tris Buffer重懸磁珠,用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。

9. 將樣品置于PCR儀中,80,2 min;25,hold,將mRNA洗脫下來。

10. 將樣品從PCR儀中取出,加入50 μL Beads Binding Buffer,用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。

11. 室溫放置5 min,使mRNA結(jié)合到磁珠上。

12. 將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,小心移除上清。

13. 將樣品從磁力架上取出,用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠,移液器反復(fù)吹打6次以*混勻,將樣品重新放回

至磁力架中,室溫靜置5 min,吸掉全部上清。

【注】:最后需要用10 μL移液器吸干凈殘留液體。

14. 將樣品從磁力架上取出,用18.5 μL Frag/Prime Buffer重懸磁珠,用移液器吹打6次以*混勻;將樣品置于PCR儀中(預(yù)設(shè)為94℃),可參考表3選擇片段化程序,但不同物種片段化的效果有差異,客戶可先根據(jù)自己的情況,做個片段化時間的梯度,比如94℃,5 min。使用Agilent 2100分析mRNA純化產(chǎn)物大小。

3 mRNA段化程序推薦

插入片段大?。╞p)

打斷程序

200-300

94°C,10 min;

300-400

94°C,7 min;

400-500

94°C5 min;

15. 片段化程序結(jié)束后,為防止poly(A)RNA與磁珠結(jié)合,請立即將樣品置于磁力架中,待溶液澄清后,轉(zhuǎn)移17 μL上清至一個新的Nuclease Free離心管中,立刻進入第一鏈合成反應(yīng)Part 2-Step 1)。

3.2 第一鏈cDNA的合成:

1. 將第一鏈合成試劑-20°C取出,顛倒混勻后瞬離。按表4所示,配制第一鏈cDNA合成的反應(yīng)液。

4 第一鏈cDNA合成反應(yīng)體系

名稱

體積(μL)

Fragmented mRNA

17

Strand Specificity Reagent

6

1st Strand Enzyme Mix

2

2. 使用移液器輕輕吹打混勻,瞬離將反應(yīng)液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中,按照表5所示設(shè)置反應(yīng)程序,進行第一鏈cDNA的合成。反應(yīng)結(jié)束后立即進行第二鏈cDNA的合成。

5 第一鏈cDNA合成反應(yīng)程序

溫度

時間

熱蓋 105°C

On

25°C

10 min

42°C

15 min

70°C

15 min

4°C

Hold

3.3第二鏈cDNA的合成/末端修復(fù)/加A

1. 將第二鏈合成試劑-20 °C取出,解凍后顛倒混勻;按照表6所示,配制第二鏈cDNA合成/末端修復(fù)/加A反應(yīng)液。

6 第二鏈cDNA合成反應(yīng)體系

名稱

體積(μL)

1st Strand cDNA

25 μL

2nd Strand Buffer ( dNTP or dUTP)*

30 μL

2nd Strand Enzyme Master Mix

5 μL

【注】:*如構(gòu)建普通mRNA文庫,請使用含dNTP的buffer;如構(gòu)建鏈特異性mRNA文庫,請使用含dUTP的buffer。

2. 使用移液器輕輕吹打混勻,瞬離將反應(yīng)液離心至管底。

3. 將上述PCR管置于PCR儀中,按照表7所示設(shè)置反應(yīng)程序,進行第二鏈cDNA的合成。

7 第二鏈cDNA合成反應(yīng)程序

溫度

時間

熱蓋 105°C

on

16°C

30 min

72°C

15 min

4°C

Hold

3.4 接頭連接(Adapter Ligation)

該步驟可在末端修復(fù)和dA尾添加的產(chǎn)物末端,連接特定的MGI®接頭。

1. 參考注意事項三中的表1,根據(jù)Input RNA量,稀釋Adapter至合適濃度。

2. 將表8中各試劑解凍后顛倒混勻,置于冰上備用。

3. 于3.3步驟結(jié)束后的PCR管中繼續(xù)配制表8所示反應(yīng)體系。

8 Adapter Ligation體系

名稱

體積(μL)

dA-tailed DNA

60

Ligation Enhancer

30*

Novel T4 DNA Ligase

5

DNA Adapter

5**

Total

100

【注】:*Ligation Enhancer使用前請上下顛倒、振蕩,充分混勻并瞬時離心后使用。

**本公司接頭原始濃度為10 μM, 請根據(jù)注意事項1的提示,根據(jù)投入量對接頭進行稀釋,使接頭添加體積固定為5 μL。

4. 使用移液器輕輕吹打混勻,并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。

5. 將PCR管置于PCR儀中,設(shè)置表9所示反應(yīng)程序,進行接頭連接反應(yīng):

9 Adapter Ligation反應(yīng)程序

溫度

時間

熱蓋

Off

20°C

15 min

4°C

Hold

3.5連接產(chǎn)物純化(Post Ligation Clean Up)

本方案適用于片段<200 bp時,通過兩次純化去除體系中的接頭殘留;當(dāng)插入片段≥200 bp時,參照附錄二的分選方案,通過純化、分選獲得目標(biāo)長度的文庫。

適用于插入片段<200 bp的文庫(需進行兩輪純化)

1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.6×,Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5,總計漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。

8. PCR管從磁力架中取出,加入52 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約3 min),小心移取50 μL上清至新PCR管中,再進行一輪純化。

9. 吸取40 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.8×,Beads:DNA=0.8:1)至上一步產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。

10. PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約3 min),小心移除上清。

11. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。

12. 重復(fù)步驟11,總計漂洗兩次。

13. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。

14. PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約3 min),小心移取20 μL上清至新PCR管中,進行PCR擴增。

3.6 文庫擴增(Library Amplification)

該步驟將對純化或長度分選后的接頭連接產(chǎn)物進行PCR擴增富集。

該步驟將對純化或長度分選后的接頭連接產(chǎn)物進行PCR擴增富集。

1. 將表10中的試劑解凍后顛倒混勻,置于冰上備用。

2. 于無菌PCR管中配制表10所示反應(yīng)體系。

10  接頭連接產(chǎn)物PCR反應(yīng)體系

組分名稱

體積(μL)

2×Super Canace® II High-Fidelity Mix

25

Primer Mix for MGI®

5

Adapter Ligated DNA

20

                       

3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻,并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。

4. 將PCR管置于PCR儀中,設(shè)置表11示反應(yīng)程序,進行PCR擴增。

11  PCR擴增反應(yīng)程序

溫度

時間

循環(huán)數(shù)

98°C

1 min

1

98°C

10 sec

11~15cycles*

60°C

30 sec

72°C

30 sec

72°C

5 min

1

4°C

Hold

-

*文庫擴增循環(huán)數(shù)需根據(jù)樣本質(zhì)量、投入量等建庫條件進行調(diào)整,詳見注意事項五。

3.7 擴增產(chǎn)物磁珠純化Post Amplification Clean Up)

1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取45 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.9×,Beads:DNA=0.9:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5,總計漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。

8. PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約3 min),小心移取20 μL上清至新PCR管中,進行文庫定量、質(zhì)檢。

3.8 文庫質(zhì)量控制

通常情況下,構(gòu)建好的文庫可通過濃度檢測和長度分布檢測來進行質(zhì)量評價,具體請參見注意事項

附錄一:mRNA段化效果展示

圖2. mRNA不同打斷時間對應(yīng)的RN<span class=

2. mRNA不同打斷時間對應(yīng)的RNA段范圍。分別以94°C,10 min、94°C,7min和94℃,5 min處理。打斷后mRNA進行進行2.2X 磁珠純化,通過Agilent 2100 Bioanalyzer進行檢測。

【注】:本結(jié)果使用的RNA是Agilent公司的Universal Human Reference RNA,若使用其他來源的RNA,最好優(yōu)化打斷時間

附錄分選條件說明

分選方案適用于94°C,10 min、94°C7min和94℃,5 min片段化的RNA建庫,可以獲得插入片段大于200bp的文庫:

方案一:接頭連接產(chǎn)物純化后分選

★ 0.6× Hieff NGS® DNA Selection Beads接頭連接產(chǎn)物的純化

1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。

2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。

3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.6×,Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。

5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。

6. 重復(fù)步驟5,總計漂洗兩次。

7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。

8. 將PCR管從磁力架中取出,加入102 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約5 min),小心移取100 μL上清至新PCR管中,準(zhǔn)備進行雙輪分選。

雙輪分選(以94°C,7min打斷,分選文庫大小為380bp~480bp為例說明,其他文庫大小按推薦比例進行磁珠分選)

1. 請渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

2. 根據(jù)DNA段長度要求,參考表12,在上述100 μL DNA中加入第一輪分選磁65 μL(0.65×,渦旋或移液器吹打10次混勻。

3. 室溫孵育5 min。

4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約5 min),小心轉(zhuǎn)移上清到干凈的離心管中,殘留1-2 μL溶液管底。

5. 參考表12向上清中加入第二輪分選磁珠15 μL(0.15×。

6. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻,室溫靜置5 min。

7. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約3 min),小心移除上清。

8. 保持PCR管始終處于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec,小心移除上清。

9. 重復(fù)步驟8。

10. 保持PCR管始終處于磁力架中,開蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(3 min)。

11. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻,室溫靜置5 min。

12. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后(約3 min),小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈管中。

12 短接頭文庫分選推薦磁珠比例

插入片段長度(bp)

200~300

300~400

400~500

500~600

文庫長度(bp)

280~380

380~480

480~580

580~680

打斷條件

94℃ 10min

94℃ 7min

94℃ 7min

94℃ 5min

第一輪磁珠體積(ul)

70(0.7×

65(0.65×

58(0.58×

50(0.5×

第二輪磁珠體積 (ul)

20(0.2×

15(0.15×

15(0.15×

15(0.15×

【注】:此表推薦的雙輪分選比例適用于Hieff NGS® DNA Selection Beads;表中“×"表示樣品DNA體積。如所需文庫插入片段主峰為300 bp時,若在短接頭連接之后分選,樣品DNA體積為100 μL,則第一輪分選磁珠使用體積為0.65×100 μL=65 μL第二輪分選磁珠使用體積0.15×100 μL=15 μL。

圖3. 1ug 293 total RNA,在94°C,10 min、94°C,7min和94℃,5 min片段化后,根據(jù)表12推薦的磁珠比例得到的文庫大小。.jpg

3. 1ug 293 total RNA,在94°C,10 min、94°C,7min和94℃,5 min片段化后,根據(jù)表12推薦的磁珠比例得到的文庫大小。

方案二:接頭連接產(chǎn)物直接分選(以94°C,7min打斷,分選文庫大小為410bp~510bp為例說明,其他文庫大小按推薦比例進行磁珠分選)

500 ng以的總RNAmRNA抓取后建庫,推薦直接分選,體系比較粘稠,需要小心添加,RNA質(zhì)量略差樣本可能會有接頭殘留。

1. 請渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。

2. 根據(jù)DNA段長度要求,參考表13,在上述100 μLDNA連接體系中加入第一輪分選磁20 μL(0.20×,渦旋或移液器吹打10次混勻。室溫孵育10 min。

3. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約5 min),小心轉(zhuǎn)移 100 μL上清到干凈的離心管中,。

4. 參考表13向上清中加入第二輪分選磁珠10 μL(0.10×。

5. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻,室溫靜置10 min。

6. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約3 min),小心移除上清。

7. 保持PCR管始終處于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec,小心移除上清。

8. 重復(fù)步驟7

9. 保持PCR管始終處于磁力架中,開蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(3 min)。

10. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻,室溫靜置5 min。

11. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后(約3 min),小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈管中。

13 短接頭文庫分選推薦磁珠比例

插入片段長度(bp)

200~300

300~400

400~500

500~600

文庫長度(bp)

280~380

380~480

480~580

580~680

打斷條件

94℃ 10min

94℃ 7min

94℃ 7min

94℃ 5min

第一輪磁珠體積(μL)

25(0.25×

20(0.2×

15(0.15×

15(0.15×

第二輪磁珠體積 (μL)

10(0.1×

10(0.1×

10(0.1×

10(0.1×

【注】:此表推薦的雙輪分選比例適用于Hieff NGS® DNA Selection Beads;表中“×"表示樣品DNA體積。如所需文庫插入片段主峰為300 bp時,若在短接頭連接之后分選,樣品DNA體積為100 μL,則第一輪分選磁珠使用體積為0.20×100 μL=20 μL,第二輪分選磁珠使用體積為0.1×100 μL=10 μL。

HB211122




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