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- 13330ES08 產(chǎn)品型號
- Yeasen/翌圣生物 品牌
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供貨周期 | 現(xiàn)貨 | 規(guī)格 | 8 T |
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貨號 | 13330ES08 | 應(yīng)用領(lǐng)域 | 醫(yī)療衛(wèi)生,化工,生物產(chǎn)業(yè) |
產(chǎn)品信息
產(chǎn)品描述
Hieff NGS® Ultima Dual-mode mRNA Library Prep Kit for MGI®是針對MGI®高通量測序平臺專門研發(fā)的用于mRNA轉(zhuǎn)錄組文庫構(gòu)建試劑盒,本試劑盒將cDNA二鏈合成與Endprep、dA-tailing進行合并,極大地縮減建庫時間。二鏈合成模塊配有兩種buffer,客戶可根據(jù)需要進行常規(guī)建庫或鏈特異性建庫。本產(chǎn)品適用于起始模板為10 ng-4 μg不同來源真核生物總RNA樣本。經(jīng)過mRNA分離、片段化、雙鏈cDNA合成、末端修復(fù)、加A尾、接頭連接和文庫擴增,總RNA樣品最終轉(zhuǎn)化為適用于華大平臺測序的文庫。
試劑盒包含兩個獨立模塊,BOX-I的核心為純化mRNA所需的oligo(dT)磁珠。BOX-II包含mRNA段化試劑,反轉(zhuǎn)錄試劑,常規(guī)和鏈特異性dscDNA合成,以及后續(xù)建庫所需的所有試劑。其中鏈特異性二鏈合成Buffer中將dTTP替換為dUTP,使cDNA第二鏈中摻入dUTP,而本試劑盒使用的高保真DNA聚合酶無法擴增含尿嘧啶的DNA模板,實現(xiàn)鏈特異性。提供的所有試劑都經(jīng)過嚴格的質(zhì)量控制和功能驗證,保證了文庫構(gòu)建的穩(wěn)定性和重復(fù)性。
產(chǎn)品組分
冰袋運輸。效期一年。存儲溫度如下,切不可搞錯!
Box I:2-8℃保存;Box II:-20℃保存。
注意事項
一、 關(guān)于操作
1. 為了您的安全和健康,請穿實驗服并戴一次性手套操作。
2. 請于使用前將試劑盒各組分置于室溫解凍。解凍后上下顛倒數(shù)次充分混勻,短暫離心后置于冰上待用。
3. 推薦在帶熱蓋的PCR儀中進行各步驟反應(yīng),使用前應(yīng)預(yù)熱PCR儀至反應(yīng)溫度附近。
4. 請使用無RNase污染的耗材,并對實驗區(qū)域定期進行清理,推薦使用ThermoFisher公司的RNAZapTM高效核酸去除噴霧去除RNA酶污染。
5. PCR產(chǎn)物因操作不當(dāng)極容易產(chǎn)生氣溶膠污染,進而影響實驗結(jié)果準(zhǔn)確性。推薦將PCR反應(yīng)體系配制區(qū)和PCR產(chǎn)物純化檢測區(qū)進行強制性的物理隔離;配備文庫構(gòu)建專用移液器等設(shè)備;定時對各實驗區(qū)域進行清潔(推薦使用ThermoFisher公司的DNAZapTM高效核酸去除噴霧),以保證實驗環(huán)境的潔凈度。
6. 本產(chǎn)品僅做科研用途!
二、應(yīng)用范圍
本試劑盒適用于起始模板量為10 ng-4 μg(體積≤50 μL)的高質(zhì)量動物、植物和真菌等真核生物的總RNA。如初始RNA濃度偏低,體積超過50 μL,可使用Hieff NGS® RNA Cleaner磁珠進行濃縮。RNA需通過Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico芯片檢測,RIN值要求>7,以保證mRNA有完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu)。
本試劑盒的mRNA分離模塊使用的是oligo (dT)磁珠,只有帶poly(A)尾的mRNA才能被提??;其他不具poly(A)尾的RNA,如非編碼RNA、無poly(A)尾的mRNA等不能適用本試劑盒。此外,F(xiàn)FPE樣本中的mRNA降解嚴重,通常無完整的poly(A)尾結(jié)構(gòu),故亦無法使用本試劑盒進行建庫。
本試劑盒所制備文庫可進行多種RNA-Seq應(yīng)用,包括:
基因表達(gene expression)
單核苷酸變異檢測(single nucleotide variation discovery)
基因融合鑒定(gene fusion identification)
剪切變異體分析(splice variant analysis)
三、關(guān)于接頭連接(Adapter Ligation)
1. 目前華大智造有2種序號的接頭:1-128和501-596。關(guān)于其使用要求,請詳見華大智造“關(guān)于Adapter使用"有關(guān)說明或咨詢本公司。此外,華大智造申明:2種接頭由于設(shè)計工藝不同,禁止混用,否則測序數(shù)據(jù)無法拆分!
2. 我們建議選用高質(zhì)量的商業(yè)化接頭,如客戶使用自制接頭,請委托具有NGS引物合成經(jīng)驗的公司,并備注需進行嚴格的防污染控制。此外,進行接頭退火操作時,請在超凈臺完成。每次只操作一種接頭,防止交叉污染。
3. 建庫過程中,接頭濃度過高或過低都會導(dǎo)致建庫成功率變低。本試劑盒操作方案中,所加入的接頭體積固定為5 μL,請根據(jù)初始的RNA投入量,參考表1對接頭進行稀釋。接頭稀釋液請選擇0.1×TE buffer,稀釋過的接頭可在4°C保存48小時。
表1 Input Total RNA量與接頭使用濃度推薦表
Input Total RNA | Adapter stock concentration |
100–499 ng | 2 μM |
500–4000 ng | 5 μM |
*可根據(jù)不同類型Total RNA樣本及投入量,按需求適當(dāng)調(diào)整Adapter使用量
四、關(guān)于磁珠純化與分選(Bead-based Clean Up and Size Selection)
1.建庫過程中有多個步驟需要使用DNA純化磁珠,我們推薦使用Hieff NGS® DNA Selection Beads (Yeasen Cat#12601)或AMPure® XP磁珠(Beckman Cat#A63880)進行DNA純化和分選。
2.磁珠使用前應(yīng)先平衡至室溫,否則會導(dǎo)致得率下降、分選效果不佳。
3.磁珠每次使用前都應(yīng)充分振蕩混勻或使用移液器上下吹打充分混勻。
4.轉(zhuǎn)移上清時,請勿吸取磁珠,即使微量殘留都將影響后續(xù)文庫質(zhì)量。
5.磁珠洗滌使用的80%乙醇應(yīng)現(xiàn)用現(xiàn)配,否則將影響回收效率。
6.產(chǎn)物洗脫前應(yīng)將磁珠置于室溫干燥。干燥不充分容易造成無水乙醇殘留影響后續(xù)反應(yīng);過分干燥又會導(dǎo)致磁珠開裂進而降低純化得率。通常情況下,室溫干燥3-5 min足以讓磁珠充分干燥。
7.DNA純化或長度分選產(chǎn)物如需保存,可使用0.1×TE Buffer洗脫,產(chǎn)物于4°C可保存2天,-20°C可保存1個月。
五、關(guān)于文庫擴增(Library Amplification )
1. 本試劑盒中的文庫擴增組分由本公司第二代高保真DNA聚合酶所組成,在第一代的基礎(chǔ)上,大大增強了擴增的均一性,即使是低拷貝的基因,也能進行無偏好性地擴增。
2. 文庫擴增步驟需要嚴格控制擴增循環(huán)數(shù)。循環(huán)數(shù)不足,將導(dǎo)致文庫產(chǎn)量低;循環(huán)數(shù)過多,又將導(dǎo)致文庫偏好性增加、重復(fù)度增加、嵌合產(chǎn)物增加、擴增突變積累等多種不良后果。表2列舉了使用本試劑盒進行文庫擴增,Input Total RNA量與相應(yīng)擴增循環(huán)數(shù)的推薦。
表 2 Input Total RNA 量與擴增循環(huán)數(shù)推薦表*
Input Total RNA | Number of cycles | |
Non-stranded | Stranded | |
10 ng | 15 | 15 |
100 ng | 14 | 14 |
500 ng | 12 | 13 |
1 μg | 11 | 12 |
【注】:*由于文庫產(chǎn)量不僅與投入量和擴增循環(huán)數(shù)相關(guān),樣本質(zhì)量、片段化條件、分選條件等都會影響產(chǎn)量。建庫過程中請根據(jù)實際情況綜合考慮,選擇最合適的建庫條件。
使用方法
一、自備材料
1.純化磁珠:Hieff NGS® DNA Selection Beads(Cat#12601)或AMPure XP Beads(Cat#A63880)或其他等效產(chǎn)品。
2.RNA質(zhì)控:Agilent 2100 Bioanalyzer RNA 6000 Nano/Pico Chip或其他等效產(chǎn)品。
3.Adapters:華大智造或本公司。
4.文庫質(zhì)檢:Agilent 2100 Bioanalyzer DNA 1000 Chip/ High Sensitivity Chip或其他等效產(chǎn)品;文庫定量試劑。
5.其他材料:無水乙醇、無菌超純水、低吸附槍頭、PCR管、磁力架、PCR儀等。
二、操作流程
圖1. mRNA建庫試劑盒操作流程
三、操作步驟
3.1 mRNA純化和片段化(mRNA Purification and Fragmentation)
1. 將mRNA Capture Beads從2-8℃取出,靜置使其溫度平衡至室溫,約30 min。
2. 準(zhǔn)備一個Nuclease free離心管,取10 ng-4 μg總RNA,用Nuclease Free水將體積補至50 μL,冰上放置備用。
3. 顛倒或旋渦振蕩混勻磁珠,吸取50 μL磁珠懸液加入至50 μL總RNA樣品中,用移液器吹打6次,使其充分混勻。
4. 將磁珠與RNA的混合物置于PCR儀中,65℃,5 min;25℃,5 min;25℃,hold,完成RNA與捕獲磁珠的結(jié)合。
5. 將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,使mRNA與總RNA分離,小心移除上清。
6. 將樣品從磁力架上取出,用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠,移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,小心移除上清。
7. 重復(fù)步驟6,共洗滌兩次。
8. 將樣品從磁力架上取出,加入50 μL Tris Buffer重懸磁珠,用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。
9. 將樣品置于PCR儀中,80℃,2 min;25℃,hold,將mRNA洗脫下來。
10. 將樣品從PCR儀中取出,加入50 μL Beads Binding Buffer,用移液器反復(fù)吹打6次以*混勻。
11. 室溫放置5 min,使mRNA結(jié)合到磁珠上。
12. 將樣品置于磁力架中,室溫靜置5 min,小心移除上清。
13. 將樣品從磁力架上取出,用200 μL Beads Wash Buffer重懸磁珠,移液器反復(fù)吹打6次以*混勻,將樣品重新放回
至磁力架中,室溫靜置5 min,吸掉全部上清。
【注】:最后需要用10 μL移液器吸干凈殘留液體。
14. 將樣品從磁力架上取出,用18.5 μL Frag/Prime Buffer重懸磁珠,用移液器吹打6次以*混勻;將樣品置于PCR儀中(預(yù)設(shè)為94℃),可參考表3選擇片段化程序,但不同物種片段化的效果有差異,客戶可先根據(jù)自己的情況,做個片段化時間的梯度,比如94℃,5 min。使用Agilent 2100分析mRNA純化產(chǎn)物大小。
表3 mRNA段化程序推薦
插入片段大?。╞p) | 打斷程序 |
200-300 | 94°C,10 min; |
300-400 | 94°C,7 min; |
400-500 | 94°C,5 min; |
15. 片段化程序結(jié)束后,為防止poly(A)尾RNA與磁珠結(jié)合,請立即將樣品置于磁力架中,待溶液澄清后,轉(zhuǎn)移17 μL上清至一個新的Nuclease Free離心管中,立刻進入第一鏈合成反應(yīng)(Part 2-Step 1)。
3.2 第一鏈cDNA的合成:
1. 將第一鏈合成試劑從-20°C取出,顛倒混勻后瞬離。按表4所示,配制第一鏈cDNA合成的反應(yīng)液。
表4 第一鏈cDNA合成反應(yīng)體系
2. 使用移液器輕輕吹打混勻,瞬離將反應(yīng)液離心至管底。
3. 將上述PCR管置于PCR儀中,按照表5所示設(shè)置反應(yīng)程序,進行第一鏈cDNA的合成。反應(yīng)結(jié)束后立即進行第二鏈cDNA的合成。
表5 第一鏈cDNA合成反應(yīng)程序
溫度 | 時間 |
熱蓋 105°C | On |
25°C | 10 min |
42°C | 15 min |
70°C | 15 min |
4°C | Hold |
3.3第二鏈cDNA的合成/末端修復(fù)/加A:
1. 將第二鏈合成試劑從-20 °C取出,解凍后顛倒混勻;按照表6所示,配制第二鏈cDNA合成/末端修復(fù)/加A反應(yīng)液。
表6 第二鏈cDNA合成反應(yīng)體系
名稱 | 體積(μL) |
1st Strand cDNA | 25 μL |
2nd Strand Buffer ( dNTP or dUTP)* | 30 μL |
2nd Strand Enzyme Master Mix | 5 μL |
【注】:*如構(gòu)建普通mRNA文庫,請使用含dNTP的buffer;如構(gòu)建鏈特異性mRNA文庫,請使用含dUTP的buffer。
2. 使用移液器輕輕吹打混勻,瞬離將反應(yīng)液離心至管底。
3. 將上述PCR管置于PCR儀中,按照表7所示設(shè)置反應(yīng)程序,進行第二鏈cDNA的合成。
表7 第二鏈cDNA合成反應(yīng)程序
溫度 | 時間 |
熱蓋 105°C | on |
16°C | 30 min |
72°C | 15 min |
4°C | Hold |
3.4 接頭連接(Adapter Ligation)
該步驟可在末端修復(fù)和dA尾添加的產(chǎn)物末端,連接特定的MGI®接頭。
1. 參考注意事項三中的表1,根據(jù)Input RNA量,稀釋Adapter至合適濃度。
2. 將表8中各試劑解凍后顛倒混勻,置于冰上備用。
3. 于3.3步驟結(jié)束后的PCR管中繼續(xù)配制表8所示反應(yīng)體系。
表8 Adapter Ligation體系
名稱 | 體積(μL) |
dA-tailed DNA | 60 |
Ligation Enhancer | 30* |
Novel T4 DNA Ligase | 5 |
DNA Adapter | 5** |
Total | 100 |
【注】:*Ligation Enhancer使用前請上下顛倒、振蕩,充分混勻并瞬時離心后使用。
**本公司接頭原始濃度為10 μM, 請根據(jù)注意事項二表1的提示,根據(jù)投入量對接頭進行稀釋,使接頭添加體積固定為5 μL。
4. 使用移液器輕輕吹打混勻,并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。
5. 將PCR管置于PCR儀中,設(shè)置表9所示反應(yīng)程序,進行接頭連接反應(yīng):
表9 Adapter Ligation反應(yīng)程序
溫度 | 時間 |
熱蓋 | Off |
20°C | 15 min |
4°C | Hold |
3.5連接產(chǎn)物純化(Post Ligation Clean Up)
本方案適用于片段<200 bp時,通過兩次純化去除體系中的接頭殘留;當(dāng)插入片段≥200 bp時,參照附錄二的分選方案,通過純化、分選獲得目標(biāo)長度的文庫。
適用于插入片段<200 bp的文庫(需進行兩輪純化)
1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。
2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。
3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.6×,Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。
4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。
5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。
6. 重復(fù)步驟5,總計漂洗兩次。
7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。
8. 將PCR管從磁力架中取出,加入52 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約3 min),小心移取50 μL上清至新PCR管中,再進行一輪純化。
9. 吸取40 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.8×,Beads:DNA=0.8:1)至上一步產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。
10. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約3 min),小心移除上清。
11. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。
12. 重復(fù)步驟11,總計漂洗兩次。
13. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。
14. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約3 min),小心移取20 μL上清至新PCR管中,進行PCR擴增。
3.6 文庫擴增(Library Amplification)
該步驟將對純化或長度分選后的接頭連接產(chǎn)物進行PCR擴增富集。
該步驟將對純化或長度分選后的接頭連接產(chǎn)物進行PCR擴增富集。
1. 將表10中的試劑解凍后顛倒混勻,置于冰上備用。
2. 于無菌PCR管中配制表10所示反應(yīng)體系。
表10 接頭連接產(chǎn)物PCR反應(yīng)體系
3. 使用移液器輕輕吹打或振蕩混勻,并短暫離心將反應(yīng)液收集至管底。
4. 將PCR管置于PCR儀中,設(shè)置表11示反應(yīng)程序,進行PCR擴增。
表11 PCR擴增反應(yīng)程序
溫度 | 時間 | 循環(huán)數(shù) |
98°C | 1 min | 1 |
98°C | 10 sec | 11~15cycles* |
60°C | 30 sec | |
72°C | 30 sec | |
72°C | 5 min | 1 |
4°C | Hold | - |
*文庫擴增循環(huán)數(shù)需根據(jù)樣本質(zhì)量、投入量等建庫條件進行調(diào)整,詳見注意事項五。
3.7 擴增產(chǎn)物磁珠純化(Post Amplification Clean Up)
1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。
2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。
3. 吸取45 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.9×,Beads:DNA=0.9:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。
4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。
5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。
6. 重復(fù)步驟5,總計漂洗兩次。
7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。
8. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約3 min),小心移取20 μL上清至新PCR管中,進行文庫定量、質(zhì)檢。
3.8 文庫質(zhì)量控制
通常情況下,構(gòu)建好的文庫可通過濃度檢測和長度分布檢測來進行質(zhì)量評價,具體請參見注意事項五。
附錄一:mRNA段化效果展示
圖2. mRNA不同打斷時間對應(yīng)的RNA段范圍。分別以94°C,10 min、94°C,7min和94℃,5 min處理。打斷后mRNA進行進行2.2X 磁珠純化,通過Agilent 2100 Bioanalyzer進行檢測。
【注】:本結(jié)果使用的RNA是Agilent公司的Universal Human Reference RNA,若使用其他來源的RNA,最好優(yōu)化打斷時間。
附錄二:分選條件說明
分選方案適用于94°C,10 min、94°C,7min和94℃,5 min片段化的RNA建庫,可以獲得插入片段大于200bp的文庫:
方案一:接頭連接產(chǎn)物純化后分選
★ 0.6× Hieff NGS® DNA Selection Beads接頭連接產(chǎn)物的純化
1. 準(zhǔn)備工作:將Hieff NGS® DNA Selection Beads磁珠由冰箱中取出,室溫平衡至少30 min。配制80%乙醇。
2. 渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證充分混勻。
3. 吸取60 μL Hieff NGS® DNA Selection Beads(0.6×,Beads:DNA=0.6:1)至Adapter Ligation產(chǎn)物中,渦旋或吹打混勻,室溫孵育5 min。
4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體,待溶液澄清后(約5 min),小心移除上清。
5. 保持PCR管始終置于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec后,小心移除上清。
6. 重復(fù)步驟5,總計漂洗兩次。
7. 保持PCR管始終置于磁力架中,開蓋空氣干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(不超過5 min)。
8. 將PCR管從磁力架中取出,加入102 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打至充分混勻,室溫靜置5 min。將PCR管短暫離心并置于磁力架中靜置,待溶液澄清后(約5 min),小心移取100 μL上清至新PCR管中,準(zhǔn)備進行雙輪分選。
★ 雙輪分選(以94°C,7min打斷,分選文庫大小為380bp~480bp為例說明,其他文庫大小按推薦比例進行磁珠分選)
1. 請渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。
2. 根據(jù)DNA段長度要求,參考表12,在上述100 μL DNA中加入第一輪分選磁珠65 μL(0.65×),渦旋或移液器吹打10次混勻。
3. 室溫孵育5 min。
4. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約5 min),小心轉(zhuǎn)移上清到干凈的離心管中,殘留1-2 μL溶液管底。
5. 參考表12向上清中加入第二輪分選磁珠15 μL(0.15×)。
6. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻,室溫靜置5 min。
7. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約3 min),小心移除上清。
8. 保持PCR管始終處于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec,小心移除上清。
9. 重復(fù)步驟8。
10. 保持PCR管始終處于磁力架中,開蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(約3 min)。
11. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻,室溫靜置5 min。
12. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后(約3 min),小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈管中。
表12 短接頭文庫分選推薦磁珠比例
插入片段長度(bp) | 200~300 | 300~400 | 400~500 | 500~600 |
文庫長度(bp) | 280~380 | 380~480 | 480~580 | 580~680 |
打斷條件 | 94℃ 10min | 94℃ 7min | 94℃ 7min | 94℃ 5min |
第一輪磁珠體積(ul) | 70(0.7×) | 65(0.65×) | 58(0.58×) | 50(0.5×) |
第二輪磁珠體積 (ul) | 20(0.2×) | 15(0.15×) | 15(0.15×) | 15(0.15×) |
【注】:此表推薦的雙輪分選比例適用于Hieff NGS® DNA Selection Beads;表中“×"表示樣品DNA體積。如所需文庫插入片段主峰為300 bp時,若在短接頭連接之后分選,樣品DNA體積為100 μL,則第一輪分選磁珠使用體積為0.65×100 μL=65 μL,第二輪分選磁珠使用體積0.15×100 μL=15 μL。
圖3. 1ug 293 total RNA,在94°C,10 min、94°C,7min和94℃,5 min片段化后,根據(jù)表12推薦的磁珠比例得到的文庫大小。
方案二:接頭連接產(chǎn)物直接分選(以94°C,7min打斷,分選文庫大小為410bp~510bp為例說明,其他文庫大小按推薦比例進行磁珠分選)
500 ng以上的總RNA做mRNA抓取后建庫,推薦直接分選,體系比較粘稠,需要小心添加,RNA質(zhì)量略差樣本可能會有接頭殘留。
1. 請渦旋振蕩或充分顛倒磁珠以保證混勻。
2. 根據(jù)DNA段長度要求,參考表13,在上述100 μL的DNA連接體系中加入第一輪分選磁珠20 μL(0.20×),渦旋或移液器吹打10次混勻。室溫孵育10 min。
3. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約5 min),小心轉(zhuǎn)移 100 μL上清到干凈的離心管中,。
4. 參考表13向上清中加入第二輪分選磁珠10 μL(0.10×)。
5. 渦旋混勻或移液器吹打10次混勻,室溫靜置10 min。
6. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中,待溶液澄清后(約3 min),小心移除上清。
7. 保持PCR管始終處于磁力架中,加入200 μL新鮮配制的80%乙醇漂洗磁珠,室溫孵育30 sec,小心移除上清。
8. 重復(fù)步驟7。
9. 保持PCR管始終處于磁力架中,開蓋干燥磁珠至剛剛出現(xiàn)龜裂(約3 min)。
10. 將PCR管從磁力架中取出,加入21 μL ddH2O,渦旋振蕩或使用移液器輕輕吹打充分混勻,室溫靜置5 min。
11. 將PCR管短暫離心并置于磁力架中分離磁珠和液體。待溶液澄清后(約3 min),小心轉(zhuǎn)移20 μL上清至干凈管中。
表13 短接頭文庫分選推薦磁珠比例
插入片段長度(bp) | 200~300 | 300~400 | 400~500 | 500~600 |
文庫長度(bp) | 280~380 | 380~480 | 480~580 | 580~680 |
打斷條件 | 94℃ 10min | 94℃ 7min | 94℃ 7min | 94℃ 5min |
第一輪磁珠體積(μL) | 25(0.25×) | 20(0.2×) | 15(0.15×) | 15(0.15×) |
第二輪磁珠體積 (μL) | 10(0.1×) | 10(0.1×) | 10(0.1×) | 10(0.1×) |
【注】:此表推薦的雙輪分選比例適用于Hieff NGS® DNA Selection Beads;表中“×"表示樣品DNA體積。如所需文庫插入片段主峰為300 bp時,若在短接頭連接之后分選,樣品DNA體積為100 μL,則第一輪分選磁珠使用體積為0.20×100 μL=20 μL,第二輪分選磁珠使用體積為0.1×100 μL=10 μL。
HB211122